Morsey galt als ein führender Historiker der Vor- und Frühgeschichte der Bundesrepublik Deutschland, des politischen Katholizismus und der christlichen Demokratie[1] sowie des im KZ Dachau ermordeten katholisch motivierten NS-Widerstandskämpfers Fritz Gerlich. Wichtig für seine Schwerpunkte in Lehre und Forschung war eine frühe Begegnung mit dem „Zentrumsprälaten“ Georg Schreiber, von dem wichtige Impulse für die deutsche Wissenschafts- und Kulturpolitik in der Weimarer Republik ausgingen. Morsey galt neben Hans-Peter Schwarz als einer der besten Kenner Konrad Adenauers und betreute mit ihm die Herausgabe von Adenauers Nachlass (Rhöndorfer Ausgabe[2]). Bis zum Jahr 2011 konnten 17 Bände erscheinen. Von 1979 bis 2000 war er Mitherausgeber des Historischen Jahrbuchs, von 1979 bis 1998 der Zeitschrift Die Verwaltung und von 1986 bis 2000 der Zeitschrift Geschichte im Westen. Er forschte zur Landesgeschichte von Nordrhein-Westfalen, Bayern und Rheinland-Pfalz.
Die oberste Reichsverwaltung unter Bismarck 1867–1890 (= Neue Münstersche Beiträge zur Geschichtsforschung, Band 3). Aschendorff, Münster 1957, DNB453461824.
Der Interfraktionelle Ausschuß 1917/18. Bearbeitet von Erich Matthias unter Mitwirkung von Rudolf Morsey (= Quellen zur Geschichte des Parlamentarismus und der politischen Parteien. Erste Reihe. Band 1/I, II). Droste, Düsseldorf 1959.
Die Deutsche Zentrumspartei. In: Rudolf Morsey, Erich Matthias: Das Ende der Parteien. Droste, Düsseldorf 1960, ISBN 978-3-7700-0901-5, S. 281–453.
Die Deutsche Zentrumspartei 1917–1923 (= Beiträge zur Geschichte des Parlamentarismus und der Politischen Parteien, Band 32). Droste, Düsseldorf 1966.
Der Untergang des politischen Katholizismus. Die Zentrumspartei zwischen christlichem Selbstverständnis und „Nationaler Erhebung“ 1932/33. Belser, Stuttgart 1977, ISBN 978-3-7630-1182-7.
Rudolf Morsey. In: Kürschners Deutscher Gelehrten-Kalender 2017. Bio-bibliographisches Verzeichnis deutschsprachiger Wissenschaftler der Gegenwart. 29. Ausgabe. Band 3: M–Sd. de Gruyter, Berlin/ Boston 2017, ISBN 978-3-11-045398-0, S. 2447.
Gerd Ruge, Jörg Schäfer (Hrsg.): Lebensbilder – Landesbilder. Geschichten aus und über Nordrhein-Westfalen. Aschendorff, Münster 2003, ISBN 3-402-05340-3, S. 40–51.