Seznam významných druhů v CHKO Brdy zahrnuje druhy živočichů, rostlin, mechorostů, hub a lišejníků, které se vyskytují na území Chráněné krajinné oblasti Brdy a které zároveň prováděcí vyhláška ministerstva životního prostředí České republiky č. 395/1992 Sb. k zákonu č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny uvádí jako zvláště chráněné druhy, popř. které jsou uvedeny v příslušných Červených seznamech IUCN pro Českou republiku.^[1]

Seznam zvláště chráněných druhů živočichů dle vyhlášky č. 395/1992 Sb. rozdělený dle obvyklých skupin.

• batolec červený (Apatura ilia)
• batolec duhový (Apatura iris)
• bělopásek dvouřadý (Limenitis camilla)
• bělopásek topolový (Limenitis populi)
• modrásek bahenní (Maculinea nausithous)
• modrásek očkovaný (Maculinea teleius)
• otakárek fenyklový (Papilio machaon)
• otakárek ovocný (Iphiclides podalirius)
• tesařík zavalitý (Ergates faber)

• čmelák (Bombus sp.)
• majka fialová (Meloe violaceus)
• mravenci (Formica spp.)
• roháč obecný (Lucanus cervus)
• střevlík polní (Carabus arcensis)
• svižník lesomil (Cicindela sylvicola)
• svižník polní (Cicindela campestris)
• svižník zvrhlý (Cicindela hybrida)
• zlatohlávek tmavý (Oxythyraea funesta)

• listonoh letní (Triops cancriformis)
• rak kamenáč (Austropotamobius torrentium)
• rak říční (Astacus astacus)

• škeble rybničná (Anodonta cygnea)

• rak bahenní (Astacus leptodactylus)

• mihule potoční (Lampetra planeri)

• mník jednovousý (Lota lota)
• střevle potoční (Phoxinus phoxinus)
• vranka obecná (Cottus gobio)

• skokan ostronosý (Rana arvalis)

• čolek horský (Ichthyosaura alpestris)
• čolek obecný (Lissotriton vulgaris)
• čolek velký (Triturus cristatus)
• kuňka obecná (Bombina bombina)
• kuňka žlutobřichá (Bombina variegata)
• mlok skvrnitý (Salamandra salamandra)
• ropucha zelená (Pseudepidalea viridis)
• rosnička zelená (Hyla arborea)
• skokan krátkonohý (Pelophylax lessonae)
• skokan štíhlý (Rana dalmatina)
• skokan zelený (Pelophylax esculentus)

• ropucha obecná (Bufo bufo)

• zmije obecná (Vipera berus)

• ještěrka obecná (Lacerta agilis)
• ještěrka živorodá (Zootoca vivipara)
• slepýš křehký (Anguis fragilis)
• užovka hladká (Coronella austriaca)

• užovka obojková (Natrix natrix)

• jeřáb popelavý (Grus grus)
• luňák červený (Milvus milvus)
• luňák hnědý (Milvus migrans)
• orel mořský (Haliaeetus albicilla)
• orlovec říční (Pandion haliaetus)
• strnad luční (Miliaria calandra)
• tetřev hlušec (Tetrao urogallus)

• bekasina otavní (Gallinago gallinago)
• bramborníček hnědý (Saxicola rubetra)
• čáp černý (Ciconia nigra)
• datlík tříprstý (Picoides tridactylus)^[2][3][4]
• drozd cvrčala (Turdus iliacus)
• dudek chocholatý (Upupa epops)
• hohol severní (Bucephala clangula)
• holub doupňák (Columba oenas)
• chřástal kropenatý (Porzana porzana)
• chřástal polní (Crex crex)
• chřástal vodní (Rallus aquaticus)
• kalous pustovka (Asio flammea)
• konipas luční (Motacilla flava)
• kos horský (Turdus torquatus)
• krahujec obecný (Accipiter nisus)
• krutihlav obecný (Jynx torquilla)
• křepelka polní (Coturnix coturnix)
• kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum)
• ledňáček říční (Alcedo atthis)
• lejsek malý (Ficedula parva)
• lelek lesní (Caprimulgus europaeus)
• moták pilich (Circus cyaneus)
• pěnice vlašská (Sylvia nisoria)
• pisík obecný (Actitis hypoleucos)
• rákosník velký (Acrocephalus arundinaceus)
• skřivan lesní (Lullula arborea)
• slavík modráček (Luscinia svecica cyanecula)
• sýc rousný (Aegolius funereus)
• sýček obecný (Athene noctua)
• včelojed lesní (Pernis apivorus)
• vodouš kropenatý (Tringa ochropus)
• volavka bílá (Egretta alba)
• žluva hajní (Oriolus oriolus)

