נולד בעיירה צאנז שבגליציה לרבי מנחם נחום (נפטר בי' באלול תק"ט) ולבתו של רבי שמואל שמעלקא הורוביץ "הארוך" מטרנוב (חתנו האחר של רבי שמעלקא היה רבי אלעזר רוקח), נשא את בתו של רבי יוסף הלפרין (כונה רבי יוסף "קרעסילס") מברודי, התגורר בברודי לאחר נישואיו, והיה לדמות המזוהה ביותר עם הקלויז.
נהג להתענות ולהסתגף, והיה קנאי באופיו. התפרסם בתמיכתו בנזקקים ואף כונה בשל כך: "אבי העניים". נודע כגדול המקובלים במזרח אירופה בדורו, והנהיג את הקבוצה המצומצמת של המקובלים בקלויז, לפי הדרכות סגפניות מבית מדרשו של רבי יהודה החסיד. בין היתר למד קבלה עם רבי יחזקאל לנדא[1], ויש המחשיבים אותו לרבו של רבי יחזקאל בקבלה.
במחלוקת שהתגלעה בשנת תקכ"ו בין רבי יצחק הלוי הורוביץ לרבי יחזקאל לנדא אודות גט שנתן בטרנופול ר' מאניש הורוביץ בן אחיו של רבי יצחק לקרובת משפחתו של רבי יחזקאל בעל כרחה, תמך רבי חיים בדעתו של רבי יצחק והכשיר את הגט בניגוד לדעתו של רבי יחזקאל[3]. בחודש טבתתקכ"ח יצא רבי חיים בתוקף יחד עם שאר חכמי הקלויז נגד רבני פרנקפורט שאסרו את הגט מקליווא, והטיל את כל כובד משקלו לצד המתירים[4].
התנגד לתנועת החסידות ולמייסדה הבעל שם טוב[א], ובהנהגתו הצטרף הקלויז בברודי אל החרם שהטילו בליטא. החרם שהוצא בברודי כוון בעיקרו כנראה נגד רבי יחיאל מיכל מזלוטשוב מחכמי הקלויז שייסד מניין חסידי בביתו באותה התקופה. יש הטוענים כי התנגדותו של רבי חיים שהכיר אישית את הבעל שם טוב, וכמה מראשי התנועה החסידית אף היו חברים בקלויז (כמו גם התנגדותם של רבנים אחרים בסביבת גליציה ופולין) הייתה מתונה ביותר, וכוונה לצמצם את השפעת החסידות ונגד ההתבדלות שלה במנהגים, בכך היא שונה מהותית מההתנגדות העזה בליטא בה החרימו לחלוטין את החסידים, השערה זו נסמכת גם על קשרי החיתון של רבי חיים ורבנים נוספים מהקלויז עם צדיקים חסידיים מפורסמים כמו רבי יעקב יוסף כ"ץ[5]. לעומת זאת התייחס אליו הבעש"ט בהערכה רבה באמרו שהוא מנשמת רבי יוחנן בן זכאי[6] ובית מדרשו מכוון כנגד שער התפילה בשמים. הבעש"ט גם אמר עליו שהוא שקרן באמרו "אשמנו בגדנו" בעוד שלא חטא מימיו. על פי המסופר הוא ניסה לקרבו לחסידות, ללא הצלחה[ב]. אגדה נוספת מספרת כי הבעש"ט שלח אנשים שילעגו על דרכו בפני רבי חיים כדי שיהנה, מתוך חשיבות רבה שייחס להנאתו של רבי חיים. היה גם מחותנו של רבי יעקב יוסף מפולנאה שאף מצטטו בספריו פעמים מספר[8].
