La Coupe de France 1998-1999 est la 82e édition de la Coupe de France, et voit le FC Nantes remporter le trophée face à Sedan en finale le .
C'est la seconde Coupe de France remportée par les Canaris. Cette édition a été marquée par la déroute des équipes de première division. Quinze des dix-huit pensionnaires du championnat sont éliminés au cours des trente-deuxième ou seizième des finales. Des trois rescapés présents en huitième, Metz et Nantes s'affrontent alors que Lens est éliminé par Laval. Au stade des quarts-de-finale, il ne reste ainsi plus que Nantes pour représenter l'élite du football français ! Les canaris sauveront l'honneur de la Ligue 1 en gagnant leur trois rencontres pour s’adjuger le trophée.
Trente-deuxièmes de finale
Les matchs des trente-deuxièmes de finale se sont joués les 22, 24 janvier et . Les 18 clubs de 1re division firent leur entrée en lice.