Haller war ein Hauptmeister der Cäcilianer, „ein gediegener Kirchenkomponist“, „ein in allen Satteln gerechter Komponist“ und mitbeteiligt „an der Schaffung eines geläuterten, an den alten Meistern gewissenhaft geschulten Kirchenmusikstils“. Als für ihn charakteristisch werden bezeichnet die „sparsamen Melismen und der harmonische Zusammenklang“. Haller schuf vielfältige liturgische Kompositionen, wie zwei- bis achtstimmige Messen, Motetten und Kirchenlieder. Außerdem komponierte er einige Oratorien, Kantaten, weltliche Chöre und Lieder sowie Singspiele.
Missa septima decima in honorem Beatae Mariae Virginis ad veterem capellam Ratisbonae (5-stimmig), op. 65, V vocibus concinenda. MDCCCXCVI Ratisbonae, Neo-Eboraci et Cincinnati. (1896, Regensburg, New-York, Cincinnati) Verlag Friedrich Pustet in Regensburg, F.P. 1012
Missa, op. 92 zu acht Stimmen
Lieder, op. 111 (Weltlich)
Streichquartett
Mariengarten. 34 Lieder zur Verehrung der seligsten Jungfrau Maria, ein-, zwei- u. dreistimmig mit Begleitung des Pianoforte, Harmoniums oder der Orgel, op. 32. Verlag von Friedrich Pustet, Regensburg u. a. 1885. Darin das Lied Rosenkranzkönigin auf einen Text von Johann Baptist Tafrathshofer (1814–1889) und O Stern im Meere auf einen Text von Franz Alfred Muth. (Digitalisat der 2. Auflage 1892)
Veröffentlichungen
Kompositionslehre für den polyphonen Kirchengesang (1891)
Vademecum für den Gesangsunterricht (1876)
Modulationen in den Kirchentonarten (in moderner Notierung mit Erläuterungen zu Studienzwecken)
Camilla Weber, Raymond Dittrich, Siegfried Gmeinwieser, Dieter Haberl, Rosemarie Weinberger,Stiftskapellmeister, Kirchenkomponist, Kanoniker Michael Haller (1840-1915) zum 100. Todestag. Begleitband zur Ausstellung in der Bischöflichen Zentralbibliothek Regensburg St.-Peters-Weg 11-13 ; 29. September bis 17. Dezember 2015 (= Bischöfliches Zentralarchiv Regensburg, Kataloge und Schriften, Band 35), Verlag Schnell & Steiner Regensburg 2015, ISBN 978-3-7954-3063-4.