Deux ans plus tard, Wegele est nommé "Professeur d'Histoire". En 1857, il accepte un poste de professeur à l'Université de Wurtzbourg. L'année suivante, il est accepté comme membre de la Commission historique de Munich. Il y est impliqué de manière significative dans la publication de l'ADB pendant de nombreuses années. À partir de 1860, il est membre étranger de l'Académie bavaroise des sciences.
Die Reformation der Universität Würzburg. Festrede zur Jahresfeier der Stiftung der Julius-Maximilians-Universität am 2. Januar 1863. Thein, Würzburg 1863.
Zur Literatur und Kritik der fränkischen Nekrologien. Nördlingen 1864.
Jürgen Petersohn(de): Franz Xaver Wegele und die Gründung des Würzburger Historischen Seminars (1857). In: Peter Baumgart: Vierhundert Jahre Universität Würzburg. Verlag Degener, Neustadt/Aisch 1982, (ISBN3-7686-9062-8), S. 483–537.
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