Les moines quittèrent la France à la suite de la loi de 1901 et se replièrent aux Pays-Bas, où ils fondèrent l'abbaye Saint-Paul d'Oosterhout. Ils obtinrent la permission de rentrer en France en 1920 après la Première Guerre mondiale, au cours de laquelle leur communauté paya un lourd tribut. Les bâtiments actuels de brique furent alors construits, puis agrandis sous la direction de Dom Bellot[2], assisté de Joseph Philippe qui sera son disciple et successeur.
Durant la Seconde Guerre mondiale, certains moines furent faits prisonniers en 1940 ; tous retrouvèrent l'abbaye en 1945.
L'abbaye fut ensuite agrandie, la chapelle des moines construite en 1957 et une nouvelle hôtellerie en 1968.
Le 22 mai 1989, la police investit l'abbaye, à la recherche de Paul Touvier, sans qu'y soient trouvées de traces du collaborateur criminel. Le père-abbé, Dom Gérard Lafond, est toutefois impliqué dans le soutien au milicien d'extrême-droite.
En , à la suite de la mort brutale du père-abbé de Saint-Paul de Wisques, Dom Jacques Lubrez, Dom Armand Sauvaget a été nommé à l'abbaye pour remplir les fonctions de prieur-administrateur, par le père-abbé de l'abbaye fondatrice, l'abbé de l'abbaye Saint-Pierre de Solesmes. Il était jusqu'à présent le cellérier de l'abbaye de Keur Moussa au Sénégal[3].
L'abbaye était menacée de disparaître, puisqu'elle n'avait plus de novices depuis vingt-cinq ans[4] et ne comptait plus que quatorze moines âgés (moyenne d'âge 72 ans en 2010[3], le plus âgé ayant 91 ans). Voir mourir cette abbaye ne « pouvait laisser indifférents les moines de Fontgombault » et elle voit donc ses effectifs s'enrichir en avec l'arrivée de treize moines de l'abbaye Notre-Dame de Fontgombault[5],[6]. Le était un jour distingué dans l'histoire de ce monastère. Autour de MgrJean-Paul Jaeger, évêque d'Arras, une messe fut concélébrée et assistée par tous les anciens moines, restants et partants, ainsi que les refondateurs arrivés la veille. À compter du l'abbaye adopte les rite et coutumes de Fontgombault, y compris la célébration de la forme extraordinaire du rite romain[7].
Le Père Guilluy (1911-2008) bénédictin de Saint-Paul de Wisques à partir de 1935 est le fondateur d'une congrégation monastique ayant pour spécificité d'accueillir parmi des moines en bonne santé des moines handicapés ou victimes de grave dépression, dont beaucoup restent suivis par des psychologues ou des psychiatres (Congrégation Notre-Dame d'Espérance)[8].
2009-2013, Dom Armand Sauvaget, moine de l'abbaye de Keur Moussa au Sénégal, nommé prieur administrateur par Dom Philippe Dupont, abbé de Saint-Pierre de Solesmes
2013-2016, Dom Jean Pateau, abbé de l'abbaye Notre-Dame de Fontgombault, nommé administrateur par Dom Philippe Dupont, abbé de Saint-Pierre de Solesmes à l'occasion de l'arrivée des moines de Fontgombault ;
2016-2021, Dom Philippe de Montauzan,
Depuis 2021, Dom Damien Thévenin, d'abord prieur administrateur, puis élu abbé le 21 mars 2023. Il a reçu sa bénédiction abbatiale, le 31 mai 2023, en la cathédrale de Saint-Omer par l'évêque d'Arras Monseigneur Olivier Leborgne[15].
↑Ceux qui étaient annoncés furent confirmés par Fons Amoris de l'abbaye de Fontgombault, le 12 octobre 2013 : « † PAX. Chers amis, vous trouverez en pièces jointes deux homélies du Père Abbé prononcées hier et aujourd'hui à Wisques. Le vendredi 11 le Père Abbé, nommé la veille Administrateur du monastère St Paul par le Père Abbé de Solesmes, célébrait la Messe pour les moines, avec la communauté agrandie des 13 " fontgombaliens " arrivés le soir du 9, après un passage à Solesmes et à Lisieux, et accueillis très fraternellement le 10 par Mgr Jaeger, évêque d'Arras, venu exprès pour eux. Ce matin 12 octobre, le Père Abbé célébrait la Messe chez les moniales de Notre-Dame de Wisques qui fêtent en ce jour l'anniversaire de la Dédicace de leur église. En vous remerciant pour vos prières à l'occasion de ces grands événements qui touchent nos communautés, nous vous assurons des nôtres à toutes vos intentions, et en union avec le Saint Père qui consacrera demain le monde au Cœur Immaculé de Marie. Frère secrétaire du Père Abbé. »
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