En 1827, Eugène Thomas publie une œuvre de son oncle Jean-Pierre Thomas (1756-1820) également archiviste, intitulée : Mémoires historiques sur Montpellier et sur le département de l'Hérault[5].
De 1836 à 1840, Eugène Thomas et Ferdinand Pégat collationnent « le Petit Thalamus de Montpellier ». Ce dernier contient les statuts et l'histoire de la ville de 1204 à 1604, l'édition est publiée pour la première fois d'après les manuscrits originaux[7].
Quelques années avant sa mort, en 1865, il termine la rédaction du « dictionnaire topographique du département de l'Hérault »[8].
[1831] Jean Cavalier ou les camisards et les cadets de la croix 1702-1704, écrits puisés dans des manuscrits authentiques et inédits, 1831.
[1836] Quels étaient les habitants du département de l'Hérault après la fondation d'Agde et avant la domination des Romains ?, 1831.
[1836] Recherches sur la position des Celtes-Volces : ou introduction à la géographie ancienne du département de l'Hérault, 1836.
[1836] Ferdinand Pégat et Eugène Thomas, Thalamus parvus : le petit thalamus de Montpellier : publié pour la première fois d'après les manuscrits originaux, Jean Martel Aîné, coll. « Société archéologique de Montpellier », 1836/40, lire en ligne : [(fr + oc) Internet Archive] ou [(fr + oc) Google Livres].
[1840] Annuaire administratif, statistique et commercial du département de l'Hérault, 1840-71, 32 vol.
[1843] Eugène Thomas, Vocabulaire des mots roman-languedociens dérivant directement du grec, précédé de quelques observations historiques et grammaticales, J. Martel Ainé, .
[1847] Eugène Thomas, Dissertation historique sur la Mer Érythrée ou Mer Rouge, Boehm, , 68 p. (lire en ligne).
[1847] Comput ecclésiastique en roman-languedocien du XIIIe siècle, 1847, 23 p.
[1850] Eugène Thomas, Essai sur la géographie astronomique du Prométhée d'Eschyle, Boehm, , 114 p.
[1852] Sommaires historiques sur les anciennes archives ecclésiastiques du diocèse de Montpellier, clergé séculier, 1852, 101-132 p.
[1853] Eugène Thomas, Introduction à l'« Histoire générale de Languedoc », des bénédictins Fr. Claude de Vic et Fr. Joseph Vaissète : accompagnée de notes historiques et bibliographiques et de pièces justificatives, J. Martel aîné, , 152 p.
[1854] Des Différentes interprétations du Prométhée d'Eschyle, 1854.
[1854] Eugène Thomas, Le Concile d'Agde en 506, Montpellier, J. Martel aîné, , 44 p.
[1854] Eugène Thomas, Le Collège de Pézenas, établi sous le nom de Collège de Bresse, à Montpellier, J. Martel aîné, , 30 p.
[1855] Eugène Thomas, Examen critique des anciens noms de l'île de Corse, Société archéologique de Montpellier, , 22 p.
[1856] Eugène Thomas, Les Fragments de la Prométhéide d'Eschyle, Montpellier, Boehm, , 30 p.
[1857] Eugène Thomas, Montpellier : tableau historique et descriptif pour servir de guide à l'étranger dans cette ville et dans ses environs, Montpellier, Félix Séguin, , IV-344 p., in-12 (BNF31460331, présentation en ligne, lire en ligne).
[1858] Junius Castelnau et Eugène Thomas, Mémoire historique et biographique sur l'ancienne Société royale des sciences de Montpellier : Notice historique sur la Société des sciences et belles-lettres de la même ville, Montpellier, Boehm, , 352 p. (lire en ligne).
[1859] Un agent des alliés chez les Camisards, d'après les manuscrits trouvés dans le fonds de l'ancienne intendance de Languedoc, 1859.
[1861] Mélanges de Littérature, d'Histoire et de Géographie ancienne, 3 vol, 1861.
[1865] Eugène Thomas, Dictionnaire topographique du département de l'Hérault : comprenant les noms de lieu anciens et modernes, Paris, Impr. impériale, , XXXI-278 p., in-4° (BNF37326793, lire en ligne).
