Saat ini, Gereja Kristen Jawi Wetan terdiri atas 4 Rayon Wilayah Pelayanan, 15 Majelis Daerah atau Klasis, 181 Jemaat, dan lebih dari 200 Pepanthan atau pos pelayanan, yaitu Gereja yang belum didewasakan menjadi Jemaat, yang meliputi:

Rayon Blambangan terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Besuki Timur dan Besuki Barat.

1. GKJW Ranurejo
   1. Pepanthan Sidodadi
   2. Pepanthan Asembagus
2. GKJW Wonorejo (Banyuputih, Kabupaten Situbondo)
3. GKJW Banyuwangi
   1. Pepanthan Muncar
   2. Pepanthan Sukorojo
4. GKJW Tulungrejo (Glenmore, Kabupaten Banyuwangi)
   1. Pepanthan Kalibaru
   2. Pepanthan Krikilan
5. GKJW Genteng
   1. Pepanthan Parastembok
   2. Pepanthan Jambewangi
6. GKJW Jajag
7. GKJW Purwodadi (Gambiran, Kabupaten Banyuwangi)
   1. Pepanthan Karangmulyo
   2. Pepanthan Curahjati
   3. Pepanthan Bulurejo
   4. Pepanthan Purwoasri
8. GKJW Purwosari (Siliragung, Kabupaten Banyuwangi)
9. GKJW Pesanggaran
   1. Pepanthan Ringin Mulyo
   2. Pepanthan Ringin Agung
   3. Pepanthan Sumber Mulyo
   4. Pepanthan Kesilir
10. GKJW Sumberagung
    1. Pepanthan Kandangan

1. GKJW Bondowoso
   1. Pepanthan Besuki
2. GKJW Jember
   1. Pepanthan Suci
   2. Pepanthan Sidomulyo
   3. Pepanthan Rambipuji
   4. Pepanthan Balung
3. GKJW Jatiroto
4. GKJW Lumajang
   1. Pepanthan Bades
   2. Pepanthan Dampar
   3. Pepanthan Jabon
5. GKJW Rejoagung
   1. Pepanthan Tanggul
   2. Pepanthan Semboro
6. GKJW Sidomulyo
   1. Pepanthan Kottablater
7. GKJW Sidorejo (Umbulsari, Kabupaten Jember)
   1. Pepanthan Sumberagung
8. GKJW Sidoreno
   1. Pepanthan Kencong
   2. Pepanthan Mojomulyo
9. GKJW Situbondo
10. GKJW Sumberpakem
    1. Pepanthan Paleran
    2. Pepanthan Kalisat
    3. Pepanthan Slateng
11. GKJW Tunjungrejo
12. GKJW Gumuk Kembar

Rayon Singosarian terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Malang 1, Malang 2, Malang 3 Barat, Malang 3 Timur, dan Malang 4.

1. GKJW Malang
2. GKJW Kedungkandang
3. GKJW Gadang
4. GKJW Bululawang
   1. Pepanthan Kendal Payak
   2. Pepanthan Tajinan
   3. Pepanthan Wajak
5. GKJW Suwaru
   1. Pepanthan Gondanglegi
   2. Pepanthan Sidorejo
   3. Pepanthan Clumprit
   4. Pepanthan Sumberejo
   5. Pepanthan Sumbersari
   6. Pepanthan Gedangan
6. GKJW Wonorejo (Bantur, Kabupaten Malang)
7. GKJW Kebonagung
   1. Pepanthan Wagir
8. GKJW Kepanjen
   1. Pepanthan Ngajum
9. GKJW Peniwen
   1. Pepanthan Rekesan
10. GKJW Bangelan
    1. Pepanthan Sumberadem
11. GKJW Sumberpucung
    1. Pepanthan Selorejo
12. GKJW Sukun
    1. Pepanthan Karangrejo
13. GKJW Donomulyo
    1. Pepanthan Tlogosari
14. GKJW Ringin Pitu
    1. Pepanthan Kromengan
15. GKJW Mulyorejo
16. GKJW Boro
    1. Pepanthan Tunggorono
    2. Pepanthan Sidorejo (Kabupaten Blitar)
    3. Pepanthan Gunungsari
    4. Pepanthan Mintoragan

