CCDC94
| CCDC94 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | YJU2 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1920136 HomoloGene: 6350 GeneCards: YJU2 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 19: 4.25 – 4.27 Mb | Chr 17: 56.27 – 56.28 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Protein 94 domena upredene zavojnice (CCDC94) je protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC94.[5] Protein CCDC94 sadrži upredenu zavojnicu, domena nepoznate funkcije (DUF572), neokarakterizirani konzervirani protein (COG5134) i nedostaje mu transmembranski domen.
Gen
Pregled
CCDC94 je dug 21.975 baznih parova, orijentiran na plus lancu hromoosma 19 od 4.247.111. – 4.269.085. baznog para.[5] Genski produkt dug je 1,441 baznih parova iRNK sa osam predviđenih egzona u ljudskom genu. Kao što je predvidio Ensembl, postoji jedan alternativni oblik prerade koji kodira protein.[7] Ovaj prerađeni oblik sadrži pet egzona, a četiri od njih su kodirajući. Predviđanje i analiza promotora izvedena je pomoću programa ElDorado.[8] Predviđena promotorska regija obuhvata 714 baznih parova, od 4.246.532. do 4.247.245., na plus lancu hromosoma 19.
Gensko susjedstvo
CCDC94 nalazi se neposredno uz gen EBI3 (4,229,540-4,237,525) na pozitivnom polulancu DNK. Gen SH2 domena (4,278,598-4,290,720) leži uzvodno od CCDC94 na pozitivnom polulancu.[10]
CCDC94 eksprimiran je u niskim do umjerenim nivoima u većini dijelova tijela. Međutim, blago povišeni nivoi CCDC94 izraženi su u štitnjači, plućima, dendritskim ćelijama i limfoblastima. Podaci o ekspresiji dostupni su na BioGPS.[12] GEO expression data is available from NCBI.[11]
Protein
Obilježavajuća svojstva
CCDC94 pripada porodici CWC16 [13] a njegova funkcija nije dobro shvaćena. Ljudski oblik ima 323 aminokiselinska ostataka, sa izoelektričnom tačkom 5,618 i molekulsom masom 37,086 daltona . Ne postoje predviđeni transmembranski domeni.[14] Jedan oblik alternativne prerade CCDC94 kodira protein sa 161 aminokiselinom.[15] Domeni DUF572 i COG5134 nalaze se na ostacima 1-319 , odnodno 7-108.[16] Područje domena upredene zavojnice nalazi se na ostacima 105–206.[17] Unutarćelijska lokalizacija CCDC94 još nije eksperimentalno utvrđena, ali bioinformatička analiza pomoću PSORT-a visoko sugerira da je CCDC94 u jedru, zbog prisustva jedarnih lokalizacijskih signala.[18]
Aminokiselinmska sekvenca
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MSERKVLNKY | YPPDFDPSKI | PKLKLPKDRQ | YVVRLMAPFN | MRCKTCGEYI | ||||
| YKGKKFNARK | ETVQNEVYLG | LPIFRFYIKC | TRCLAEITFK | TDPENTDYTM | ||||
| EHGATRNFQA | EKLLEEEEKR | VQKEREDEEL | NNPMKVLENR | TKDSKLEMEV | ||||
| LENLQELKDL | NQRQAHVDFE | AMLRQHRLSE | EERRRQQQEE | DEQETAALLE | ||||
| EARKRRLLED | SDSEDEAAPS | PLQPALRPNP | TAILDEAPKP | KRKVEVWEQS | ||||
| VGSLGSRPPL | SRLVVVKKAK | ADPDCSNGQP | QAAPTPGAPQ | NRKEANPTPL | ||||
| TPGASSLSQL | GAYLDSDDSN | GSN |
Proreinske interakcije
Analiza interakcije proteina sa CCDC94 provedena je pomoću računarskih alata. Preko baze podataka MINT nisu identificirane bilo kakve interakcije.[19] Pokazano je da CCDC94 komunicira sa CDC5L, PLRG1 i PRPF19, sa najvećim rezultatom na osnovu testa koimmunoprecipitacije protiv tagova.[20] Pronađeno je šest dodatnih interaktivnih proteina. Bliža analiza pokazuje vrlo mali potencijal da ove interakcije budu stvarne, zbog čega nijednu ne treba smatrati stvarnom interakcijom protein-protein. Prikazana je interakcija proteina prema STRING-ovoj analizi.
