Nachdem Genscher im Mai 1974 Außenminister geworden war (Kabinett Schmidt I), wurde Kinkel im Auswärtigen Amt Leiter des Leitungsstabes und 1979 Leiter des Planungsstabes.
Kinkel war seit 1962 verheiratet mit seiner Frau Ursula („Uschi“) geb. Vogel und Vater von vier Kindern. Seine älteste Tochter starb 1982 mit zwanzig Jahren bei einem Verkehrsunfall.[6][7] Er lebte in Sankt Augustin-Schmerbroich.[8] Kinkel war, wie schon sein Vater und der Großvater, seit 1956 Mitglied der katholischen StudentenverbindungAV Guestfalia Tübingen im CV, bei der er am 14. Januar 2019 noch zusammen mit dem Fernsehmoderator Claus Kleber, ebenfalls Mitglied der AV Guestfalia Tübingen, die Diskussionsrunde „Welt im Umbruch – Wo bleibt der Westen?“ besetzte.[9]
Kinkel trat 1991 der FDP bei; seinen Antrag auf Aufnahme in die Partei stellte er am 16. Januar, wenige Tage nach seiner Ernennung zum Bundesminister der Justiz.[13] Vom 11. Juni 1993 bis zum 10. Juni 1995 war er Bundesvorsitzender der FDP. In seine Amtszeit als Bundesvorsitzender fielen 14 Wahlen, bei denen die FDP erhebliche Verluste hinnehmen musste; so verfehlte sie bei zwölf Landtagswahlen und der Europawahl den Einzug ins Parlament. Kinkel kandidierte daher nach Ablauf seiner Amtszeit als Bundesvorsitzender 1995 nicht zur Wiederwahl; sein Nachfolger wurde Wolfgang Gerhardt.
Nach dem Rücktritt von Hans-Dietrich Genscher wurde Kinkel am 18. Mai 1992 zum Bundesminister des Auswärtigen ernannt.[15] Als im Januar 1993 der damalige Vizekanzler und WirtschaftsministerJürgen Möllemann von seinem Amt zurücktrat, wurde Kinkel am 21. Januar 1993 zusätzlich Stellvertreter des Bundeskanzlers. 1993 fasste er die Ziele der Innen- und Außenpolitik, wie er sie betrieb, so zusammen:
„Zwei Aufgaben gilt es parallel zu meistern: Im Inneren müssen wir wieder zu einem Volk werden, nach außen gilt es etwas zu vollbringen, woran wir zweimal zuvor [Anm.: gemeint sind die Entwicklungen, die in zwei Weltkriegen mündeten] gescheitert sind: Im Einklang mit unseren Nachbarn zu einer Rolle zu finden, die unseren Wünschen und unserem Potential entspricht. Die Rückkehr zur Normalität im Inneren wie nach außen entspricht einem tiefen Wunsch unserer Bevölkerung seit Kriegsende. Sie ist jetzt auch notwendig, wenn wir in der Völkergemeinschaft respektiert bleiben wollen. […] Unsere Bürger haben begriffen, dass die Zeit unseres Ausnahmezustandes [Anm.: gemeint ist die Teilung des Landes in BRD und DDR bis 1989] vorbei ist.“
– Verantwortung, Realismus, Zukunftssicherung. Deutsche Außenpolitik in einer sich neu ordnenden Welt. In: FAZ, 19. März 1993
Nach der Bundestagswahl 1998 und dem damit einhergehenden Regierungswechsel schied Kinkel am 26. Oktober 1998 aus der Bundesregierung aus. In seinen sechs Jahren als Außenminister hatte er auf 445 Reisen 93 Länder besucht und 687 Tage im Ausland verbracht.[16]
Klaus Kinkel wird folgendes Zitat über Europa zugeordnet:
„Europa wächst nicht aus Verträgen, es wächst aus den Herzen seiner Bürger oder gar nicht.“
Bewegte Zeiten für Europa! In: Caroline Y. Robertson-von Trotha (Hrsg.): Europa in der Welt – die Welt in Europa. (= Kulturwissenschaft interdisziplinär, Bd. 1). Nomos, Baden-Baden 2006, ISBN 3-8329-1934-1.
(Hrsg.): Grenzenlose Leistung – Die deutsche Einheit und der Einsatz der Telekom beim Aufbau Ost. Deutsche Verlagsanstalt, München 2014, ISBN 978-3-421-04670-3.
↑18. Januar 1991. In: Deutschland-Chronik. Bundeszentrale für politische Bildung, abgerufen am 9. Oktober 2023 (38. Regierungssystem und Innenpolitik in der zweiten Ära Kohl).
↑Erich Schmidt-Eenboom: Der Schattenkrieger. Klaus Kinkel und der BND. Econ, Düsseldorf 1995, ISBN 3-430-18014-7.