Eslovènia es va classificar per sorpresa per l'Eurocopa 2000, quan va derrotar Ucraïna en un desempat. Van derrotar alguns caps de sèrie durant el torneig, com Iugoslàvia i Noruega, i perdent només a Espanya 2-1. Eslovènia va aconseguir un altre gran èxit dos anys més tard, la qualificació per a la Copa del Món de 2002, aquesta vegada derrotant Romania en un desempat. No van perdre un partit en tota la seva campanya de classificació, amb un registre de sis victòries i sis empats. No obstant això, no li va anar tan bé a la fase final, ja que van quedar eliminats a primera ronda.
Tot i no classificar-se pel Mundial 2006, van ser l'únic equip que va vèncer a Itàlia en el seu camí a guanyar el torneig amb una victòria 1-0 en el seu propi terreny. No va ser l'única vegada que va evitar la derrota contra l'equip italià - el 1995 van empatar 1-1 en la fase de classificació per l'Eurocopa 1996. El novembre de 2009, Eslovènia va vèncer a Rússia en un desempat per aconseguir un lloc en la Copa del Món FIFA 2010.
