Der CAF Confederation Cup 2012 war die neunte Auflage des zweitwichtigsten Wettbewerbs für afrikanische Fußballvereine. In diesem Jahr nahmen insgesamt 56 Mannschaften an dem Wettbewerb teil, die aus 37 der 59 Landesverbände der CAF stammten.
Der Pokal begann mit den Hinspielen der Vorrunde am 18. März 2012 und endete mit dem Rückspiel des Finals am 25. November 2012. In diesem Jahr gewannen die AC Léopards durch einen 4:3 (2:2 2:1)-Sieg im Finale gegen Djoliba AC zum ersten Mal den Titel.
In dieser Runde trafen die Sieger der Zweiten Runde auf die Verlierer des Achtelfinals der Champions League, wobei die Champions-League-Teilnehmer im Hinspiel Heimrecht besaßen.
Die Gruppenphase wurde in zwei Gruppen mit jeweils vier Mannschaften in Hin- und Rückrunde ausgetragen. Die beiden Gruppenersten qualifizierten sich für das Halbfinale.
Im Halbfinale trafen die beiden Erstplatzierten jeder Gruppe auf den Zweiten der jeweils anderen Gruppe. Die Hinspiele fanden am 2. und 4. November, die Rückspiele am 10. und 11. November 2012 statt. Die Gruppenersten hatten im Rückspiel Heimrecht.