La Ligue des champions de l'AFC 2006 est la 25e édition de la Ligue des champions de l'AFC et la 4e édition sous la dénomination Ligue des champions de l'AFC. Le club vainqueur de la compétition est désigné champion d'Asie 2006 et dispute la Coupe du monde des clubs2006.
C'est le club sud-coréen de Jeonbuk Hyundai Motors qui remporte la compétition après avoir battu la formation syrienne d'Al-Karamah SC en finale. Les deux formations participent là à la première finale internationale de leur histoire. L'attaquant brésilien de Gamba OsakaMagno Alves est sacré meilleur buteur avec huit réalisations.
La victoire de Jeonbuk Hyundai Motors est historique puisque le club est le premier en Asie à remporter la Ligue des champions sans jamais avoir été sacré au niveau national.
Participants
Clubs participants par tour d'entrée dans la compétition
Toutes les équipes participantes, à l'exception d'Al Ittihad qui est directement qualifié pour les quarts de finale, sont réparties dans sept groupes de 4 équipes. Les 16 clubs du Moyen-Orient et d'Asie centrale se retrouvent dans les groupes A, B, C et D. Les 12 équipes d'Asie de l'Est et d'Asie du Sud-Est sont dans les groupes E, F et G.
Les équipes terminant à la première place se qualifient pour les quarts de finale. Chaque groupe se déroule sur la base de matchs aller-retour. Les rencontres ont lieu entre le 8 mars et le .
Quatre équipes sont exclues de la compétition par l'AFC pour n'avoir pas transmis à temps le formulaire d'inscription des joueurs participant à la compétition. Il s'agit des deux clubs thaïlandais (PEA FC et TTM FC) et des deux clubs indonésiens (Arema Malang et Persipura Jayapura). Par conséquent, les groupes F et G ne comportent plus que deux équipes chacun.