Seit 2004 ist Melzer in wechselnden Funktionen inner- und außerhalb Deutschlands als Mitarbeiter der Friedrich-Ebert-Stiftung tätig,[4] darunter von 2009 bis 2011 als FES-Büroleiter in Tunesien. Die Revolution in Tunesien im Januar 2011 und die Ereignisse des sich anschließenden Arabischen Frühlings kommentierte er in verschiedenen Medien[5][6][7]. Von 2012 bis 2016 leitete er den Arbeitsbereich „Gegen Rechtsextremismus“ der FES und war in dieser Eigenschaft Herausgeber von drei Mitte-Studien der Friedrich-Ebert-Stiftung.[8] In dieser Zeit erschienen von ihm auch mehrere Beiträge als Gastautor auf SPIEGEL Online.[9][10][11][12]
Von Juni 2020 bis September 2023 war Melzer Leiter des Regionalprojektes „Dialog Südosteuropa“ der FES mit Sitz in Sarajevo[13] und Mitglied im Advisory Board des Regional Youth Cooperation Office (RYCO). In dem Online-Journal Internationale Politik und Gesellschaft (IPG) und in einem Interview für die Frankfurter Rundschau wies er im Zusammenhang mit politischen Spannungen in der Westbalkan-Region auf die Gefahren hin, die durch Ethno-Nationalismus und Diskussionen um mögliche neue Grenzziehungen drohten.[14][15] Ebenfalls in der IPG warnte er vor den sicherheitspolitischen Risiken, die mit einer fortdauernden Nicht-Integration der Westbalkan-Staaten in die Europäische Union verbunden seien.[16]
Seit September 2023 leitet Melzer das Büro der FES in Israel.[17]
Melzer ist Mitglied im wissenschaftlichen Beirat der Zeitschrift für Internationale Freimaurerforschung (IF)[18]. Im November 2021 veröffentlichte er unter dem Titel Die Leere halten, die Schatten wirft eine Auswahl literarischer Texte.
Konflikt und Anpassung. Freimaurerei in der Weimarer Republik und im "Dritten Reich", Wien 1999, ISBN 3-7003-1245-8.
In the Eye of a Hurricane: German Freemasonry in the Weimar Republic and the Third Reich, in: Freemasonry in Context. History, Ritual, Controversy (Scottish Rite Research Society) Lanham/Maryland 2004, S. 89–104, ISBN 0-7391-0781-X.
Kambodscha 1975–2005: Weg durch die Nacht (Hrsg. mit Paul Pasch), Bonn (Friedrich-Ebert-Stiftung) 2005, ISBN 3-89892-363-0.
Tunesien kann den demokratischen Wandel schaffen, aber ein Erfolg ist noch keineswegs gesichert, in: Internationale Politik und Gesellschaft (IPG), 4/2011, S. 18 ff., ISSN0945-2419.
Die Mitte im Umbruch. Rechtsextreme Einstellungen in Deutschland 2012 (Hrsg. für die Friedrich-Ebert-Stiftung), Bonn (Dietz-Verlag) 2012, ISBN 978-3-8012-0429-7.
Menschenfeindlichkeit in Zeiten des Umbruchs. Zur neuen Studie der Friedrich-Ebert-Stiftung zu rechtsextremen Einstellungen in Deutschland, in: Neue Gesellschaft/Frankfurter Hefte, 12 | 2012, S. 15 ff., ISSN0177-6738.
Rechtsextremismus in Europa. Länderanalysen, Gegenstrategien und arbeitsmarktorientierte Ausstiegsarbeit (Hrsg. mit Sebastian Serafin für die Friedrich-Ebert-Stiftung, auch als englische Ausgabe), Berlin 2013, ISBN 978-3-86498-521-8.
Between Conflict and Conformity: Freemasonry during the Weimar Republic and the „Third Reich“, Washington D.C. 2014, ISBN 978-1-63391-760-6.
Fragile Mitte – Feindselige Zustände. Rechtsextreme Einstellungen in Deutschland 2014 (Hrsg. für die Friedrich-Ebert-Stiftung) Bonn (Dietz-Verlag), 2014, ISBN 978-3-8012-0458-7.
Wut, Verachtung, Abwertung. Rechtspopulismus in Deutschland (Hrsg. mit Dietmar Molthagen für die Friedrich-Ebert-Stiftung), Bonn (Dietz-Verlag) 2015, ISBN 978-3-8012-0478-5.
Europa und seine Feinde von rechts, in: Neue Gesellschaft/Frankfurter Hefte, 11 | 2015, S. 31 ff., ISSN0177-6738.
Gespaltene Mitte – Feindselige Zustände. Rechtsextreme Einstellungen in Deutschland 2016 (Hrsg. für die Friedrich-Ebert-Stiftung), Bonn (Dietz-Verlag) 2016, ISBN 978-3-8012-0488-4.
Zur Diskussion: Demaskieren statt berücksichtigen. Zum Umgang mit Rechtspopulismus – eine Replik, in: Neue Gesellschaft/Frankfurter Hefte, 7/8 | 2016, S. 77 ff., ISSN0177-6738.
Rechtsextremismus, in: Helmut Reinalter (Hrsg.), Handbuch der Verschwörungstheorien, Leipzig 2018, S. 216 ff.; ISBN 978-3-96285-004-3.
↑Philipp Löwe: Rechtsextrem und rechtsradikal: Wo liegt der Unterschied? In: Der Spiegel. 30. Juni 2016, ISSN2195-1349 (spiegel.de [abgerufen am 7. März 2022]).