En 1821, le pasteur suisse Henri Pyt, marqué le Réveil protestant francophone, s'installe à Bayonne. Il reconstitue une communauté protestante[1]. Il travaille à la diffusion du Nouveau Testament en langue basque mais se heurte à l’hostilité du clergé catholique qui fait brûler tous les exemplaires qui lui parviennent. De nombreux Espagnols résident à Bayonne, et Pyt se préoccupe également d'évangéliser cette communauté et l’Espagne voisine[2],[3].
Le temple est inauguré le . L'édifice est de style néo-classique, selon les plans de l'architecte bayonnais Boulanger. Il est bâti à l'emplacement des anciennes fortifications. Le portail est orné de la sculpture en bas-relief d'une Bible ouverte. En 1859, par décision préfectorale est autorisé l'ouverture d'une école rue port de Castets, puis en 1865, rue Montaut tout près de la cathédrale Sainte-Marie de Bayonne.
