Au début des années , l'idée de réagencer le parvis Notre-Dame est arrêtée. En , le conseil municipal de Paris décide d'y aménager un parking en sous-sol. Deux ans plus tard, des fouilles préventives sous l'autorité de l'archéologue Michel Fleury sont menées afin d'exhumer de potentiels vestiges. Elles durent jusqu'en et sont fructueuses : « apparurent les restes de bains publics gallo-romains, une portion du mur d'enceinte du IVe siècle, des fondations de maisons médiévales, de bâtiments du XVIIIe jusqu'aux égouts haussmanniens ». Leur importance conduit en à adopter le principe de préserver ces ruines sous forme d'une crypte muséale mais les hésitations quant à l'avenir du parvis en lui-même conduisent à laisser le site en chantier durant plusieurs années, au grand dam des élus parisiens. Le site de l'entrée du parking est décidé en , à l'ouest du parvis, près de l'accès à la future crypte, d'un style contemporain discret. En , Michel Fleury plaide pour l'étendre encore plus à l'ouest sur le parvis, là où se trouvent enterrés les vestiges de la cathédrale Saint-Étienne. L'ouverture au public de la crypte se fait attendre, au point que Sites et Monuments se demande : « Sera-telle à ranger dans la catégorie des mythes ou des serpents de mer ? ». Elle est finalement inaugurée en mais des fouilles souterraines se poursuivent jusqu'en , l'archéologue Venceslas Kruta exhumant ainsi les restes d'un quai du port de Lutèce[1].
À partir de , la crypte présente des reproductions 3D de Paris à travers les époques[2]. En , alors que la mairie de Paris lance un concours pour redynamiser l'aménagement de l'île de la Cité, l'architecte urbaniste Dominique Perrault propose de remplacer le parvis de Notre-Dame par une dalle en verre géante afin de révéler la présence de la crypte à la vue de tous les passants[3], idée finalement refusée par Emmanuel Grégoire, premier adjoint à la maire de Paris Anne Hidalgo. Cependant, un réaménagement global des abords de la cathédrale reste programmé pour les années , où la question d'une meilleure intégration de la crypte avec les monuments qui la bordent demeure d'actualité[1].
À la suite de l'incendie de Notre-Dame de Paris, la crypte est fermée et n'ouvre pas pour la nuit des musées le mois suivant[2]. Sa réouverture, retardée par la pandémie de Covid-19, a lieu en [4]. En , Bas Smets remporte le concours pour réaménager les abords de Notre-Dame après l'incendie[5]. Le projet prévoit notamment l'aménagement de l'ancien parking avec une nouvelle entrée de la crypte archéologique de l'île de la Cité ; les travaux sont prévus pour la période –[6].
Présentation du site
La crypte présente de nombreux vestiges présents au sud de l'île de la Cité, cœur historique de Paris. On peut y observer plusieurs éléments allant de l'époque gallo-romaine au XIXe siècle.
La crypte est ouverte du mardi au dimanche inclus. Sauf pour certaines personnes sur présentation d'un justificatif en cours de validité, son entrée est payante (avec réduction éventuelle), contrairement à la majorité des musées de la Ville de Paris dont l'accès (hormis les expositions temporaires) est gratuit depuis .
Elle est accessible aux personnes à mobilité réduite.
Michel Fleury, « Deux grandes entreprises archéologiques : Le dépôt de fouille de la rotonde de la Villette, la crypte archéologique du parvis de Notre-Dame », Les Dossiers de l'archéologie, Faton, no 7 « Dans le sol de Paris », , p. 94–103.