قرعه‌کشی این مرحله از جام حذفی در تاریخ ۱۴ آبان ۱۴۰۲ برگزار شد. در این مرحله قهرمان‌های استان‌ها حضور داشتند. به منظور سهولت در تردد تیم‌ها و کم‌شدن هزینه باشگاه‌ها، این مرحله از مسابقات در دو بخش شمال و جنوب قرعه‌کشی گردید که در هر بخش ۱۲ تیم حضور داشتند. این مسابقات در روزهای ۲۸، ۲۹ و ۳۰ آبان برگزار شد.[۲][۳]
یادداشت: بازی ابتدا با نتیجه ۱–۰ به سود تارا فولاد چرمهین به پایان رسید. اما به دلیل استفاده این تیم از بازیکن غیرمجاز، مهرگان دره‌شهر برنده این بازی اعلام شد.
۱۰'، ۹۰+۱' بهنام رسولی ۹۸'، ۱۰۲' صالح وفایی ۱۱۷' حسین احمدی
ورزشگاه: ورزشگاه شهید علیزاده دهگلان
مرحله دوم
در این مرحله ۱۲ تیم صعود کرده از مرحله اول به همراه ۱۴ تیم از لیگ دسته دوم که برای حضور در جام حذفی اعلام آمادگی کردند حضور داشتند. قرعه‌کشی این مرحله ۱ آذر برگزار شد. از آنجا که از این مرحله باید ۱۷ تیم به مرحله بعد راه پیدا می‌کردند، ۸ تیم با قرعه استراحت به مرحله بعد راه یافتند. تیم‌های نیکا پارس چالوس، ابوذر کنگان، مهرگان دره‌شهر، آورین خوی، سپنتا تربت حیدریه، چوکای تالش، کیا شاهرود و نود ارومیه در مرحله دوم جام حذفی استراحت داشتند. ۱۸ تیم باقیمانده در روزهای ۱۴ و ۱۵ آذر به رقابت پرداختند.[۴]
از این مرحله تیم‌های لیگ آزادگان وارد رقابت شدند. تیم‌های خیبر خرم‌آباد، داماش گیلان و شهرداری آستارا سه تیم حاضر در لیگ آزادگان که از حضور در فصل گذشته جام حذفی انصراف داده بودند، از شرکت در مسابقات جام حذفی این فصل محروم شدند. قرعه‌کشی این مرحله ۲۰ آذر برگزار شد و بازی‌های این مرحله در روزهای ششم تا هشتم دی برگزار شد.[۵]
از این مرحله تیم‌های لیگ برتر وارد رقابت شدند و رقابت اصلی برای قهرمانی آغاز شد. قرعه‌کشی این مرحله ۱۸ دی ماه برگزار شد اما به دلیل حضور تیم ملی ایران در جام ملت‌های آسیا ۲۰۲۳، این مرحله در روزهای ۱۸ تا ۲۰ بهمن ماه برگزار شد.[۶] بازی تیم‌های پرسپولیس، استقلال و سپاهان به دلیل حضور برخی از بازیکنان‌شان در تیم ملی ایران، به تعویق افتاد. بازی‌های این سه تیم ۱۴ اسفند ۱۴۰۲ برگزار شد.[۷]
قرعه‌کشی این مرحله ۱۰ اردیبهشت ۱۴۰۳ و بازی‌های این مرحله، ۲۷ اردیبهشت برگزار خواهد شد. همچنین در قرعه‌کشی این مرحله، نحوه رویارویی تیم‌های برنده در مرحله بعد مشخص شد.[۹][۱۰]
نحوه رویارویی چهار تیم برتر مسابقات در قرعه‌کشی مرحله قبل مشخص شد و قرعه‌کشی این مرحله در روز ۵ خرداد ۱۴۰۳ فقط برای تعیین میزبان دو بازی انجام شد. بازی‌های این مرحله نیز در تاریخ ۲۶ خرداد ۱۴۰۳ برگزار خواهد شد.[۱۱]
این اولین دیدار در تاریخ جام حذفی بود که با حضور کمک‌داور ویدئویی برگزار شد. همچنین در تمام رقابت‌های باشگاهی ایران پیش از این تنها دو شهرآورد تهران در لیگ برتر ۰۳–۱۴۰۲ با کمک‌داور ویدئویی برگزار شده بود.
