Wolfgang Rathert ist seit 2012 Mitglied des Stiftungsrats der Géza Anda-Stiftung in Zürich, seit 2014 Mitglied des Stiftungsrats der Paul Sacher Stiftung und seit 2022 Vorsitzender ihres Wissenschaftlichen Beirats. Er ist außerdem Vorsitzender der Jury des Schneider-Schott-Musikpreises Mainz und des Beirats des Deutschen Musikarchivs sowie stellvertretender Geschäftsführer der Karl Amadeus Hartmann-Gesellschaft München[2]. Er gehört dem Advisory Board der Buchreihe Musical Cultures of the Twentieth Century an und war von 2004 bis 2022 Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats der Zeitschrift Musik-Konzepte.
The Seen and Unseen. Studien zum Werk von Charles Ives. Dissertation. Freie Universität Berlin 1987. Katzbichler, München/Salzburg 1991, ISBN 3-87397-078-3.
Charles Ives. Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt 1989, ISBN 3-534-03249-7. 2. Auflage 1996.
Die Textbuchsammlung der Musikabteilung der Deutschen Staatsbibliothek Berlin unter besonderer Berücksichtigung der Mozartopern. Assessorarbeit. Fachhochschule für Bibliotheks- und Dokumentationswesen, Köln 1991.
(Mitautor): Die Max-Reger-Sammlung im Stadtarchiv Weiden i. d. OPf. Carus, Stuttgart 2007, ISBN 978-3-89948-086-3.
mit Berndt Ostendorf: Musik der USA. Kultur- und musikgeschichtliche Streifzüge. Wolke, Hofheim 2018, ISBN 978-3-95593-112-4.
Géza Anda. Pianist. Ein Panorama zum 100. Geburtstag / A Panorama on his 100th Birthday. Deutsch und Englisch. Wolke, Hofheim 2021, ISBN 978-3-95593-104-9.
Herausgeberschaft:
mit Dietmar Schenk: Pianisten in Berlin. Klavierspiel und Klavierausbildung seit dem 19. Jahrhundert. Hochschule der Künste Berlin, Berlin 1999, ISBN 3-89462-068-4.
mit Dietmar Schenk: Carl Flesch und Max Rostal. Aspekte der Berliner Streichertradition. Universität der Künste Berlin, Berlin 2002, ISBN 3-89462-090-0.
mit Carol J. Oja, Anne C. Shreffler, Felix Meyer: Crosscurrents. European and American Music in Interaction, 1900–2000. Proceedings of the Conferences at Cambridge, Mass. 2008, and Munich 2009. Boydell, Suffolk 2014, ISBN 978-1-84383-900-2.
mit Andreas Hérm Baumgartner unter Mitarbeit von Vinzenz Wolf: „Offenheit, Treue, Brüderlichkeit …“ Karl Amadeus und Elisabeth Hartmann im Briefwechsel mit Hans Werner Henze. Briefe und Dokumente. Allitera, München 2022, ISBN 978-3-96233-304-1.
Ilse Weber: „Es war einmal, es ist noch gar nicht lange her“. Erzählungen für Kinder 1928–1935. Hentrich & Hentrich, Leipzig 2023, ISBN 978-3-95565-589-1.