MEROPS

MEROPS adalah basis data daring untuk peptidase (juga dikenal sebagai protease, proteinase, dan enzim proteolitik) serta inhibitornya.^[1] Skema klasifikasi untuk peptidase diterbitkan oleh Rawlings & Barrett pada tahun 1993,^[2] sedangkan skema untuk inhibitor protein diterbitkan oleh Rawlings dkk. pada tahun 2004.^[3] Versi terbaru, MEROPS 12.5, dirilis pada September 2023.^[4]

Klasifikasi didasarkan pada kesamaan pada tingkat struktur tersier dan primer. Perbandingan dibatasi pada bagian urutan yang langsung terlibat dalam reaksi, yang dalam kasus peptidase harus mencakup situs aktif, dan untuk inhibitor protein, situs reaktif. Klasifikasi bersifat hierarkis: urutan disusun menjadi keluarga, dan keluarga disusun menjadi klan. Setiap peptidase, keluarga, dan klan memiliki identifikasi unik.

Famili peptidase dibangun melalui perbandingan urutan asam amino. Sebuah keluarga disusun sekitar contoh tipe, yaitu urutan peptidase atau inhibitor yang telah teridentifikasi dengan baik. Semua urutan lain dalam keluarga harus terkait dengan contoh tipe famili, baik secara langsung maupun melalui hubungan transitif yang melibatkan satu atau lebih urutan yang telah terbukti menjadi anggota keluarga. Biasanya, FastA atau BlastP digunakan untuk menetapkan hubungan urutan, dengan nilai expect 0,001 atau lebih rendah dianggap secara statistik signifikan. Pencarian HMMER atau psi-blast digunakan untuk menambahkan urutan yang secara jauh terkait dengan famili. Setiap famili diidentifikasi oleh huruf yang mewakili jenis katalitik peptidase yang dikandungnya, diikuti oleh nomor unik sembarang.

Beberapa famili dibagi menjadi subfamili karena bukti divergensi yang sangat kuno di dalam famili. Divergensi tersebut sesuai dengan lebih dari 150 mutasi titik yang diterima per 100 residu asam amino.

Kesamaan struktur tiga dimensi mendukung bukti bahwa banyak keluarga memang memiliki asal-usul bersama dengan keluarga lain. “Klan” digunakan untuk menggambarkan kelompok keluarga semacam itu. Sebuah klan juga dibentuk sekitar contoh tipe, yaitu struktur peptidase atau inhibitor yang telah terdefinisi dengan baik. Sebuah keluarga dimasukkan ke dalam klan jika struktur tersier anggota keluarga dapat dibuktikan terkait dengan struktur contoh tipe klan. Secara umum, DALI digunakan untuk menentukan keanggotaan klan, dengan skor z sebesar 6,00 satuan simpangan baku atau lebih dianggap secara statistik signifikan. Untuk peptidase, bukti lain yang menunjukkan bahwa keluarga terkait ketika struktur tersier tidak ada termasuk urutan residu katalitik yang sama dalam urutan.

Setiap keluarga, klan, peptidase, dan inhibitor memiliki identifikasi unik. Deskripsi dan contoh identifikasi ditampilkan dalam tabel di bawah ini.

• Superfamili protein

1. ^ Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (January 2010). "MEROPS: the peptidase database". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D227–33. doi:10.1093/nar/gkp971. PMC 2808883. PMID 19892822.
2. ^ Rawlings, N.D. & Barrett, A.J. (1993) "Evolutionary families of peptidases." Biochem J 290, 205-218.
3. ^ Rawlings, N.D., Tolle, D.P. & Barrett, A.J. (2004) "Evolutionary families of peptidase inhibitors." Biochem J 378, 705-716.
4. ^ "What's New in MEROPS?".

• Basis data MEROPS Diarsipkan 14 November 2006 di Wayback Machine.