CACTIN
Kaktin, znan i kao bubrežni karcinomski antigen NY-REN-24 je protein koji je kod ljudi kodiran genom CACTIN.[5][6][7]
Kaktin je negativni regulator urođene imunske signalizacije i funkcionalna komponenta mehanizma za preradu pre-iRNK
Kloniranje i ekspresija
SEREX-om (serološka analiza biblioteka ekspresije rekombinantne cDNK, skriningom biblioteka cDNK ljudskog karcinoma bubrega, Scanlan et sl. (1999) klonirali CACTIN, koji su označili kao NY-REN-24. RT-PCR analiza otkrila je ekspresiju kaktina u svih šest testiranih ljudskih tkiva: pluća, testisi, tanko crijevo, dojka, jetra i placenta Analiza sekvence sugerira da se CACTIN lokalizira u jedru.[8].[8]
Lin et al. (2000) kloniraki su kaktin Drosophila. Predviđeni protein kaktin Drosophila ima N-terminalni domen bogat napunjenim ostacima, tri potencijalna dvodijelna signala jedarne lokalizacije i tri domena sa spiralnom zavojnicom. Drozofilski kaktin dijeli 41% identiteta aminokiselina s predviđenim ljdskim proteinom CACTIN od 758 aminokiselina. CACTIN je konzerviran u biljkama i životinjama, a svi kaktinski ortolozi imaju visoko konzerviranu regiju u svojim C-terminalnim polovinama. Northern blot analiza pokazala je ekspresiju kaktina kod ženki roda Drosophila , ali samo slabu ekspresiju kod mužjaka. Kod ženki, kaktin je bio prisutan na relativno visokim nivoima u jajnicima i tokom embriogeneze.
Koristeći RT-PCR, Atzei et al. (2010) pokazali su da se kaktin sveprisutno eksprimirao u mozgu i perifernim organima miša Otkrili su i da je kaktin eksprimiran u svim fazama ranog embrionakog razvoja kod zebrica.[9]
Funkcija gena
Korištenjem 2-hibridnih analiza kvasca i koimunoprecipitacije, Lin et al. (2000) otkrili su da je kaktin komunicirao s kaktusom, ortologom I-kappa-B, kod drozofile. Prekomjerna ekspresija kaktina u heterozigotnim drosofilama za mutirani akt kaktin-A2 poboljšala je mutantni fenotip, sa snažnim povećanjem embrionske letalnosti i ventralizacije.[10]
Atzei et al. (2010) otkrili su da je prekomjerna ekspresija ljudskog CACTIN-a inhibirala ćelijsku aktivaciju NFKB, kao odgovor na proinflamatorne podražaje, dok ga je noktadn povećao. Slično tome, CACTIN negativno regulira TLR-posredovanu aktivaciju IRF3 i IRF7 i indukciju gena koji reagiraju na IRF. Analize koimunoprecipitacije i imunofluorescencije pokazale su da CACTIN nije komunicirao s citoplazmatskom IKBA (NFKBIA), već je kolokalizirao i interakciju sa nuklearnim IKBL (NFKBIL1), za koji je utvrđeno da inhibira aktivaciju puteva NFKB i IRF, izazvanih lipopolisaharidima. CACTIN bez svojihjedarnih lokalizacijskih sekvenci bio je isključen iz jdra, nije uspio stupiti u interakciju s IKBL i pokazao je znatno smanjene inhibitorne efekte na TLR signalizaciju.[11]
Suzuki i et al. (2016) otkrili su da su se ljudski CACTIN i TRIM39 (605700) izravno vezali i da je za interakciju potrebna domena B-boka TRIM39. Analiza frakcionacije u ćelijama HEK293T pokazala je da je CACTIN lokaliziran i na jedro i na citosol. TRIM39 je komunicirao s CACTIN-om uglavnom u jezgri kako bi ga stabilizirao na ubikvitinacijski neovisan način..[12]
Daljnje analize pokazale su da je CACTIN pružio petlju negativne povratne sprege u signalnom putu NFKB-a, jer je TRIM39 negativno regulirao aktivnost transkripcije posredovane NFKB-om stabilizirajući CACTIN. Analizom nokdauna, Zanini et al. (2017) pokazali su da je CACTIN bitan za potporu proliferaciji ćelija, stabilnost genoma, pravilni morfologiju jedra i segregaciju hromosoma u ljudskim ćelijama. Analiza sekvencirane RNK otkrila je defekte prerade na hiljadama pre-iRNK u ćelijama osiromašenim kaktinom. Konkretno, na preradu sororina (CDCA5) uticalo se u ćelijama osiromašenim kaktinom, što je rezultiralo akumulacijom neprerađenog pre-iRNK sororina. Ekspresija cDNK bez soroina u različitoj je mjeri obnovila nedostatke povezane sa iscrpljivanjem kactina, što ukazuje da je CACTIN podržavao normalnu koheziju i jrdarnu strukturu hromosoma, uglavnom promovirajući taču preradu pre-iRNK sororina. Masena spektrometrijska analiza i eksperimenti koimunoprecipitacije otkrili su da je CACTIN u fizičkoj i funkcionalnoj interakciji s DHX8 (600396) i SRRM2, vjerovatno u jedru, podržavajući mehanizme za preradu pre-iRNK.[8][12][13]
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
'V}': Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MGRDTRSRSR | SAGRRGRRRQ | SQSGSRSRSR | SHGRRNRRRR | EDEGRRRRRR | ||||
| RSRERRSDSE | EERWQRSGMR | SRSPPRPKWH | SRDGSSQSDS | GEEQSRGQWA | ||||
| RRRRRARSWS | PSSSASSSAS | PGRSQSPRAA | AAALSQQQSL | QERLRLREER | ||||