1. GKJW Wonoagung
   1. Pepanthan Wonokoyo
   2. Pepanthan Gadungsari
   3. Pepanthan Sanggrahan
   4. Pepanthan Blubuk
2. GKJW Dampit
   1. Pepanthan Kalibakar
   2. Pepanthan Sumbergesing
   3. Pepanthan Srimulyo
   4. Pepanthan Amadanom
   5. Pepanthan Ubalan
   6. Pepanthan Bumirejo
3. GKJW Sitiarjo
   1. Pepanthan Sumbermanjing
   2. Pepanthan Pancursari
   3. Pepanthan Transad
   4. Pepanthan Druju
   5. Pepanthan Kampung Baru
   6. Pepanthan Sekarbanyu
4. GKJW Gunungtumo
   1. Pepanthan Sidodadi
5. GKJW Tumpak Nangklik (Sumbermanjing Wetan, Kabupaten Malang)
6. GKJW Rowotrate
   1. Pepanthan Tumpakrejo
7. GKJW Sumbermbag
8. GKJW Tambakrejo
9. GKJW Sendang Biru
10. GKJW Tambakasri
11. GKJW Sidoasri
12. GKJW Sobrah
    1. Pepanthan Imanuel
13. GKJW Gunungireng
14. GKJW Turen
    1. Pepanthan Pojok
    2. Pepanthan Majang Tengah
    3. Pepanthan Gedog Wetan

1. GKJW Gempol
2. GKJW Kraksaan
3. GKJW Lawang
   1. Pepanthan Cowek
   2. Pepanthan Wonoasri
4. GKJW Pandaan
5. GKJW Pasuruan
   1. Pepanthan Bangil
   2. Pepanthan Grati-Kedawung
   3. Pepanthan Tejowangi
6. GKJW Probolinggo
7. GKJW Singosari
8. GKJW Tunjungsekar

1. GKJW Ngantang
   1. Pepanthan Selobrojo
   2. Pepanthan Pujon
   3. Pepanthan Banjarejo
   4. Pepanthan Jombok
   5. Pepanthan Kasembon
2. GKJW Batu
   1. Pepanthan Oro-oro Ombo
3. GKJW Karangploso
   1. Pepanthan Pendem
4. GKJW Tulungrejo (Bumiaji, Kota Batu)
   1. Pepanthan Santrean
5. GKJW Sengkaling
   1. Pepanthan Selorejo
6. GKJW Tulangbawang
7. GKJW Dinoyo
8. GKJW Pulungdowo
   1. Pepanthan Jabung
9. GKJW Kucur

1. GKJW Pronojiwo
   1. Pepanthan Oro-Oro Ombo
   2. Pepanthan Tamanayu
   3. Pepanthan Rowobaung
2. GKJW Ampelgading
   1. Pepanthan Sidorenggo
   2. Pepanthan Tlogosari
   3. Pepanthan Simojayan
   4. Pepanthan Kalirejo
3. GKJW Sukoanyar
   1. Pepanthan Lebakharjo
   2. Pepanthan Wirotaman
   3. Pepanthan Sonowangi
4. GKJW Tempurejo
   1. Pepanthan Purorejo
   2. Pepanthan Tegalrejo
   3. Pepanthan Tempurejo Wetan
   4. Pepanthan Lebaksari
5. GKJW Tempursari
6. GKJW Pundungsari
   1. Pepanthan Sukorejo
   2. Pepanthan Sukosari
7. GKJW Argosari
8. GKJW Purwodadi (Tirtoyudo, Kabupaten Malang)
9. GKJW Balearjo
10. GKJW Pujiharjo
11. GKJW Spellot
12. GKJW Purwosari (Dampit, Kabupaten Malang)
    1. Pepanthan Sumbertangkil

Rayon Mojopahitan terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Surabaya Timur 1, Surabaya Timur 2, Mojokerto-Surabaya Barat, dan Jombang-Surabaya Barat.

