Share to:

C6orf62

C6orf62
Identifikatori
AliasiC6orf62
Vanjski ID-jeviMGI: 2441726 HomoloGene: 11551 GeneCards: C6orf62
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 6 (čovjek)
Hrom.Hromosom 6 (čovjek)[1]
Hromosom 6 (čovjek)
Genomska lokacija za C6orf62
Genomska lokacija za C6orf62
Bend6p22.3Početak24,704,861 bp[1]
Kraj24,719,998 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za C6orf62
Genomska lokacija za C6orf62
Bend13|13 A3.1Početak24,985,640 bp[2]
Kraj25,000,180 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija molekularna funkcija
Ćelijska komponenta intracellular anatomical structure
Biološki proces GO:0022610 biološki proces
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_030939

NM_024473

RefSeq (bjelančevina)

NP_112201

NP_077793

Lokacija (UCSC)Chr 6: 24.7 – 24.72 MbChr 13: 24.99 – 25 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Otvoreni okvir čitanja 62 hromosoma 6 (C6orf62), a znan i kao X-trans-activirani protein 12 (XTP12),[5] je gen koji kodira istoimeni protein. Predviđeno je da kodirani protein ima subćelikjsku lokaciju unutar citosola.[6]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 229 aminokiselina, а molekulska težina 27.083 Da.[7]

1020304050
MGDPNSRKKQALNRLRAQLRKKKESLADQFDFKMYIAFVFKEKKKKSALF
EVSEVIPVMTNNYEENILKGVRDSSYSLESSLELLQKDVVQLHAPRYQSM
RRDVIGCTQEMDFILWPRNDIEKIVCLLFSRWKESDEPFRPVQAKFEFHH
GDYEKQFLHVLSRKDKTGIVVNNPNQSVFLFIDRQHLQTPKNKATIFKLC
SICLYLPQEQLTHWAVGTIEDHLRPYMPE

Protein

Glavni transkript ima 229 aminokiselina i kodiran je iz pet egzonskih regija. Postoje dvije varijante transkripta koje imaju 200 aminokiselina i 160 aminokiselina. Postoji domen nepoznate funkcije (DUF4566) u sve tri varijante , a obuhvata pozicije 1–226 na primarnom transkriptu.[8] Molekulska težina C6orf62 je 27,1 kDa, a njegova izoelektrična tačka je na pH 9,24.[9]

U DNK, C6orf62 je dug 12.529 parova baza i nalazi se na sekvenci 6q22.3.[10] Nalazi se na hromosomu 6 na poziciji 22.3 (6q22.3). Zrela sekvenca iRNK duga je 2.498 parova baza s pet egzona i četiri intronske regije koja prevodi protein dug 229 aminokiselina i dvije predviđene izoforme od 160 i 200 aminokiselina.[11][12]

Proteinske interakcije

Protein Predviđanje
ELAVL1 Predviđen putem zadržavanja RNK afiniteta.[13]
PVRL4 Predviđen putem spektroskopije hvatanja sa masenom sapektrometrijom afiniteta.[13]
NADH Predviđen putem dvohibridnog pregleda kvasca.[14]

Ekspresija

C6orf62 je široko eksprimiran u ljudskom tijelu, ali njegova količina proteina nije velika.[15] Jače je izražen u žučnoj kesi i sjemenicima, ali nije predviđeno da je eksprimiran izražen glatkim mišićima, limfnim čvorovima, slezeni, jajnicima, masnom i mehkom tkivu.

Homologija

C6orf62 je visoko konzerviran među kičmenjacima i ima ortologe u beskičmenjacima.

Ortolozi odabranih sisara

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Pongo abelii Sumatranski orangutan 15,2 NP_001126883.1 232 99 99
Ictidomys tridecemlineatus Prizemna vjeverica 88 XP_005337081.1 231 99 98
Tupaia chinensis Verirovka 85 XP_006162754.1 267 84 98
Rattus norvegicus Smeđi pacov 88 NP_001017510.1 232 99 98

[16]

Ortolozi odabranih riba zrakoperki

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Salmo salar Losos 435 XP_014034327.1 233 82 93
Sinocyclocheilus rhinoceros Zlatnopruga mrena 435 XP_016388718.1 230 87 94
Hippocampus comes Morski konjić 435 XP_019729847.1 234 80 91

[16]

Ortolozi odabranih vodozemaca

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA' Identet (%) Sličnost (%?
Nanorana parkeri Visokomalajjska žaba 353 XP_018411819.1 232 95 97
Xenopus trpocalis Afrička kandžasta žaba 353 NP_001120278.1 232 93 98

[16]

Ortoloi odabranih gmizavaca

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost (%)
Chrysemys picta belli Obojena kornjača 320 XP_005281462.1 233 97 98
Python vbivittatus Mjanmarski piton 320 XP_007521998.1 233 96 99
Chelonia mydas Morska zelena kornjača 320 XP_007060449.1 231 97 98
Alligator sinensis Kineski aligator 320 XP_006034488.1 232 98 99

[16]

Ortolozi odabranih ptica

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Tauraco erythrolophus Crvenogrbi taurako 320 XP_009991398.1 232 97
Taeniopygia guttata Zebrasta zeba 320 XP_002194166.1 232 98
Manacus vitellinus Zlatnoznaki manakin 320 XP_017925511.1 241 98

Ortolozi odabranih beskičmenjaka[16]

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Ciona intestinalis Morski mlaz 677 XP_002119736.1 233 38 62
Crassostrea gigas Pacifička ostriga 758 XP_011438527.1 231 62 80
Hellobdella robusta Pijavica porodice Glossiphoniidae 758 XP_009016977.1 264 35 51
Octopus bimaculoides Dvopjegi oktopus 758 XP_014780369.1 197 60 79
Saccoglossus kowalevskii Žirasta glista 627 XP_002741666.1 230 66 83

[16]

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000112308 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019132 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Database, GeneCards Human Gene. "C6orf62 Gene - GeneCards | CF062 Protein | CF062 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 21. 2. 2017.
  6. ^ "Tissue expression of C6orf62 - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  7. ^ "UniProt, Q9GZU0" (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 9. 2021.
  8. ^ "C6orf62 chromosome 6 open reading frame 62 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  9. ^ Volker, Brendel (2006). "SAPS - SDSC Bio Workbench". SDSC Biology Workbench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 5. 2017.
  10. ^ Kent, WJ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, D (2002). "UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 20. 2. 2017.
  11. ^ "PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  12. ^ "PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  13. ^ a b Lab, Mike Tyers. "C6orf62 (RP1-30M3.4) Result Summary | BioGRID". thebiogrid.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.
  14. ^ "1 binary interaction found for search term C6orf62". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Pristupljeno 25. 8. 2018.
  15. ^ "C6orf62 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.
  16. ^ a b c d e f "NCBI - Basic Local Alignment Search Tool". NCBI.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
Prefix: a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9

Portal di Ensiklopedia Dunia

Kembali kehalaman sebelumnya