LRRIQ1
| LRRIQ1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | LRRIQ1 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1922228 HomoloGene: 46007 GeneCards: LRRIQ1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 12: 85.04 – 85.26 Mb | Chr 10: 102.88 – 103.07 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Leucinom bogati protein 1 sa ponavljanjem motiva IQ je protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRIQ1. [5] Ovaj protein je vjerojatno jedarni kodirajući protein mitohondrija[6] and is found in all Metazoans.[7]
Gen
LRRIQ1 je kod ljudi mapiran na hromosomu 12, na sekvenci 12q21.31. LRRIQ1 je blizu ALX1 na pozitivnom lancu, a TSPAN19 i SLC6115 na negativnom. Pokriva 208,78 KB, od 85430099 do 8563881 bp na direktnoj niti. Sadrži 36 egzona.[8]
Gen sadrži 31 različita introna, a transkript proizvodi 10 različitih iRNK. LRRIQ1 ima dva potvrđena alternativna mjesta poliadenilacije. Najčešća izoforma sastoji se od 5.460 parova baza i uključuje 28 od ukupno 29 egzona.[7] Primati imaju izduženi 3’ kraj u odnosu na druge vrste sisara. Gmizavci, ptice i ribe također imaju krnji 3'-kraj, u poređenju sa transkriptima primata.[9]
Protein
Protein je jedarni kodirani mitohondrijski protein. Ljudski ima 1.760 aminokiselina. Protein se smatra uglavnom neutralnim, iako se 17% primarne strukture sastoji od hidrofobnih ponavljanja bogatih leucinom.[10]
Ponavljanje bogato leucinom tvori strukturni oblik potkove, koji podstiče interakcije protein-protein. Najčešća prevedena izoforma ima predviđenu molekulsku masu od 199,3 kdal. U poređenju sa prosjekom ljudskih sekvenci, unutrašnji sastav bogat je leucinom, glutaminskom kiselinom i lizinom.[11]
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 1.722 aminokiseline, a molekulska težina 199.300 Da.[12].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MDDDDAKLKA | EIEAELDKLS | ISSLEKEDIE | SDAKSETQSD | DSDTDSVELP | ||||
| ESVLHCINII | KNRSKAVEEL | ILQDLEDTDI | LSCSYGAVSN | NHMHLRTGLS | ||||
| TEYEESSEQL | IKILSEIEKE | EFMRSKTDCA | TPDFVPEPSP | HDLPMDEHVL | ||||
| PDDADINFGY | CEVEEKCRQS | FEAWQEKQKE | LEDKEKQTLK | AQRDREEKQF | ||||
| QEEEEKRHCW | MKQFKVEKKK | LENIQKQEQD | KMNDELYKEE | KIWKEKFKQH | ||||
| EEYIRNLHLQ | MEEERTRFKD | QQEKEKNSLL | KQQNNAAVKI | QAKYKAFVAY | ||||
| QKYGPIIKEQ | IESKKRKAQE | WKEKEAKIRQ | KEEENRKRLE | EEQRIKEERK | ||||
| KQKEEERKRR | EKEYEEKKNI | VKQEREQLIS | KEKIILREDA | SQQLIISSAL | ||||
