Mowgli vit dans le village des hommes depuis quelque temps et même s'il aime beaucoup sa nouvelle famille, son ami Baloo lui manque. Quand le jeune garçon veut jouer avec les autres enfants aux jeux qu'il a appris dans la jungle, le danger qu'il leur fait courir alerte son nouveau père adoptif. Celui-ci se fâche et lui défend de quitter le village. Malheureux, Mowgli se glisse discrètement au-dehors avec l'aide de ce bon vieux Baloo. Mais le garçon ignore que sa nouvelle amie, une petite fille nommée Shanti, s'inquiète pour lui. Surmontant sa peur, celle-ci se lance à sa poursuite dans la jungle avec l'aide du petit frère adoptif de Mowgli nommé Ranjan.
Les choses se compliquent lorsque Kaa, le serpent hypnotiseur, décide de faire de Shanti son repas, et que Shere Khan, le tigre mangeur d'hommes ennemi de Mowgli, n'attend qu'une occasion pour se venger... La chasse est ouverte ; Mowgli, Shanti, Baloo et Ranjan devront faire front ensemble.
Résumé détaillé
Mowgli réside dans le Village des hommes avec Shanti qui l'a attiré, et il finit par être adopté par le chef du village, qui a une femme et un fils nommé Ranjan. Cependant, voulant retourner à la vie passionnante de la jungle, il a failli conduire les autres enfants du village dans la jungle, et le chef du village le punit pour avoir désobéi à ce qu'il a dit à Mowgli de ne pas quitter le village et de les mettre en danger.
Pendant ce temps, dans la jungle, Shere Khan était de retour bien décidé à se venger de sa défaite contre Mowgli. Baloo entre dans le village de l'homme et ramène Mowgli dans la jungle malgré les efforts de Bagheera et de l’esquad du Colonel Hathi; cependant, sans le savoir, Shere Khan était également entré dans le village, pour être attaqué par les villageois. Dans la poursuite qui a suivi, Shanti et Ranjan se faufilent dans la jungle pour sauver Mowgli, croyant que Baloo est un animal enragé qui l'a enlevé.
Bagheera apprend l'évasion de Mowgli du village lorsque les humains le cherchent dans la jungle, et soupçonne immédiatement Baloo. Mowgli demande à Baloo d'effrayer Shanti si elle apparaît, et se lamente de sa vie ennuyeuse dans le Village des hommes. Baloo et Mowgli se rendent au vieux temple du roi Louie (le roi à déménagé), pour une fête. Cependant, lorsque les animaux de la jungle se moquent de Shanti et d'autres aspects de la vie de Mowgli dans le Village des hommes, Mowgli part avec colère. Il trouve Shanti et Ranjan, mais Baloo fait peur à Shanti. Lorsque la vérité sort que Mowgli a ordonné à Baloo de lui faire peur, Shanti et Ranjan s'enfuient, abandonnant Mowgli.
Baloo se rend compte que Mowgli manque à sa vie de village, mais quand Mowgli essaie de faire amende honorable avec ses amis humains, ils sont piégés par Shere Khan. Le tigre poursuit Mowgli et Shanti vers un temple abandonné construit au-dessus d'un lac de lave. Baloo demande à Bagheera de protéger Ranjan pendant qu'il va sauver Mowgli et Shanti. Après avoir confondu Shere Khan en frappant plusieurs gongs différents, la présence de Shanti est révélée à Shere Khan. Baloo attaque Shere Khan au sol, laissant à Mowgli et Shanti suffisamment de temps pour s'échapper, mais le tigre les poursuit jusqu'à une statue à travers une fosse de lave. Shere Khan est piégé dans l'embouchure de la statue, et elle s'effondre sur une grande pierre dans la lave en dessous.
Une fois débarrassé de Shere Khan, Baloo décide de laisser Mowgli retourner dans le Village des hommes avec Shanti et Ranjan, et Bagheera félicite fièrement Baloo d'avoir pris une sage décision. À son retour au Village des hommes avec Shanti et Ranjan, Mowgli se réconcilie avec le chef du village, qui s'excuse auprès de Mowgli pour ne pas avoir compris que la jungle faisait partie de son identité. Les enfants reviennent tous les jours pour visiter Baloo et Bagheera dans la jungle.
Le réalisateur a tenu à réutiliser certaines chansons déjà présentes dans Le Livre de la jungle (1967) afin de rendre hommage à l'original. On retrouve ainsi Il en faut peu pour être heureux citée à l'Oscar de la "Meilleure Chanson" en 1968.
C'est Houcine, le finaliste de Star Academy 2, qui a été choisi pour chanter Être un homme comme vous, le générique de fin dans la version française.
Le film fut un succès en Europe pour une suite de long métrage d'animation avec plus de 3 millions d'entrées en France. C'est l'un des rares longs métrages Disney à être sorti en première mondiale en France.
Le personnage du Roi Louie n'apparaît pas dans la suite du film pas plus qu'Akela et les autres loups qui ont élevé Mowgli. Le Roi Louie est cependant mentionné plus d'une fois dans le film tandis qu'Akela et les loups semblent voués à l'oubli.
Dans cette suite on ne retrouve qu'un seul doubleur français du premier opus : Roger Carel pour Kaa toutes les autres voix étant remplacées.