Antes de Lanceros Boyacá hubo dos equipos de Fútbol en el Departamento de Boyacá que fueron Unión Sogamoso en 1968,[6] y Unión Boyacá / Aguardiente Líder durante la década de 1980,[7] ambos equipos jugaron en segunda división, pero sin ninguna posibilidad de ascender a la categoría Primera A,[8] la cual era solo para equipos tradicionales desde 1948,[9] a 1990.[10] En 1991,[11] empieza la categoría Primera B, segunda división o torneo de ascenso en el Fútbol Profesional Colombiano.
El equipo apareció en la temporada de 1993,[12] de la Copa Concasa con la dirección técnica de Luis Humberto Montejo. En dicho torneo clasificó a los cuadrangulares en el Grupo B junto a Alianza Llanos, Cortuluá y Fiorentina de Caquetá, los dos últimos clasificaron al cuadrangular final donde quedó campeón Cortuluá. Los goleadores del equipo en dicho torneo fueron Leonardo Huertas con 10 goles, Gerson Paz con 9 y el brasileño Evan Smith con 8.[13][14]
Ya en 1994,[15] el equipo clasificó al cuadrangular final, donde terminó en la tercera posición.[16][17]
En el campeonato de 1995,[18] el equipo tunjano contrató a Néstor Castelblanco como entrenador. El equipo clasificó al hexagonal final donde terminó subcampeón del torneo con 21.5 puntos frente a los 26 de Atlético Bucaramanga. El goleador del equipo y el segundo del campeonato fue Wiston Manuel Girón con 10 anotaciones.[19]
En la temporada 1995-96,[20] el entrenador del equipo fue Eduardo Julián Retat. En esta temporada, por primera vez en su historia, no clasificó a la fase final y terminó séptimo con 49 puntos. Esto provocó que se nombrara un nuevo técnico para la temporada 1996-97,[21] el cual fue José Suárez.[22] El equipo clasificó al cuadrangular final con Deportivo Unicosta, Deportivo Pasto y Atlético Córdoba,[23] pero quedó subcampeón por segunda vez en su historia cediéndole el campeonato a Deportivo Unicosta.[24][25]
En 1997 el equipo boyacense vuelve a cambiar de entrenador y fue Edilberto Pineda el que asumió el cargo; pero no tuvo un buena temporada y terminó décimo en la tabla de reclasificación.[26] Esto provocó que Víctor Luna entrenará al equipo en el campeonato de 1998,[27] en el cual terminó sexto de la Copa Águila.[28][29]
Para encarar el campeonato de 1999,[31][32] el equipo cambió su razón social a Lanceros Fair Play y Hernán Pacheco asumió como nuevo director técnico. Para esta temporada el equipo finalizó en la novena posición.[33] Para la temporada del 2000, el equipo finalizó en la posición número 12,[34][35] y contó con el debut, a sus 13 años de edad, del delantero Radamel Falcao García.[5][36]
Se encuentra ubicado en la Villa Olímpica al norte de la ciudad de Tunja. Para aquel entonces contaba con una capacidad para unos 7.500 espectadores.[50]
