Destiné à être ecclésiastique, il fut évêque de Troyes à 18 ans. Il fut ensuite pourvu de l'évêché d'Albi et de l'archevêché de Sens dont il se démit en faveur du cardinal Pellevé. Devenu cardinal en 1552, il fut nommé quelque temps après évêque de Metz.
Il s'occupa avec zèle de l'administration des diocèses qui lui furent confiés et mit fin aux procès qui existaient entre son oncle le cardinal Jean de Lorraine et les consuls de la ville d'Albi. En 1553, il obtint un arrêt du grand-conseil, par lequel ses officiers devaient présider, à Albi, toutes les assemblées publiques, voir, examiner et clore les comptes des consuls et des receveurs de tailles[2].
Il participa au conclave de 1559 qui dura six mois et qui marqua l'élection du papePie IV. Il y fut un acteur important des intrigues menées par la France pour tenter de faire élire un pape pro-français[4].
Coupé et parti en 3, au premier fascé de gueules et d'argent (qui est de Hongrie), au second d'azur semé de lys d'or et au lambel de gueules (qui est d'Anjou ancien ou de Naples), au troisième d'argent à la croix potencée d'or, cantonnée de quatre croisettes du même (qui est de Jérusalem), au quatrième d'or aux quatre pals de gueules (qui est d'Aragon), au cinquième parti d'azur semé de lys d'or et à la bourdure de gueules (qui est d'Anjou moderne), au sixième d'azur au lion contourné d'or, armé, lampassé et couronné de gueules (qui est de Gueldre), au septième d'or au lion de sable armé et lampassé de gueules (qui est de Gueldre), au huitième d'azur semé de croisettes d'or et aux deux bar d'or (qui est de Bar). Sur le tout d'or à la bande de gueules chargé de trois alérions d'argent (qui est de Lorraine). Le tout brisé d'un lambel de gueules.[5]
↑En 1567 l'abbaye Saint-Germain est gravement endommagée par les huguenots qui prennent Auxerre en septembre de cette année-là. Toutes les ressources de l'abbaye, même sur de nombreuses années, n'auraient pas suffi pour les réparations - et elles sont tenues par leur abbé commendataire Louis de Lorraine. Fort heureusement, celui-ci guigne l'évêché de Metz et, le 15 mars 1567 (1568 selon la façon actuelle de compter les dates), permute sa commende de l'abbatiat de Saint-Germain avec le siège épiscopal de Metz détenu par François de Baucaire qui, devenu ainsi abbé de Saint-Germain, consacre toute sa manse abbatiale et même plus à restaurer les lieux réguliers et l'église de l'abbaye Saint-Germain. Mais même cela ne suffit pas pour restaurer les beaux vitraux détruits, et après lui il reste encore beaucoup à faire[3].
↑ a et bClément Compayré, Études historiques et documents inédits sur l'Albigeois, le Castrais, et l'ancien diocèse de Lavaur
↑[Leclerc 1841] Leclerc, « Abbaye de Saint-Germain (p. 3-37) », dans Annuaire historique du Département de l'Yonne (3e partie, section 1 « Sciences et Arts »), Auxerre, éd. Perriquet, , sur books.google.fr (lire en ligne), p. 27.
Alain Cullière, « Le cardinal de Lorraine et son frère le cardinal Louis de Guise sur la scène européenne », Un prélat français de la Renaissance. Le cardinal de Lorraine entre Reims et l’Europe, éd. J. Balsamo, T. Nicklas et B. Restif, Genève : Droz, Travaux d’Humanisme et Renaissance, vol. 546, 2015, p. 231-242.