Prado Ayuso war zunächst als Seelsorger in der Pfarrei Corazón de María und als Delegat für die Jugendpastoral in der Pastoraleinheit Barrio Gros in San Sebastián tätig.[3] 2002 erlangte er nach weiterführenden Studien an der Päpstlichen Universität Salamanca einen Master im Fach Publizistik und mit der Arbeit El ministerio ordenado de los religiosos en la Iglesia („Der geweihte Dienst der Ordensleute in der Kirche“) ein Lizenziat im Fach Theologie des geweihten Lebens. Ab 2003 war Fernando Prado Ayuso Direktor des Verlags Publicaciones Claretianas und Professor an der Escuela Regina Apostolorum para la formación de religiosos (ERA).[1] 2011 wurde er zudem Professor für Missionstheologie am Institut für religiöses Leben an der Päpstlichen Universität Salamanca und 2013 Kaplan der Missionskonzeptionistinnen von der Lehre. Daneben wirkte Prado Ayuso von 2003 bis 2012 als Kaplan der Hospitalerinnen des Heiligsten Herzens Jesu in Madrid und von 2009 bis 2016 als internationaler Koordinator des Konsortiums der claretinischen Verlage.[3] Darüber hinaus war er ab 2015 Seelsorger in der Pfarrei San Antón in Madrid. Außerdem war er in den Sommerferien als Aushilfsgeistlicher in den Pfarreien St. John the Baptist (2003–2011) und St. Gabriel (2014–2016) im Erzbistum Los Angeles sowie Holy Cross im Erzbistum Chicago (2012–2014) tätig.[1] Fernando Prado Ayuso gründete die VereinigungMensajeros de la Paz („Boten des Friedens“).[4]
Adonde el Señor nos lleve. Vida consagrada en el mundo. Tendencias y perspectivas. Publicaciones Claretianas, Madrid 2004, ISBN 978-84-7966-273-8.
La era digital, una oportunidad para la vida consagrada. Publicaciones Claretianas, Madrid 2010, ISBN 978-84-7966-364-3.
Los cinco minutos de la Nueva Evangelización. Publicaciones Claretianas, Madrid 2012, ISBN 978-84-7966-429-9.
El ministerio ordenado de los religiosos en la Iglesia. Estudio de la cuestión en el postconcilio. Publicaciones Claretianas, Madrid 2013, ISBN 978-84-7966-431-2.
Los cinco minutos de la vida consagrada. Publicaciones Claretianas, Madrid 2014, ISBN 978-84-7966-476-3.
Diez cosas que el Papa Francisco te propone en el Año de la Misericordia. Publicaciones Claretianas, Madrid 2015, ISBN 978-84-7966-520-3.
Testigos del Evangelio. Vida consagrada en Misión. Publicaciones Claretianas, Madrid 2015, ISBN 978-84-7966-490-9.
Cinco minutos para la misericordia. Publicaciones Claretianas, Buenos Aires 2016, ISBN 978-950-512-940-9.
De la Evangelii nuntiandi (1975) a la Evangelii Gaudium (2013). In: Carlos Martínez Oliveras (Hrsg.): Synodus: sínodos eclesiales y vida consagrada. Publicaciones Claretianas, Madrid 2016, ISBN 978-84-7966-571-5, S.281–306.
Hacia la interculturalidad en la vida consagrada. Publicaciones Claretianas, Madrid 2018, ISBN 978-84-7966-620-0.
Papst Franziskus, Fernando Prado Ayuso: La fuerza de la vocación. La vida consagrada hoy. Publicaciones Claretianas, Madrid 2018, ISBN 978-84-7966-628-6.
Papst Franziskus, Fernando Prado Ayuso: Die Kraft der Berufung. Ein Gespräch mit Fernando Prado. Herder, Freiburg im Breisgau 2018, ISBN 978-3-451-81654-3.
No podemos dejar de respirar. Raíces espirituales y magisterio del papa Francisco sobre la oración. Publicaciones Claretianas, Madrid 2019, ISBN 978-84-7966-705-4.
Tejer historias. Comunicar esperanza en tiempos de pandemia. Publicaciones Claretianas, Madrid 2020, ISBN 978-84-7966-716-0.
El rosario. Orar con María en tiempos de pandemia. Publicaciones Claretianas, Madrid 2020, ISBN 978-84-7966-719-1.
Cuando perdemos a un ser querido. Vivir y acompañar el duelo. Publicaciones Claretianas, Madrid 2020, ISBN 978-84-7966-718-4.