בשנת 1951 נישא לתהילה קריתי והזוג הקים את ביתו המשפחתי בפלמחים, שם התחנכו שלוש בנותיהם ובנם – אדוה לויד, ענבל עובד, רננה ברק ורז עובד. בשנים 1954–1959 עבד בחקלאות בקיבוצו, ובשנים 1959–1961 למד במחזור השני בקורס הדו-שנתי הגבוה של הקיבוץ המאוחד בסמינר אפעל. הוא החל בהוראה ובחינוך בבית הספר בקיבוצו, ובשנת 1967 יצא לשליחות קצרה בארגנטינה. בהזדמנות זו עִברת את שם משפחתו לעובד.
בשנות ה-50 של המאה ה-20 פרסם מאמרים בנושאי אמריקה הלטינית בעיתון "למרחב". במאמר על קובה בשנת 1958 העריך כי קבוצתו של פידל קסטרו (Castro) עתידה להפיל את הדיקטטור פולחנסיו בטיסטה (Batista). משהתממשה תחזיתו וכי זו מהפכה סוציאליסטית, הצטרף לליגה לידידות ישראל– קובה, ובשנת 1964 יצא במשלחת של הליגה לקובה. במהלך הביקור עמד על כמה צדדים של המשטר שלא הזדהה איתם, ולאחר הביקור ניתק את קשריו עם קובה.
בשנים 1959–1961 למד במחזור השני של הקורס הגבוה למדעי החברה של הקיבוץ המאוחד בסמינר אפעל. היה מורה ומחנך בבית הספר התיכון בקיבוץ פלמחים. בשנת 1969 יצא ללימודי התואר הראשון בחוגים להיסטוריה כללית ופילוסופיה באוניברסיטת תל אביב והשלים את לימודיו בהצטיינות יתרה. בשנת 1971 נשלח על ידי החוג להיסטוריה לכתיבת דוקטורט באוניברסיטת אוקספורד. נושא הדוקטורט היה ״האנרכיזם בתנועת הפועלים בארגנטינה בראשית המאה ה-20״, והמחקר נערך בהנחיית פרופסור מיכאל קונפינו מאוניברסיטת תל אביב ופרופסור אזאקיאל גאז'ו (Ezequiel Gallo) מאוניברסיטת בואנוס איירס.
עם אישור הדוקטורט בשנת 1975 התקבל עובד לסגל המרצים בחוג להיסטוריה כללית באוניברסיטת תל אביב, ובה בעת הצטרף כעמית מחקר ביד טבנקין. במכון זה החל לחקור את תולדות הקומונות בעולם. בנסיעה לצורכי מחקר על קומונות בארצות הברית השתתף בשנת 1978 בכנס של 'האגודה לחקר הקומונות האמריקאיות' (Communal Studies Association), ובפגישה עם נשיא האגודה, פרופ' דונלד פיצר (Donald E. Pitzer), יזם עריכת כנס בינלאומי של חוקרי קומונות וקיבוצים. היוזמה התממשה בחסות יד טבנקין, בשנת 1985 התקיים כנס בינלאומי ראשון ביד טבנקין שבו הוקמה האגודה הבינלאומית לחקר הקומונות (International Communal Studies Association), ועובד נבחר למנהלה הכללי. עובד שימש בתפקיד מנכ"ל האגודה במשך 20 שנותיה הראשונות (עד שנת 2004).
בשנת 1994 התמנה עובד כפרופסור מן המניין באוניברסיטת תל אביב ובשנת 1998 פרש לגמלאות. בשנים הבאות התמסר לפעילות במדור הקומונות ביד טבנקין. במסגרת פעילות זו יצר וטיפח קשרים עם חוקרי קומונות ברחבי העולם וכן עם קהילות שיתופיות רבות, ובהן: קומונות הברודהוף (Bruderhof) בארצות הברית, פינדהורן (Findhorn) בסקוטלנד, דמנור (Damanur) באיטליה, זאג (Zegg) בגרמניה, ריברסייד (Riverside) בניו זילנד, טווין אוקס (Twin Oaks) בארצות הברית ועוד. קשרים אלה העמיקו את הקשרים בין התנועה הקיבוצית לבין קומונות בעולם. עובד שקד על הרחבת הספרייה המחקרית בנושא הקומונות ביד טבנקין, שזוכה למוניטין בקרב החוקרים. מתחילת ימי האגודה היה מעורב בארגון כנסים של האגודה שהתקיימו מדי שלוש שנים באוניברסיטאות ברחבי תבל ובאתרי קומונות. מאז ייסודה קיימה האגודה 11 כנסים בינלאומיים באתרי קומונות ובאוניברסיטאות שונות בעולם. עובד שימש כיושב ראש בפועל של האגודה.
פרופ' יעקב עובד מרצה בכנס בינלאומי על חקר הקומונות
פעילות מחקרית
הדוקטורט של עובד על האנרכיזם בתנועת הפועלים בארגנטינה בתחילת המאה ה-20 התפרסם בשנת 1978 כספר בספרדית בהוצאת Siglo XXI, ויצא במהדורה שנייה מורחבת בשנת 2013 בהוצאת Imago Mundi בבואנס-איירס.
בשנת 1986 פִרסם עובד את ספרו המקיף מאתיים שנות קומונה בארצות הברית, ולאחר מכן ספרים נוספים על קומונות בנות זמננו. נוסף על ספריו על הקומונות פִרסם עובד ספרים ומאמרים על אנרכיזם, על הגות אוטופית אנרכו-קומוניסטית וכן על קומונות אנרכיסטיות במלחמת האזרחים בספרד.