| KQQEELMKAF | ETPEEKRARR | LAKKEAKERK | KREKMGWGEE | YMGYTNTDNP | ||||
| FGDNNLLGTF | IWNKALEKKG | ISHLEEKELK | ERNKRIQEDN | RLELQKVKQL | ||||
| RLEREREKAM | REQELEMLQR | EKEAEHFKTW | EEQEDNFHLQ | QAKLRSKIRI | ||||
| RDGRAKPIDL | LAKYISAEDD | DLAVEMHEPY | TFLNGLTVAD | MEDLLEDIQV | ||||
| YMELEQGKNA | DFWRDMTTIT | EDEISKLRKL | EASGKGPGER | REGVNASVSS | ||||
| DVQSVFKGKT | YNQLQVIFQG | IEGKIRAGGP | NLDMGYWESL | LQQLRAHMAR | ||||
| ARLRERHQDV | LRQKLYKLKQ | EQGVESEPLF | PILKQEPQSP | SRSLEPEDAA | ||||
| PTPPGPSSEG | GPAEAEVDGA | TPTEGDGDGD | GEGEGEGEAV | LMEEDLIQQS | ||||
| LDDYDAGRYS | PRLLTAHELP | LDAHVLEPDE | DLQRLQLSRQ | QLQVTGDASE | ||||
| SAEDIFFRRA | KEGMGQDEAQ | FSVEMPLTGK | AYLWADKYRP | RKPRFFNRVH | ||||
| TGFEWNKYNQ | THYDFDNPPP | KIVQGYKFNI | FYPDLIDKRS | TPEYFLEACA | ||||
| DNKDFAILRF | HAGPPYEDIA | FKIVNREWEY | SHRHGFRCQF | ANGIFQLWFH | ||||
| FKRYRYRR |
Reference
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000105298 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000034889 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (Jun 1996). "A "double adaptor" method for improved shotgun library construction". Anal Biochem. 236 (1): 107–13. doi:10.1006/abio.1996.0138. PMID 8619474.
- ^ Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (Jun 1997). "Large-scale concatenation cDNA sequencing". Genome Res. 7 (4): 353–8. doi:10.1101/gr.7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
- ^ "Entrez Gene: C19orf29 chromosome 19 open reading frame 29".
- ^ a b c Scanlan, M. J., Gordan, J. D., Williamson, B., Stockert, E., Bander, N. J., Jongeneel, V., Gure, A. O., Jager, D., Jager, E., Knuth, A., Chen, Y.-T., Old, L. J. Antigens recognized by autologous antibody in patients with renal-cell carcinoma. Int. J. Cancer 83: 456-464, 1999. [PubMed]: 10508479
- ^ Atzei, P., Gargan, S., Curran, N., Moynagh, P. N. Cactin targets the MHC class III protein I-kappa-B-like (I-kappa-BL) and inhibits NF-kappa-B and interferon-regulatory factor signaling pathways. J. Biol. Chem. 285: 36804-36817, 2010. [PubMed]: 20829348
- ^ Lin, P.-H., Huang, L. H., Steward, R. Cactin, a conserved protein that interacts with the Drosophila I-kappa-B protein cactus and modulates its function. Mech. Dev. 94: 57-65, 2000. [PubMed]: 10842059
- ^ Atzei, P., Yang, F., Collery, R., Kennedy, B. N., Moynagh, P. N. Characterisation of expression patterns and functional role of cactin in early zebrafish development. Gene Expr. Patterns 10: 199-206, 2010. [PubMed]: 20348034
- ^ a b Suzuki, M., Watanabe, M., Nakamaru, Y., Takagi, D., Takahashi, H., Fukuda, S., Hatakeyama, S. TRIM39 negatively regulates the NF-kappa-B-mediated signaling pathway through stabilization of cactin. Cell. Molec. Life Sci. 73: 1085-1101, 2016. [PubMed]: 26363554
- ^ Zanini, I. M. Y., Soneson, C., Lorenzi, L. E., Azzalin, C. M. Human cactin interacts with DHX8 and SRRM2 to assure efficient pre-mRNA splicing and sister chromatid cohesion. J. Cell Sci. 130: 767-778, 2017. [PubMed]: 28062851
Dopunska literatura
- Scanlan MJ, Gordan JD, Williamson B, et al. (1999). "Antigens recognized by autologous antibody in patients with renal-cell carcinoma". Int. J. Cancer. 83 (4): 456–64. doi:10.1002/(SICI)1097-0215(19991112)83:4<456::AID-IJC4>3.0.CO;2-5. PMID 10508479.
- Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, et al. (2002). "Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis". RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017/S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
- Lehner B, Semple JI, Brown SE, et al. (2004). "Analysis of a high-throughput yeast two-hybrid system and its use to predict the function of intracellular proteins encoded within the human MHC class III region". Genomics. 83 (1): 153–67. doi:10.1016/S0888-7543(03)00235-0. PMID 14667819.
- Brandenberger R, Wei H, Zhang S, et al. (2005). "Transcriptome characterization elucidates signaling networks that control human ES cell growth and differentiation". Nat. Biotechnol. 22 (6): 707–16. doi:10.1038/nbt971. PMID 15146197. S2CID 27764390.
- Sogayar MC, Camargo AA, Bettoni F, et al. (2004). "A transcript finishing initiative for closing gaps in the human transcriptome". Genome Res. 14 (7): 1413–23. doi:10.1101/gr.2111304. PMC 442158. PMID 15197164.
- Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D, et al. (2004). "Large-scale characterization of HeLa cell nuclear phosphoproteins". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004PNAS..10112130B. doi:10.1073/pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