| KKSGYNNKHL | SLEDISNDKG | DIAKNLVDEN | SKKQEDVLLW | LVEESNMKEN | ||||
| VDRQTILKES | IQVKLKESIS | SQTILADFKM | EEKNENLAKK | RCSEELVKQE | ||||
| RKYENTDNKT | ELGNSDLKGN | LKEQFPLQEL | KSDAQKEEKI | MKHVINENTG | ||||
| QKTQIILGHN | QEISEVKTNE | EQKIIKDNQQ | KKIQKVEKEE | IQEQNGLLYK | ||||
| DKDTLVISVK | QRSLSLTSEN | SKDVRENVIL | QEKEIYSKSK | EIEENPKDNA | ||||
| WNSGIVIFNT | TDTMINIEGK | RNDQDYVLGR | HAPCEGLSNY | NAESSMVSKE | ||||
| VNSLKSEIRN | ISEKCHENAP | EPDSMTCCVS | ESTLLYSIEE | RRLAWIKSFK | ||||
| PWLEIFKQNQ | QKKIVRRKRP | VKCPANMTPA | LDKLEILRCG | PWDTLQQVTT | ||||
| VTFQDLPGCV | LSTLAECTNL | QFLSLRRCGL | TSLHSLSNCK | KLKYIDAQEN | ||||
| HIEAIECENL | ENLCVVLLNK | NQLTSLHGLD | GCTNIQCLEL | SYNKITRIGY | ||||
| SFFLEEKLVD | NAGFCHHLGT | STSYLSLAQV | WIPTGLCWSW | IPITSLTKNS | ||||
| DCNFLISHLY | WNCGLESLKN | LQQLILDHNQ | LINTKGLCDT | PTIVYLDCSH | ||||
| NHLTDVEGVE | NCGLLQILKL | QGNYLSELPS | LENLVLLREL | HLDDNSISTV | ||||
| EAFSSYWLPL | LQNITISQNS | LTKIVPLFHF | VSLEKLDVSH | NCLSDLKSAI | ||||
| KWFDACYSLH | ELSLTGNPLL | QETNWRDSLL | KVLPALRILN | GNILNSNSES | ||||
| RTEEHNQLGS | AGFLALCQSQ | IREFNLLIEN | YITGKGDVFT | LDTAENLCHY | ||||
| FKKLMILSTE | YRHAHERGDV | TITKKDESEA | QKNHLAPTNS | DSTLQNGVFY | ||||
| SCAREGEPDS | PDIPEKWMDS | VSSHSPLSKS | ATCENMEGRH | QEILVCQKRE | ||||
| DSKASSIPTI | RIPFKEVVMT | NSLLRNHQNI | EPSEKIMAAV | VIQSYWRGYL | ||||
| MRRQTHFSTR | LHTAATEGLP | NSSIKNQTIL | KKGKRENIVN | IRKQREKAAI | ||||
| LIQAVWKGFI | LRKKLTTALE | AIKNEESDEE | YREIDLEDFI | FDEAALEEEW | ||||
| LALDSTRFPS | QTLLLSNQLH | WPKIPGNLKW | DDTSFNLPSN | PAQAWLCNDK | ||||
| ENLSSSEHTQ | FNSRSENKTS | SWTPESKTSR | KSLLKSEKEK | KISEEWGFKD | ||||
| ISTAQQMLKR | AQKMKSKKLK | KKIDSTVRLA | LFKNNENKVS | LPKSPKMVQP | ||||
| RRDGYFEGIE | EDPIHKDTTA | NEKLERNREY | TYQWLHTQVG | VHETTSSRNM | ||||
| KCNHFLPELD | PDVLNGGRVQ | LVARLVSRED | TDLDLFSMTN | GSALSVNREK | ||||
| KNQAHRHSAG | SSSKLWFPSK | LI |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Domeni i motivi
LRRIQ1 sadrži IQ motiv vezivanja kalmodulina koji se nalazi u jednoj izoformi. Izoforma sadrži tri kopije i služi kao mjesto vezanja za kalmodulin ili CaM-slične proteine.[5] Domen ponavljanja bogat leucinom nalazi se u tri izoforme LRRIQ1. LRRIQ1 sadrži četiri ponavljanja bogata leucinom (LRR). Motiv LRR-a pruža strukturni okvir za stvaranje interakcija protein-protein, formirajući namotani oblik potkove.
Homologija
Nema poznatih paraloga LRRIQ1 otkrivenih kod ljudi.
