1989–1990 töötas Madis Eek projekteerimisinstituudis Eesti Maaehitusprojekt arhitektina. 1990–1993 töötas ta Soomes V. Suonmaa arhitektuuribüroos. Alates 1994. aastast töötab ta arhitektuuribüroos Eek & Mutso AS arhitekti ja juhatajana.[1]
Madis Eeki loomingut iseloomustuvad korrapärased geomeetrilised vormid, hea keskkonnatunnetus ning kohati küllaltki kontrastne materjalikasutus. 1990. aastate töödes on näha üleüldine ajastule omane uudsete materjalide vaimustus.
Rakvere kaubanduskeskus ja turuhoone, 2000, I preemia
Ventspilsi lineaarsed mängud – Balti riikide vaheline arhitektuurivõistlus, 2001 (kaasautorid Margit Mutso, Katrin Koov ja Reio Avaste). Multifunktsionaalne ärikeskus – 1. preemia, Linnaskulptuur – 1. preemia, Puitelamu – 1. preemia
Ooperimaja Naissaarele, 2003 (kaasautorid Margit Mutso ja Reio Avaste), kutsutud konkursi 1. preemia