Die B-Junioren-Bundesliga 2008/09 war die zweite Spielzeit der B-Junioren-Bundesliga.
Sie wurde wie schon in der Premieren-Saison 2007/08 nach dem Vorbild der bereits 2003 eingeführten A-Junioren-Bundesliga in den Staffeln Nord/Nordost, Süd/Südwest und West ausgetragen. Am Saisonende spielten die drei Staffelsieger sowie der Vizemeister der Süd/Südwest-Staffel um die deutsche B-Jugend-Meisterschaft. Das Halbfinale wurde in Hin- und Rückspiel, das Finale in einem Spiel ausgetragen. Die drei letztplatzierten Mannschaften der drei Staffeln stiegen in die untergeordneten Ligen ab. Als amtierender U-17-Meister ging die TSG 1899 Hoffenheim in die Saison.
Meister der B-Junioren-Bundesliga wurde der VfB Stuttgart, der sich im Endspiel gegen den FC Bayern München durchsetzte.
Als Staffelsieger der B-Jugend-Regionalligen Nord und Nordost der Vorsaison nehmen der FC St. Pauli und Hertha Zehlendorf als direkte Aufsteiger an der B-Junioren-Bundesliga teil. Die Vizemeister beider Staffeln, der SC Concordia aus Hamburg und der FC Carl Zeiss Jena, spielten in einer Relegation den dritten Aufsteiger aus, wobei schließlich Concordia die B-Junioren-Bundesliga erreichte. Somit sind sowohl Hamburg als auch Berlin mit je drei Vereinen in der Staffel vertreten.
Als direkte Aufsteiger aus den untergeordneten Ligen gelangten die SpVgg Greuther Fürth aus der B-Jugend-Bayernliga und der SSV Ulm 1846 aus der B-Jugend-Oberliga Baden-Württemberg in die B-Junioren-Bundesliga. Die Aufstiegs-Aspiranten der B-Jugend-Regionalliga Südwest und der B-Jugend-Oberliga Hessen spielten in einer Relegation den dritten Aufsteiger aus, wobei sich der hessische Vertreter Kickers Offenbach gegen den Südwest-Verein Eintracht Trier durchsetzte. Nach dem Abstieg der Stuttgarter Kickers in der Vorsaison ist München mit Bayern und 1860 als einzige Stadt mit zwei Vereinen in der Staffel vertreten.
Aus den untergeordneten Ligen stiegen die Sportfreunde Troisdorf als Vertreter der B-Jugend-Verbandsliga Mittelrhein, der Wuppertaler SV Borussia als Vertreter der B-Jugend-Verbandsliga Niederrhein und Eintracht Dortmund aus der B-Jugend-Verbandsliga Westfalen in die B-Junioren-Bundesliga auf. Somit ist Dortmund als einzige Stadt mit zwei Vereinen in der Staffel vertreten.
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