1. GKJW Bangkalan
2. GKJW Surabaya
3. GKJW Sidotopo
4. GKJW Mulyosari
5. GKJW Ngagel
6. GKJW Rungkut
   1. Pepanthan Gunung Anyar
7. GKJW Sukolilo
8. GKJW Tropodo
9. GKJW Waru
10. GKJW Sidoarjo
11. GKJW Mlaten

1. GKJW Darmo
2. GKJW Simomulyo
3. GKJW Manukan
4. GKJW Wiyung
5. GKJW Babatan
6. GKJW Jambangan
7. GKJW Menganti
8. GKJW Karangpilang
9. GKJW Tanjung Perak
10. GKJW Gresik
    1. Pepanthan Balongtunjung
    2. Pepanthan Cerme
11. GKJW Lamongan
    1. Pepanthan Pelang
    2. Pepanthan Balun
12. GKJW Trosobo
13. GKJW Kota Baru Driyorejo
14. GKJW Mojosarirejo
15. GKJW Luwung

1. GKJW Mojokerto
   1. Calon Jemaat Gunung Gedangan
2. GKJW Wates
3. GKJW Tumpak (Gedeg, Kabupaten Mojokerto)
4. GKJW Segaran (Dlanggu, Kabupaten Mojokerto)
   1. Pepanthan Gondang
   2. Pepanthan Warugunung
   3. Pepanthan Pacet
5. GKJW Mojosari
   1. Pepanthan Ngoro
6. GKJW Klanting
7. GKJW Sukorame
   1. Pepantahan Mlirip
8. GKJW Dawarblandong
   1. Pepanthan Banyulegi
   2. Pepanthan Randegan
   3. Pepanthan Manyarsari
9. GKJW Glagahan
   1. Pepanthan Sidorejo
10. GKJW Randurejo
    1. Pepanthan Kemlagi

1. GKJW Sumbergondang
   1. Pepanthan Lawanganagung
2. GKJW Cangkring
3. GKJW Jombang
   1. Pepanthan Ploso
   2. Pepanthan Karangmojo
4. GKJW Bongsorejo
5. GKJW Mojoagung
   1. Pepanthan Babatan
6. GKJW Mojowarno
   1. Pepanthan Mojowarno 1
   2. Pepanthan Mojowarno 2
   3. Pepanthan Mojotengah
7. GKJW Kertorejo
   1. Pepanthan Gudo
   2. Pepanthan Wates
8. GKJW Ngoro
9. GKJW Mundusewu
10. GKJW Wungurejo
    1. Pepanthan Mindi
    2. Pepanthan Jeruk
11. GKJW Wonosalam
    1. Pepanthan Sumbergogor
    2. Pepanthan Balekambang
12. GKJW Mutersari
    1. Pepanthan Sukoharjo
    2. Pepanthan Wonokerto

Rayon Mataraman terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Kediri Utara 1, Kediri Utara 2, Kediri Selatan, dan Madiun.

1. GKJW Banjarejo
   1. Pepanthan Badek
   2. Pepanthan Sepawon
   3. Pepanthan Trisulo
2. GKJW Kediri
   1. Calon Jemaat Paron
   2. Pepanthan Pesantren
   3. Pepanthan Nglangu
3. GKJW Semampir
   1. Pepanthan Gampeng
4. GKJW Besowo
   1. Pepanthan Kebonrejo
   2. Pepanthan Mulyorejo
   3. Pepanthan Kebun-C
   4. Pepanthan Kampungbaru
5. GKJW Purwodadi Kras
   1. Pepanthan Kandat
   2. Pepanthan Karangrejo (Kandat, Kabupaten Kediri)
   3. Pepanthan Batuaji
6. GKJW Bulusari
7. GKJW Purwoharjo
   1. Pepanthan Sumber Bahagia
   2. Pepanthan Dorok
   3. Pepanthan Tanggung Mulyo
8. GKJW Gedangan
   1. Pepanthan Mloyo
   2. Pepanthan Kandangan
   3. Pepanthan Mlancu
9. GKJW Sidorejo (Pare, Kabupaten Kediri)
   1. Pepanthan Sentul
   2. Pepanthan Ringingong
   3. Pepanthan Sumberagung 1
   4. Pepanthan Sumberagung 2
   5. Pepanthan Ringinbagus
   6. Pepanthan Sukomoro
10. GKJW Kawarasan
    1. Pepanthan Panjer
    2. Pepanthan Darungan
    3. Pepanthan Brenggolo
11. GKJW Wonoasri
12. GKJW Ngronggo

