باشگاه فوتبال استقلال تهران در فصل ۸۵–۱۳۸۴ شصتمین سال فعالیت این باشگاه بود. استقلال در این سال در پنجمین دوره لیگ برتر ایران و نوزدهمین دوره جام حذفی ایران حاضر بود. استقلال با قهرمانی در پنجمین دوره لیگ برتر به پنجمین تیمی بدل شد که توانسته بود قهرمان لیگ برتر ایران شود. در این فصل برای سومین فصل متوالی امیر قلعه‌نویی روی نیمکت استقلال نشست و موفق شد نام خود را در لیست مربیانی ثبت کند که استقلال را قهرمان جام خلیج فارس ایران کرده‌اند.
در جام حذفی، استقلال پس از صعود به یک‌هشتم نهایی و در حالی که به مقام قهرمانی در مسابقات لیگ برتر رسیده بود، از این مسابقات کناره‌گیری کرد.
همچنین در آن فصل استقلال در جام دوستانه بنام صلح و دوستی شرکت کرد و مقام قهرمانی را بدست آورد.
تیم استقلال تهران پس از اینکه دو سال پیایی در آخرین روزها جام قهرمانی را از دست داد در این سال توانست با ۱۶ برد ۱۱ تساوی و تنها ۳ شکست و ۴۴ گل زده و ۱۷ گل خورده و در نهایت با کسب ۵۹ امتیاز مقام قهرمانی این دوره از لیگ برتر را به دست آورد. همچنین غلامرضا عنایتی با به ثمر رساندن ۲۱ گل آقای گل مسابقات شناخته شد و مجتبی جباری هافبک استقلال نیز به عنوان بهترین بازیکن این دوره از مسابقات شناخته شد.
در هفته پایانی لیگ برتر استقلال میزبان تیم برق شیراز بود و آبی‌پوشان برای تثبیت قهرمانی نیاز به کسب برد در این بازی داشتند. این بازی در تاریخ اول اردیبهشت سال ۱۳۸۴ در حضور بیش از صد هزار هوادار استقلالی در ورزشگاه آزادی برگزار شد و با نتیجه ۴ بر ۱ به سود تیم استقلال به پایان رسید. حضور این همه هوادار یک جو بسیار خوب در ورزشگاه ایجاد کرده بود و قطعا این بازی تا سالها در ذهن هواداران باقی خواهد ماند. بازی که منجر به اولین قهرمانی تیم استقلال در ادوار لیگ باشگاههای ایران با نام لیگ برتر شد.
در این فصل استقلال در سطوح مدیریت و بازیکنان دست به تغییراتی زد. محمدحسین قریب از مدیرعاملی استقلال استعفا داد و کاظم اولیایی مدیرعامل دهه شصت استقلال به جای ایشان انتخاب شدند. البته در اواخر سال ۱۳۸۴ دوباره آقای قریب به سمت مدیرعاملی استقلال بازگشتند.
پس از سالها اعضای هیئت مدیره باشگاه استقلال چار تغییر و تحولات گسترده‌ای شد و در هشتم بهمن ماه سال ۱۳۸۴ دکتر حمیدرضا آصفی (سخنگوی وقت وزارت امور خارجه) دکتر امیدوار رضایی (نماینده مردم مسجد سلیمان) به عنوان هییت مدیره باشگاه استقلال، عبدالرضا مصری (نماینده مردم کرمانشاه) به عنوان نایب رئیس هیئت مدیره باشگاه استقلال، خانم عشرت شایق (عضو کمیسیون اصل ۹۰ و نماینده مردم تبریز)، مهندس هاشم زارع (یکی از مدیران باسابقه صنعت کشور) و دکتر حسین قریب و دکتر محمدجواد ایروانی (عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام) به عنوان هفت عضو جدید هیئت مدیره باشگاه فرهنگی ورزشی استقلال تهران معرفی شدند. ضمن آنکه دکتر حسین قریب پس از گذشت چند ماه دوری از استقلال یک بار دیگر به عنوان مدیر عامل باشگاه استقلال منصوب و مشغول به کار شد.