• bramborníček černohlavý (Saxicola torquata)
• čírka obecná (Anas crecca)
• hýl rudý (Carpodacus erythrinus)
• jestřáb lesní (Accipiter gentilis)
• koroptev polní (Perdix perdix)
• krkavec velký (Corvus corax)
• lejsek šedý (Muscicapa striata)
• moták pochop (Circus aeruginosus)
• moudivláček lužní (Remiz pendulinus)
• ořešník kropenatý (Nucifraga caryocatactes)
• potápka černokrká (Podiceps nigricollis)
• potápka roháč (Podiceps cristatus)
• sluka lesní (Scolopax rusticola)
• ťuhýk obecný (Lanius collurio)
• ťuhýk šedý (Lanius excubitor)
• vlaštovka obecná (Hirundo rustica)
• výr velký (Bubo bubo)

• netopýr černý (Barbastella barbastellus)
• netopýr velký (Myotis myotis)
• plch zahradní (Eliomys quercinus)

• bobr evropský (Castor fiber)
• los evropský (Alces alces)
• netopýr pestrý (Vespertilio murinus)
• netopýr rezavý (Nyctalus noctula)
• netopýr řasnatý (Myotis nattereri)
• netopýr severní (Eptesicus nilssonii)
• netopýr ušatý (Plecotus auritus)
• netopýr večerní (Eptesicus serotinus)
• netopýr velkouchý (Myotis bechsteinii)
• netopýr velký (Myotis brandtii)
• netopýr vodní (Myotis daubentonii)
• netopýr vousatý (Myotis mystacinus)
• plšík lískový (Muscardinus avellanarius)
• rys ostrovid (Lynx lynx)
• vydra říční (Lutra lutra)

• veverka obecná (Sciurus vulgaris)

Seznam chráněných druhů cévnatých rostlin dle vyhlášky č. 395/1992 Sb.

• plavuník cypřiškovitý (Diphasiastrum tristachyum)
• pobřežnice jednokvětá (Littorella uniflora)
• vratička heřmánkolistá (Botrychium matricariifolium)

• hadilka obecná (Ophioglossum vulgatum)
• hořec hořepník (Gentiana pneumonanthe)
• kosatec sibiřský (Iris sibirica)
• plavuník alpínský (Diphasiastrum alpinum)
• plavuňka zaplavovaná (Lycopodiella inundata)
• rosnatka okrouhlolistá (Drosera rotundifolia)
• všivec bahenní (Pedicularis palustris)
• všivec lesní (Pedicularis sylvatica)
• zvonečník hlavatý (Phyteuma orbiculare)

• bělozářka liliovitá (Anthericum liliago)
• bledule jarní (Leucojum vernum)
• dřípatka horská (Soldanella montana)
• klikva bahenní (Oxycoccus palustris)
• lilie zlatohlavá (Lilium martagon)
• mochna durynská (Potentilla thuringiaca)
• okrotice bílá (Cephalanthera damasonium)
• oměj vlčí mor ( Aconitum lycoctonum subsp. lycoctonum)
• ostřice blešní (Carex pulicaris)
• ostřice Davallova (Carex davalliana)
• plavuň pučivá (Lycopodium annotinum)
• prha chlumní (Arnica montana)
• prstnatec Fuchsův (Dactylorhiza fuchsii)
• prstnatec májový (Dactylorhiza majalis)
• sněženka podsněžník (Galanthus nivalis)
• tolije bahenní (Parnassia palustris)
• upolín evropský (Trollius altissimus)
• vachta trojlistá (Menyanthes trifoliata)
• vemeník dvoulistý (Platanthera bifolia)
• vemeník zelenavý (Platanthera chlorantha)
• vranec jedlový (Huperzia selago)

Seznam druhů uvedených v Červeném seznamu cévnatých druhů ČR (Grulich 2012). Bez výše uvedených druhů.

• kakost rozkladitý (Geranium divaricatum)
• orobinec stříbrošedý (Typha shuttleworthii)

• bařička bahenní (Triglochin palustre)
• jestřábník myší ouško (Hieracium lactucella)
• jetel kaštanový (Trifolium spadiceum)
• kociánek dvoudomý (Antennaria dioica)
• ostřice dvoumužná (Carex diandra)
• ostřice vyvýšená (Carex elata)
• pomněnka různobarvá (Myosotis discolor)
• pryskyřník rolní (Ranunculus arvensis)
• rozrazil polní (Veronica agrestis)
• suchopýr širolistý (Eriophorum latifolium)
• světlík větvený (Euphrasia nemorosa)