1. GKJW Aditoya
2. GKJW Bendo
   1. Pepanthan Tempuran
3. GKJW Bojonegoro
   1. Pepanthan Dander
   2. Pepanthan Prambon
4. GKJW Jatiwringin
   1. Pepanthan Pagu
5. GKJW Kertosono
6. GKJW Nganjuk
   1. Pepanthan Warujayeng
   2. Pepanthan Banaran
   3. Pepanthan Ngronggot
   4. Pepanthan Prambon
7. GKJW Padangan
   1. Pepanthan Gondang
   2. Pepanthan Bogo
   3. Pepanthan Payaman
   4. Pepanthan Tegowangi
8. GKJW Pare
   1. Pepanthan Gadungan
   2. Pepanthan Gedangsewu
9. GKJW Purwoasri
   1. Pepanthan Kunjang
10. GKJW Sambirejo
    1. Pepanthan Sumberbendo
    2. Pepanthan Sumberejo
    3. Pepanthan Adan-adan
11. GKJW Sekaran
12. GKJW Tunglur

1. GKJW Segaran (Wates, Kabupaten Kediri)
2. GKJW Ngunut
3. GKJW Blitar
   1. Pepanthan Penataran
   2. Pepanthan Kampunganyar
4. GKJW Bangoan
5. GKJW Bedali
6. GKJW Sugihwaras
7. GKJW Tumpuk
   1. Pepanthan Gandong
   2. Pepanthan Besole
8. GKJW Tulungagung
   1. Pepanthan Tiudan
   2. Pepanthan Ngranti
9. GKJW Sindurejo
   1. Pepanthan Margourip
   2. Pepanthan Sesek
   3. Pepanthan Sumbersari
   4. Pepanthan Blimbing
   5. Pepanthan Bumirejo
   6. Pepanthan Kutukan
10. GKJW Trenggalek
    1. Pepanthan Kendalrejo
    2. Pepanthan Kampak
11. GKJW Petungombo
12. GKJW Tawang
    1. Pepanthan Tempurejo
13. GKJW Maron
    1. Pepanthan Tumpuk
14. GKJW Wlingi
    1. Pepanthan Kotes
    2. Pepanthan Bajang
    3. Pepanthan Bantaran
    4. Pepanthan Tulungrejo (Tulungrejo, Kabupaten Blitar)
15. GKJW Kalangbret
    1. Pepanthan Kates
    2. Pepanthan Sepatan

1. GKJW Caruban
   1. Pepanthan Durenan
2. GKJW Madiun Lor
3. GKJW Madiun
   1. Calon Jemaat Kresek
   2. Pepanthan Golang
   3. Pepanthan Demangan
   4. Pepanthan Jiwan
   5. Pepanthan Maospati
   6. Pepanthan Kepel (Lereng Wilis)
   7. Pepanthan Jajar
4. GKJW Magetan
   1. Pepanthan Pelem
5. GKJW Trenceng
   1. Pepanthan Munggung
6. GKJW Ponorogo
   1. Pepanthan Karanglo Kidul
7. GKJW Donorojo
8. GKJW Pacitan
9. GKJW Ketanggung
   1. Pepanthan Winong
   2. Pepanthan Tegari
   3. Pepanthan Tulakan
   4. Pepanthan Garit
   5. Pepanthan Manisrejo
10. GKJW Bayem Mojorejo
    1. Pepanthan Tretes
    2. Pepanthan Geduro
    3. Pepanthan Kauman
    4. Pepanthan Jagir
11. GKJW Wotgalih
    1. Pepanthan Walikukun
    2. Pepanthan Kauman
12. GKJW Ngawi
    1. Pepanthan Kaweng
    2. Pepanthan Jururejo
    3. Pepanthan Kedunggalar
    4. Pepanthan Dawu
13. GKJW Dupak
    1. Pepanthan Lembeyan