در مسابقات جام حذفی ایران تیم استقلال در دور اول موفق به شکست دادن تیم اتکا تهران شد. در دور بعدی باید به مصاف تیم شاهین بوشهر میرفت که این تیم از ادامه بازیها انصراف داد و استقلال حریف تیم نوژن ساری شد. با توجه به اینکه تیم استقلال لیگ برتر را با قهرمانی به پایان برده بود از ادامه بازیهای جام حذفی انصراف داد و حاضر به بازی در برابر تیم مازندرانی نشد.[۱]
قبل از شروع بازیهای این فصل تیم استقلال در مسابقات چهارجانبه صلح و دوستی تهران شرکت کرد و موفق به کسب عنوان قهرمانی در این جام شد. بازیهای این جام با شرکت چهار تیم استقلال، پاس، پرسپولیس و شهید قندی طی دو روز ۳۱ مرداد و سوم شهریور در ورزشگاه آزادی تهران برگزار گردید. در حالی که این بازیها به صورت دوره‌ای انجام شد ولی دو تیم استقلال و پرسپولیس با توافق قبلی که حاصل شده بود در برابر هم قرار نگرفتند و تیمها فقط دو بازی انجام دادند که استقلال با کسب ۶ امتیاز قهرمان شد.
در این سال تیم فوتبال استقلال جهت اردوی آمادگی پیش فصل به کشور ترکیه سفر کرد و در اولین دیدار تدارکاتی موفق شد تیم کارش کیا اسپور ترکیه را با نتیجه سه بر یک و با گلهای سیاوش اکبرپور (۲ گل) و رضا عنایتی شکست بدهد.
علی آقامحمدی عضو هیئت مدیره باشگاه استقلال تهران پس از ۱۸ سال فعالیت در این باشگاه از سمت خود استعفا کرد.
تیم فوتبال استقلال تهران در چارچوب نخستین دوره رقابتهای پاسداشت قهرمانان مقابل تیم منتخب سائو پائولوی برزیل قرار گرفت. این دیدار که در استادیوم آزادی تهران برگزار شد که در پایان تیم سائوپائولو با نتیجه ۲ بر ۱ به پیروزی رسید. در ۱۵ دقیقه ابتدایی این بازی، بازیکنان تیم استقلال با ۲ گل از حریف برزیلی خود پیش افتادند اما در این دقیقه به علت برگزاری مراسم تقدیر از جعفر مختاریفر و عباس سرخاب بازیکنان اسبق تیم استقلال و تنی چند از پیشکسوتان این تیم بازی متوقف شد و با توافق مسئولان دو تیم این دو گل در نتیجه پایانی بازی محاسبه نشد. تک گل استقلال در این بازی را علیرضا واحدی‌نیکبخت به ثمر رساند. وحید طالب‌لو که در این فصل به دروازه‌بان شماره یک استقلال بدل شده بود یک ضربه پنالتی تیم برزیلی را مهار کرد.[۲]
در دوازدهمین دوره مسابقات فوتبال جام پیشکسوتان (جام مرحوم یونس شکوری ) در رده بالای ۵۰ سال تیم استقلال به مقام قهرمانی رسید و تیمهای هما و اکباتان دوم و سوم شدند.
باشگاه استقلال در آذر ماه سال ۱۳۸۱ ساختمان پنج طبقه خود در خیابان لارستان را به فروش رساند و در آبان ماه سال ۱۳۸۴ با کمک و مساعدت فدراسیون فوتبال ایران ساختمان پنج طبقه ای در منطقه سعادت آباد تهران خریداری کرد. این ساختمان پنج طبقه و آبی رنگ با ۲۵۰ متر مربع زمین و زیر بنای ۶۰۰ متر مربع (پنج دستگاه آپارتمان ۱۲۵ متری) یک بار دیگر تشکیلات سازمانی این باشگاه پرهوادار را سروسامان بخشید و بازیکنان، پیشکسوتان و میلیونها هوادار متعصب را صاحب خانه کرد. ساختمان باشگاه استقلال دارای اتاق های اداری، معاونین و مربیان، مدیر عامل و روابط عمومی، ساختمان موزه و سالن کنفرانس می باشد که طبقه اول به امور اداری و اجرایی - طبقه دوم در اختیار مربیان و همچنین نمازخانه - طبقه سوم مربوط به مدیریت و معاونین - طبقه چهارم در اختیار روابط عمومی و موزه و طبقه پنجم باشگاه استقلال فعلا اجاره داده شده است. طبقه همکف نیز حسینیه باشگاه قرار دارد.
