MetaCyc
MetaCyc baza podataka je jedna od najvećih baza podataka metaboličkih puteva i enzima trenutno dostupnih. Podaci u bazi podataka ručno su kurirani iz naučne literature i pokrivaju sve oblasti života. MetaCyc ima opsežne informacije o hemijskim spojevima, reakcijama, metaboličkim putevima i enzimima. Podaci su prikupljeni iz više od 58.000 publikacija.[1][2][3]
MetaCyc je dizajniran za više vrsta upotrebe. Često se koristi kao opsežna onlajn enciklopedija metabolizma. Pored toga, MetaCyc se koristi kao referentni skup podataka za kompjutersko predviđanje metaboličke mreže organizama iz njihovih sekvenciranih genoma; korišten je za predviđanje puta za hiljade organizama, uključujući i one u BioCyc kolekciji baze podataka. MetaCyc se također koristi u metaboličkom inženjerstvu i istraživanju metabolomike.
MetaCyc uključuje mini preglede za puteve i enzime koji pružaju osnovne informacije, kao i relevantne literaturne reference. Također pruža opsežne podatke o pojedinačnim enzimima, opisujući njihovu strukturu podjedinica, kofaktore, aktivatore i inhibitore, specifičnost supstrata i, kada su dostupni, kinetičke konstante. MetaCyc podaci o metabolitima uključuju hemijske strukture, predviđenu standardnu energiju formiranja i veze sa eksternim bazama podataka. Reakcije u MetaCyc-u su predstavljene u vizuelnom prikazu koji uključuje strukture svih komponenti. Reakcije su izbalansirane i uključuju EC brojeve, smjer reakcije, predviđena mapiranja atoma koja opisuju korespondenciju između atoma u jedinjenjima reaktanata i spojeva proizvoda, i izračunatu Gibbsovu slobodnu energiju .
Svi objekti u MetaCyc-u se mogu kliknuti i omogućavaju lahak pristup povezanim objektima. Na primjer, stranica za L-lizin navodi sve reakcije u kojima L-lizin učestvuje, kao i enzime koji ih kataliziraju i puteve na kojima se te reakcije odvijaju.
Reference
- ^ "The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of Pathway/Genome Databases". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D473–9. januar 2014. doi:10.1093/nar/gkp875. PMC 2808959. PMID 19850718.
- ^ "MetaCyc Publications".
- ^ "A survey of metabolic databases emphasizing the MetaCyc family". Arch. Toxicol. 85 (9): 1015–33. septembar 2011. doi:10.1007/s00204-011-0705-2. PMC 3352032. PMID 21523460.
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
