Bertrand de Margerie était également le responsable de l'Œuvre des campagnes, fondée en 1857 par Jean-Marie Vandel. Il y avait succédé à Pierre du Bourguet.
Les Divorcés remariés face à l'Eucharistie, Téqui, Paris, 1979
Vers la plénitude de la communion, Paris, Téqui, 1980
Introduction à l'histoire de l'exégèse, t. I: Les Pères grecs et orientaux, Paris 1980 ; t. II: Les Premiers Grands Exégètes latins, Paris 1983 ; t. III: Saint Augustin, Paris 1983 ; t. IV: L´Occident latin, Cerf 1990 - (prix Montyon de l'Académie française, 1984);
Retraite théologique: avec des exercices de saint Ignace de Loyola, Résiac 1981
La liberté religieuse et le règne du Christ, Paris, Cerf, 1988
Écône : comment dénouer la tragédie ? Réflexions théologiques et pastorales, Paris, Téqui, 1988
Communion quotidienne et confession fréquente, Paris, Résiac, 1988
« Vous ferez ceci en mémorial de moi » : annonce et souvenir de la mort du Ressuscité, Bellarmin, Montréal, et Beauchesne, Paris 1989
Du confessionnal en littérature ; huit écrivains français devant le sacrement de pénitence: Chateaubriand, Lamartine, Vigny, Verlaine, Huysmans, Claudel, François de Sales, Bossuet, Paris, éd. Saint-Paul-FAC), 1989
Dictionnaire marial, C. L. D., Tours, en collaboration avec R. Pamet et G. Bovaud, 1991
Histoire doctrinale du culte au cœur de Jésus, Paris, Mame, 1992, t. 1
Sainteté et péché aux origines de l'humanité, Paris, 1992
Mélanges anthropologiques à la lumière de saint Thomas d'Aquin, éd. Mame, Paris, 1993
Histoire doctrinale du culte envers le cœur de Jésus, t. 2: L'amour devenu lumière, éd. Saint Paul, Paris, 1995
Ambassadeur du Christ. Autobiographie. Vers une Église pleinement eucharistique, éd. Fr.-X. de Guibert, Paris 1997
Histoire doctrinale de l'abandon à la Providence, Téqui, Paris 1997
Les Pères de l'Église commentent le Credo, Cerf, coll. Initiation, Paris 1998