• bahnička bradavkatá rakouská (Eleocharis mamillata subsp. austriaca)
• bělolist nejmenší (Filago minima)
• bělolist rolní (Filago arvensis)
• bezosetka štětinovitá (Isolepis setacea)
• hrachor horský (Lathyrus linifolius)
• hruštička menší (Pyrola minor)
• jalovec obecný (Juniperus communis)
• jehlice plazivá (Ononis repens)
• jeřáb muk (Sorbus aria agg.)
• jmelí bílé jedlové (Viscum album subsp. abietis)
• konopice úzkolistá (Galeopsis angustifolia)
• kyčelnice devítilistá (Dentaria enneaphyllos)
• lipnice oddálená (Poa remota)
• lněnka alpská (Thesium alpinum)
• mrvka myší ocásek (Vulpia myuros)
• nepatrnec rolní (Aphanes arvensis)
• ostružiník brdský (Rubus brdensis)
• ostružiník český (Rubus bohemiicola)
• ostružiník středočeský (Rubus centrobohemicus)
• ostružiník šedavý (Rubus canescens)
• ostřice odchylná (Carex appropinquata)
• ostřice přetrhovaná (Carex divulsa)
• ostřice stinná (Carex umbrosa)
• pastinák setý tmavý (Pastinaca sativa subsp. urens)
• plavuň vidlačka (Lycopodium clavatum)
• ptačinec dlouholistý (Stellaria longifolia)
• rdest ostrolistý (Potamogeton acutifolius)
• rdest vláskovitý (Potamogeton trichoides)
• rozrazil dlouholistý (Pseudolysimachion maritimum)
• růže galská (Rosa gallica)
• sítina alpská (Juncus alpinoarticulatus)
• sítina ostrokvětá (Juncus acutiflorus)
• skřípina kořenující (Scirpus radicans)
• svízel moravský (Galium valdepilosum)
• škarda měkká čertkusolistá (Crepis mollis subsp. hieracioides)
• tajnička rýžovitá (Leersia oryzoides)
• třezalka rozprostřená (Hypericum humifusum)
• vikev kašubská (Vicia cassubica)
• vítod ostrokřídlý (Polygala multicaulis)
• vrba rozmarýnolistá (Salix rosmarinifolia)
• vrbovka malokvětá (Epilobium parviflorum)
• vrbovka tmavá (Epilobium obscurum)
• zimostrázek alpský (Polygala chamaebuxus)
• žluťucha lesklá (Thalictrum lucidum)

Pro nedostatek údajů o nálezech ze současnosti jsou zahrnuty i historické údaje.

• pokryvnatec Schleicherův (Entodon schleicheri)

• rohozec obnažený (Bazzania flaccida)
• štekovec vykrajovaný (Riccardia chamedryfolia)
• vřesovka vonná (Geocalyx graveolens)

• drobnička zoubkatá (Cephaloziella spinigera)
• rašeliník střecholistý (Sphagnum affine)
• rohozec trojzubý (Bazzania tricrenata)
• srpnatka fermežová (Hamatocaulis vernicosus)
• trhutka dutinkatá (Riccia cavernosa)
• vidoňka podzimní (Jamesoniella autumnalis)

• rašeliník splývavý (Sphagnum inundatum)

Seznam chráněných druhů hub dle vyhlášky č. 395/1992 Sb.

• bolinka černohnědá (Camarops tubulina)
• slizečka chlupatá (Xerula melanotricha)

Seznam druhů dle Červenému seznamu hub (makromycetů) ČR bez výše uvedených druhů. Kategorie ohrožení odpovídají seznamu.

• penízovka jarní (Gymnopus nivalis var. pallidus)

• hlívička stopkatá (Hohenbuehelia auriscalpium)
• holubinka černobílá (Russula albonigra)
• houžovec medvědí (Lentinellus ursinus)
• kotrč Němcův (Sparassis nemecii)
• kržatka šikmá (Flammulaster limulatus)
• ryzec statný (Lactarius repraesentaneus)
• štítovka síťnatá (Pluteus phlebophorus)
• štítovka Thomsonova (Pluteus thomsonii)
• závojenka hnědofialová (Entoloma tjallingiorum)

• běločechratka hořká (Leucopaxillus gentianeus)
• holubinka sluneční (Russula solaris)
• štítovka huňatá (Pluteus hispidulus)
• štítovka stinná (Pluteus umbrosus)

• hlíva hnízdovitá (Phyllotopsis nidulans)
• holubinka lepkavá (Russula viscida)
• korálovec bukový (Hericium coralloides)
• korálovec jedlový (Hericium flagellum)
• oranžovec vláknitý (Pycnoporellus fulgens)
• outkovečka naoranžovělá (Antrodiella fissiliformis)
• pýchavka klamná (Lycoperdon decipiens)

Seznam druhů dle Červenému seznamu lišejníků ČR bez výše uvedených druhů. Kategorie ohrožení odpovídají seznamu.