Postoji mnogo ortologa LRRIQ1. Ortologni LRRIQ1 nalazi se u svim metazoama. LRRIQ1 se ne nalazi u biljkama, bakterijama, arhejama, gljivama ili protistima. Najdalji homolog nalazi se u Drosophila melanogaster[9](procijeno datiranje divergencije oko prije 847 miliona godina[13]). Kod Drosophila konzervirane su motivi koji sadrže IQ i domene ponavljanja bogate leucinom.
Konzervacija
Pokazalo se da je gen LRRIQ1 visoko konzerviran. Gen ima prave ortologe širom sisarskih taksona i nalazi se u svim Metazoa. Vrijeme divergencije u odnosu na korigirani % divergencije (m) određeno je uzorcima ljudi, gorila, pripitomljene mačke, bizona, kita orka, arapske kamile, domaćeg konja, afričkog grmastog slona, ćelavog orla, Adelievog pingvina, japanskog gekona, karolinske anole i zapadne kandžaste žabe. Korišteni su za kreiranje nagiba linije poređenja za fibrinogen (smatra se relativno brzo evoluirajućim proteinom) i citohrom c (relativno sporijim), zapadna kandžasta žaba, Xenopus laevis, Takifugu rubripes i Bos taurus.
Ekspresija
LRRIQ1 je slabo eksprimiran (0,6 puta veći od prosječnog gena) u plućima, sjemenicima, epitelnom tkivu, udruženim tumorima zametnih ćelija, tkivima mozga, embrionskm i masnim tkivima.[7]
Proteini u interakciji
Prisustvo motiva leucin-bogatih ponavljanja pruža strukturni okvir za interakcije protein-protein. HES4 je jedini identificirani protein koji stupa u interakciju s LRRIQ1.[14]
HES4 je transkripcijski faktor koji se nalazi kod ljudi. Protein veže DNK na motive N-kutije.[15]
Klinički značaj
Do danas nije poznat klinički značaj ovog gena.
Reference
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000133640 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019892 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "Entrez Gene: Leucine-rich repeats and IQ motif containing 1". Pristupljeno 29. 3. 2016.
- ^ Hart, Gerald W.; Akimoto, Yoshihiro (1. 1. 2009). Varki, Ajit; Cummings, Richard D.; Esko, Jeffrey D.; Freeze, Hudson H.; Stanley, Pamela; Bertozzi, Carolyn R.; Hart, Gerald W.; Etzler, Marilynn E. (ured.). The O-GlcNAc Modification (2nd izd.). Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 9780879697709. PMID 20301273.
- ^ a b c [email protected], Danielle Thierry-Mieg and Jean Thierry-Mieg, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:LRRIQ1, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 3. 5. 2016.
- ^ "LRRIQ1 leucine-rich repeats and IQ motif containing 1 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 3. 5. 2016.
- ^ a b "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 3. 5. 2016.
- ^ Kelley, Lawrence. "PHYRE2 Protein Fold Recognition Server". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Pristupljeno 3. 5. 2016.
- ^ "ProMoST: Protein Modification Screening Tool | proteomics.mcw.edu". proteomics.mcw.edu. Arhivirano s originala, 11. 10. 2016. Pristupljeno 3. 5. 2016.
- ^ "UniProt, Q96JM4". Pristupljeno 11. 8. 2021.
- ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". timetree.org. Pristupljeno 3. 5. 2016.
- ^ "mentha: the interactome browser". mentha.uniroma2.it. Pristupljeno 3. 5. 2016.
- ^ [email protected], Danielle Thierry-Mieg and Jean Thierry-Mieg, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:HES4, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 3. 5. 2016.
Dopunska literatura
- Rose JE, Behm FM, Drgon T, Johnson C, Uhl GR (2010). "Personalized smoking cessation: interactions between nicotine dose, dependence and quit-success genotype score". Mol. Med. 16 (7–8): 247–53. doi:10.2119/molmed.2009.00159. PMC 2896464. PMID 20379614.
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