Faktori transkripcije
CCDC94 ima promotorsku regiju koja sadrži mjesta za faktor transkripcije vezanja. Značajni faktori transkripcije, generirani su programom ElDorado na Genomatixu:[21]
- Mijeloidni protein cinkovog prsta (MZF1)
- Boks vilica H1 (Foxh1)
- Poboljšavač poliomavirusa A koji veže protein 3 (ETV4)
- E2F-myc aktivator/regulator ćelijskog ciklusa (E2F)
- SPI-1 proto-onkogen; hematopoetski transkripcijski faktor (PU1)
Bioinformatička analiza CCDC94 pomoću NetPhos[22] predvidila je sedam mjesta fosforilacije na ostacima serina, tri na ostacima treonina i tri na ostacima tirozina. Dva fosforilirana ostatka treonina i svi tirozini su visoko konzervirani, što potkrepljuje njihova pojava na istom mjestu u nekoliko analiziranih ortologa. Predviđeni fosforilirani tirozini s visokim rezultatima dogodili su se na polovini N-kraja CCDC94, dok su ostaci serina fosforilirani na polovini [[C-kraja. Sulfinator je predvidio samo jedno mjesto sulfonizacije tirozina na aminokiselini 98.[23] Vrlo vjerovatno mjesta sumoilacije na ostacima 90, 24 i 270 predvidio je SUMOplot.[24]
Tercijarna struktura
Pokazalo se da tercijarna struktura CCDC94 ima nekoliko regiona beta-listova i samo jedan visoko predviđeni alfa heliks . Analiza PHYRE2 s 65 ostataka CCDC94, 20% cijele sekvence aminokiselina, modelirana je s 87,9% pouzdanosti.[9]
Homologija
Ortholozi
CCDC94 je vrlo dobro konzerviran kod mnogih vrsta, a cjelokupni protein je konzerviran u svim svojim ortolozima.[25] Međutim, konzervacija se ne proteže toliko unatrag kao do bakterija. Filogenetsko stablo, generirano prema Biology WorkBench[26] pokazuje evolucijske odnose između CCDC94 vrste Homo sapiens i njegovih ortologa. Tabela u nastavku prikazuje konzerviranje CCDC94 među ortolozima:
| Rod Vrsta | Uobičajeno ime organizma | Divergencija od ljudi (milioni godina) [27] | Pristup proteinu u NCBI | Sličnost sekvence [25] | Dužima proteina |
|---|---|---|---|---|---|
| Pan panicus | Bonobo (patuljasti čimpanza) | 6.3 | XP_003819321.1 | 99% | 323 |
| Gorilla gorilla gorilla | Gorila | 8,8 | XP_004059817.1 | 98% | 286 |
| Callithrix jacchus | Obični marmozet | 42,6 | XP_002761642.1 | 83% | 278 |
| Mus musculus | Miš | 92,3 | NP_082657.1 | 87% | 314 |
| Rattus norvegicus | Pacov | 92,4 | NP_001103143.1 | 87% | 313 |
| Cricetulus griseus | Kineski hrčak | 92,4 | XP_003501789.1 | 85% | 321 |
| Bos taurus | Goveče | 94,4 | NP_001069159.1 | 89% | 320 |
| Felis catus | Mačka | 94,4 | XP_003981794.1 | 73% | 363 |
| Sarcophilus harrisii | Tasmanijski šejtan | 163,9 | XP_003760628.1 | 78% | 326 |
| Monodelphis domestica | Oposum | 163.9 | XP_001374444.1 | 86% | 326 |
| Gallus gallus | Crvena kokoška | 296,4 | XP_423475.3 | 84% | 291 |
| Anolis carolinensis | Gušter | 324,5 | XP_003230268.1 | 72% | 311 |
| Xenopou tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | 342,7 | NP_001017176.1 | 73% | 345 |
| Xenopus laevis | Afrička kandžasta žaba | 371,2 | NP_001087648.1 | 83% | 280 |
| Takifugu rubripes | Pufer-riba | 454,6 | XP_003962830.1 | 64% | 348 |
| Acyrthosiphon pisum | Graškova uš (insekt) | 910 | NP_001155925.1 | 49% | 278 |
| Harpegnathos saltor | Mrav | 910 | EFN80619.1 | 47% | 351 |
Paralozi
CCDC94 ima samo jednpog paraloga, CCDC130 ili MGC10471.[28] CCDC130 je vrlo sličan CCDC94-u, jer sadrži i domene DUF572 i COG5134.[29]
Reference
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000105248 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000003208 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Coiled-coil domain-containing 94 Homo sapiens". NCBI. Pristupljeno 10. 5. 2013.
- ^ "Coiled-coil domain-containing 94". GeneCards. Pristupljeno 12. 5. 2013.
- ^ "Transcript variants". Ensemble. Pristupljeno 10. 5. 2013.
- ^ "ElDorado:Genomes and Annotation". Genomatix. Arhivirano s originala, 22. 5. 2021. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ a b "CCDC94 Tertiary Structure Prediction". Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "Coiled-coil domain-containing 94 Homo sapiens". NCBI. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ a b "CCDC94:Multiple Normal Tissues". NCBI. Pristupljeno 12. 5. 2013.
- ^ "Tissue-specific mRNA expression". BioGPS. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "GeneCards:CCDC94". GeneCards. Pristupljeno 10. 5. 2013.
- ^ "Biology WorkBench SAPS Program". Biology WorkBench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "Transcript: CCDC94". Ensemble. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "Coiled-coil domain-containing 94". NCBI. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "UniProt CCDC94". UniProt. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "PSORT Prediction". PSORT. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "MINT Protein Interactions". MINT.
- ^ "Relevant datasets in Homo sapiens". STRING. Pristupljeno 11. 5. 2013.[mrtav link]
- ^ "ElDorado:Genome and Annotation". Geonmatix. Arhivirano s originala, 22. 5. 2021. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "NetPhos 2.0 server". ExPasy. Pristupljeno 12. 5. 2013.
- ^ "The Sulfinator". ExPasy. Pristupljeno 12. 5. 2013.
- ^ "SUMOplot Analysis Program". ABGENT. Pristupljeno 12. 5. 2013.
- ^ a b "BLAST". NCBI. Pristupljeno 12. 5. 2013.
- ^ "Protein Analysis Tools". Biology WorkBench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 12. 5. 2013.
- ^ "Time Tree".
- ^ "coiled-coil domain-containing 94". GeneCards. Pristupljeno 11. 5. 2013.
- ^ "Coiled-coil domain-containing 130 Homo sapiens". NCBI. Pristupljeno 11. 5. 2013.
Vanjski linkovi
- Lokacija ljudskog genoma CCDC94 i stranica sa detaljima o genu CCDC94 u UCSC Genome Browseru.
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
