Rektor České zemědělské univerzity v Praze (ČZU) je volený akademický orgán. Představuje hlavu celé univerzity a je ztělesněn osobou z její akademické obce. Současným 11. rektorem je od února 2018 profesor Petr Sklenička.

Rektor jedná za univerzitu navenek, činí rozhodnutí, kterými disponuje na základě vysokoškolského zákona České republiky. Je členem České konference rektorů.

Rektor jmenuje a odvolává děkany šesti fakult univerzity, kvestora, prorektory, členy vědecké rady a disciplinární komise univerzity, předkládá rozpočet, výroční zprávu o hospodaření a hodnocení a vydává opatření.

Rektora jmenuje a odvolává na návrh Akademického senátu České zemědělské univerzity prezident České republiky. Návrh na jmenování je předkládán prostřednictvím ministra školství, mládeže a tělovýchovy, který také navrhuje mzdu. Funkční období je čtyřleté a stejná osoba může funkci vykonávat nejvýše dvě po sobě jdoucí období.

• Vladimír Kosil; prof. Dr. Ing. DrSc. 1952 – 1960
• Karel Kudrna; akademik 1960 – 1966
• Emil Kunz; prof. Dr. Ing. DrSc. 1966 – 1970
• Ctibor Lédl; prof. Ing. DrSc. dr.h.c. 1970 – 1985
• Josef Červenka; prof. Ing. CSc. 1985 – 1990
• Jiří Petr; prof. Ing. DrSc. dr.h.c. 1990 – 1994
• Jan Hron; prof. Ing. DrSc. dr.h.c. 1994 – 2000
• Josef Kozák; Prof. Ing. DrSc. dr.h.c. 2000 – 2003
• Jan Hron; prof. Ing. DrSc. dr.h.c. 2003 – 2010
• Jiří Balík; prof. Ing. CSc. dr. h. c. 2010 – 2018
• Petr Sklenička; prof. Ing. CSc. 2018 – dosud.