بایونا در ۹ مه ۱۹۷۵ در بارسلون،اسپانیا متولد شد. او در دانشکده سینما و سمعی و بصری کاتالونیا درس خواند. در ۱۹ سالگی و در جشنواره فیلم سیتخس با گی‌یرمو دل تورو ملاقات کرد و از او به عنوان مربی خود یاد می‌کند. دل تورو پس از مکالمات اولیه قول داد در صورت وجود موقعیت لازم، در آینده به بایونا کمک کند. بایونا پس از فارغ‌التحصیلی حرفه خود را به عنوان کارگردان فیلم‌های تبلیغاتی و موسیقی فیلم آغاز کرد. او در سال ۱۹۹۹ اولین فیلم کوتاه خود به نام تعطیلات من و در سال ۲۰۰۲ فیلم کوتاه دیگری به نام مرد اسفنجی را کارگردانی کرد. بایونا در سال ۲۰۰۴ اولین فیلم بلند خود به نام یتیم‌خانه را کارگردانی کرد، این فیلم در جشنواره بین‌المللی فیلم کن در سال ۲۰۰۷ اکران شد.
