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Im Jahr 1969 zog Auffenberg mit seiner Familie auf die Insel Komodo in Indonesien. Dies ermöglichte es ihm, über einen Zeitraum von 11 Monaten die dortigen Warane und ihr Verhalten in ihrer natürlichen Umgebung zu erforschen. Zusammen mit einem einheimischen Assistenten gelang es ihnen, 50 Individuen der Art einzufangen und zur Identifikation zu markieren. Seine Forschungsergebnisse sollten sich auch für die Erhaltungszucht der Tiere in menschlicher Obhut als wegweisend erweisen.
Bücher
The Behavioral Ecology of the Komodo Monitor (= A University of Florida Book). University Presses of Florida, Gainesville, FL 2002, ISBN 0-8130-0621-X.
The Bengal Monitor. University Press of Florida, Gainesville, FL 1994, ISBN 0-8130-1295-3.
Gray's Monitor Lizard (= University Presses of Florida), University of Florida Press, Gainesville, FL 1988, ISBN 0-8130-0841-7.