L'académie de Mayotte, anciennement direction de l'enseignement de Mayotte puis vice-rectorat par le décret no 99-941 du , est devenue au , dans le sillage de la Loi école de la confiance du 26 juillet 2019 et par le décret n° 2019-1200 du relatif à l'organisation des services déconcentrés du Ministère de l'Éducation nationale et du Ministère de l'Enseignement supérieur de la Recherche et de l'Innovation, un rectorat et une région académique de plein exercice.
Son organisation a été adaptée au nouveau cadre de l'organisation territoriale et son périmètre correspond à celui de la région académique Mayotte. Elle est gérée par un recteur de région académique.
L'académie de Mayotte dispose d'un calendrier scolaire adapté pour tenir compte des saisons climatiques. Le rectorat, qui rassemble les services administratifs, est situé sur les hauteurs de Mamoudzou.
Recteurs de l'académie de Mayotte
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Avant d'être un Rectorat de plein exercice (et une Région Académique), l'Académie de Mayotte était sous l'autorité d'un Vice-Recteur. La transition a eu lieu officiellement en 2020 sous le mandat de Gilles Halbout qui a été confirmé comme Recteur de Mayotte après avoir préparé le changement de statut en tant que Vice-Recteur.
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