• dutohlávka horská (Cladonia stellaris)
• hůlkovka okrouhlá (Bacidia circumspecta)
• kryptovka Flotowova (Gyalecta flotowii)
• misnička hnědá (Bacidia vermifera)
• Hertelidea botryosa
• Nephromopsis laureri

• biatora bílá (Biatora veteranorum)
• cecatka chřástnatá (Thelotrema lepadinum)
• děratka polokulovitá (Pertusaria hemisphaerica)
• dutohlávka kadeřavá (Cladonia crispata)
• dutohlávka ztmavlá (Cladonia amaurocraea)
• hávnatka rovnovážná (Peltigera horizontalis)
• hůlkovka čočkovitá (Bacidina phacodes)
• hůlkovka růžová (Bacidia rosella)
• jadernička lesklá (Pyrenula nitida)
• kališenka roztroušená (Calicium adspersum)
• misnička bělavá (Lecanora albella)
• nenápadka pupenovitá (Acrocordia gemmata)
• poprášenka botkatá (Sclerophora peronella)
• pukléřka březová (Cetraria sepincola)
• rožďovka jasanová (Ramalina fraxinea)
• rožďovka topolová (Ramalina fastigiata)
• terčovitka černopurpurová (Catinaria atropurpurea)
• terčovka drobná (Xanthoparmelia mougeotii)
• terčovník nachový (Phaeophyscia endophoenicea)
• vousatec spletený (Bryoria implexa)
• děratka Pertusaria flavida
• provazovka Usnea subfloridana
• strupatka Ochrolechia alboflavescens
• šálečka Porpidia cinereoatra

• artonie paprsčitá (Arthonia radiata)
• artonie prostřední (Arthonia mediella)
• artonie vínová (Arthonia vinosa)
• biatora odchylná ([Biatora globulosa)
• bradavnice mechová (Verrucaria bryoctona)
• čárnička psaná (Graphis scripta)
• děratka hladkokorá (Pertusaria leioplaca)
• děratka korunovitá (Pertusaria coronata)
• děratka kulovitá (Pertusaria coccodes)
• dřevopiska rovnoběžná (Xylographa parallela)
• dutohlávka brvitá (Cladonia ciliata var. tenuis)
• dutohlávka červenající (Cladonia norvegica)
• dutohlávka rohatá (Cladonia cornuta)
• dutohlávka velkolupenná (Cladonia macrophylla)
• hávnatka psí (Peltigera canina)
• hůlkovka červená (Bacidia rubella)
• hůlkovka nevzhledná (Bacidia subincompta)
• kališenka dřevní (Calicium trabinellum)
• kališenka okatá (Thelomma ocellatum)
• kališenka vrbová (Calicium salicinum)
• kališenka zelená (Calicium viride)
• kreskovec červenavý (Opegrapha rufescens)
• kreskovec stopečkatý (Opegrapha vermicellifera)
• misnička proměnlivá (Lecanora varia)
• misnička Swartzova (Lecanora swartzii)
• misnička zakroucená (Scoliciosporum curvatum)
• prachouleček dřevomilný (Chaenotheca xyloxena)
• prachouleček plavohlavý (Chaenotheca phaeocephala)
• prachouleček zkrácený (Chaenotheca brachypoda)
• prášenka ryzí (Chrysothrix candelaris)
• provazovka obecná (Usnea dasypoga)
• provazovka srstnatá (Usnea hirta)
• pupkovka severská (Umbilicaria hyperborea)
• rožďovka pomoučená (Ramalina farinacea)
• strupatka obojetná (Ochrolechia androgyna)
• strupatka stromová (Ochrolechia arborea)
• strupatka tečkovaná (Ochrolechia microstictoides)
• strupatka Turnerova (Ochrolechia turneri)
• šálečka Nylanderova (Lecidea nylanderi)
• terčovka hrbolkatá (Melanelixia subaurifera)
• terčovka moukovitá (Imshaugia aleurites)
• terčovka nádherná (Melanelia stygia)
• terčovka podhorská (Parmelia submontana)
• terčovka pohárkatá (Pleurosticta acetabulum)
• terčovka pomoučená (Hypogymnia farinacea)
• terčovka stříbřitá (Melanelixia subargentifera)
• terčovka suknovitá (Melanelia panniformis)
• terčovník hvězdovitý (Physcia stellaris)
• terčovník zrnitý (Physconia perisidiosa)
• vousatec hnědavý (Bryoria fuscescens)
• děratka Pertusaria pupillaris
• mapovník Rhizocarpon eupetraeum
• mapovník Rhizocarpon grande
• misnička Lecanora filamentosa
• šálečka Lecidea turgidula
• rod provazovka (Usnea sp.)
• Enterographa zonata