Nach seinem Abitur 1984 am Werner-Heisenberg-Gymnasium Neuwied[2] studierte de Padova Physik und Astronomie in Bonn und Bologna. Von 1997 bis 2005 war er als Wissenschaftsredakteur beim Tagesspiegel tätig. Seit 2005 arbeitet er als freier Publizist.
De Padova lebt in Berlin und ist dort seit 2006 Mitglied im Kuratorium des Magnus-Hauses der Deutschen Physikalischen Gesellschaft und Mitglied im Programmbeirat der Urania. Sein Buch Das Weltgeheimnis - Kepler, Galilei und die Vermessung des Himmels wurde zum Wissenschaftsbuch des Jahres 2010 in der Kategorie Naturwissenschaft und Technik gewählt. Im Januar und Februar 2014 war er Journalist in Residence am Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte in Berlin.[3] Die Auszeichnung Wissensbuch des Jahres erhielt er 2016 für Allein gegen die Schwerkraft. Sein 2018 erschienenes Buch Nonna handelt von der Lebenswelt seiner süditalienischen Großmutter. 2019 wurde de Padova, speziell unter Bezug auf Nonna, zum Bonner Stadtschreiber berufen.[4] In Alles wird Zahl. Wie sich die Mathematik in der Renaissance neu erfand sucht er nach den Ursprüngen unserer Zahlen und Formelsprache und schildert die Verflechtung von Kunst und Mathematik. 2021 ehrte ihn die Deutsche Mathematiker-Vereinigung für seine „herausragenden Leistungen bei der Vermittlung und Popularisierung von Mathematik“ mit dem „Medienpreis“.[5] 2022 war er Stipendiat auf Schloss Wiepersdorf.[6]