בשנת 2014 פרסם עובד מאמר ייחודי על ההשכלה הגבוהה הקיבוצית העצמאית הסוקר את תולדות הקורס למדעי החברה בסמינר אפעל, שבו היה תלמיד ומורה.
פרסים מחקריים
"האגודה האמריקאית לחקר הקומונות" (Communal Studies Association, USA) העניקה לפרופסור יעקב עובד בשנים 2000 ו-2004 פרסי הצטיינות על מחקריו ועל תרומתו לקידום הקשרים הבינלאומיים:
Distinguished Scholar Award, Communal Studies Association, USA, 2000
Distinguished Service Award, Communal Studies Association, USA, 2004
"האגודה האירופית לחקר האוטופיה" (Utopian Studies Society) העניקה בשנת 2009 אות הוקרה לפרופסור עובד על תרומתו לייסודה: Founding Membership Award
"האגודה הבינלאומית לחקר הקומונות" העניקה בשנת 2010 עיטור הוקרה לפרופסור עובד על מפעל חייו המדעי: Founding Member Award
ספריו
Anarchism and the Workers Movement in Argentina (Spanish), Mexico City: Siglo Veintiuno, 1978
El anarquismo y el movimiento obrero en Argentina Edicion Definitiva (Spanish), 2nd edition, Buenos Aires: Imago Mundi, 2013
מאתיים שנות קומונה בארצות הברית, תל אביב: הקיבוץ המאוחד ויד טבנקין, 1986
Two Hundred Years of American Communes, New Brunswick, USA and Oxford, UK: Transaction Books Press, 1988
Two Hundred Years of American Communes, 2nd edition, New Brunswick, USA: Transaction Books Paperback, 1993
אחים רחוקים: תולדות הקשרים בין התנועה הקיבוצית והברודרהוף, אפעל: יד טבנקין, 1993
Distant Brothers: History of the relations between the Bruderhof and the Kibbutz, Efal: Yad Tabenkin, 1993
עדות האחים: תולדות תנועת הברודרהוף, תל אביב: הקיבוץ המאוחד ויד טבנקין, 1996
The Witness of the Brothers: History of the Bruderhof Communal Movement, 1920–1994, New Brunswick, USA: Transaction, 1996
The Witness of the Brothers History of the Bruderhof Communal Movement, 1920–1994, 2nd edition, N.J. USA: Transaction paperback, 2012
קומונות וקהילות שיתוף במחצית השנייה של המאה העשרים, אפעל: יד טבנקין, 2009
Comunas-Comunidadeas Colectivistasen el Mundo (Spanish), Buenos Aires: Acervo Cultural, 2012
Globalization of Communes, 1950–2010, N.J. USA: Transaction Publishers, 2013
השכלה גבוהה בתנועה הקיבוצית: הקורס הדו-שנתי באפעל, אפעל: יד טבנקין, 2014
מחקרים נבחרים
"המשטר החוסטיציאליסטי בארגנטינה", מבפנים, כרך י"ח, עין-חרוד: הקיבוץ המאוחד, 1955
"השורשים של המהפכה בקובה", מבפנים, כרך כ"ה, עין-חרוד: הקיבוץ המאוחד, 1964
Anarchist Culture in Argentina at the Beginning of the 20th Century, Latino América: Anularlo/Estudios Latinoamericanos, no. 17, UNAM, México, 1985
The Future Society According to Kropotkin (Hebrew), Shorashim, 6, Tel Aviv: HaKibbutz Hameuchad Publ. House and Yad Tabenkin, 1991
Influence of Spanish Anarchism on the Formation of Argentinian Anarchism (Spanish), in: Estudios Interdisciplinarios de América Latina v el Caribe, Universidad de Tel-Aviv: Escuela de Historia Enero Junlo, 1991
The future society according to Kropotkin, Cahiers du Monde Russe et Sovietbue: École des Hautes Études et Sciences Sociales, Paris, July 1992
Communismo Libertarlo and Communes in the Spanish Collectivization, in: Anarchism–Communitv and Utopia, Praha: Institute of Philosophy, Chechoslovakian Academy of Sciences, Filosoficky ustav, AVCR, 1993
The Uniqueness of Anarchism in Argentina, Estudios Interdisciplinarios de América Latina, vol. 8/1, Enero/Junio, 1997
Introduction to Peter Kropotkin, Fields Factories and Workshops, New Brunswick N.J.: Transaction Publishers, 1993
The Rise and Fall of Anarcho Communism in Argentina, in: Z. Medin & R. Rein (eds), Society and Identity in Argentina, (Hebrew), Mifalim Universitaim, 1997
Mouvements Commaunautaire au XX siècle, in: Utopie La quête de la société idéale en Occident (French), Bibliothèque Nationale de France, 2000
Communal Movements in the Twentieth Century, in: Utopia The Search of Ideal Society, Oxford UK: The New York Public Library, 2000
"אנרכו-קומוניזם וקולקטיביזציה", בתוך: רענן רייך (עורך), הפשיזם לא יעבור: מלחמת האזרחים בספרד, אוניברסיטת תל אביב: זמנים, 2000
"צדק חברתי בקומונות", בתוך: אברהם יסעור, יעקב עובד, דני רוזוליו ומנחם רוזנר (עורכים), צדק חברתי ושוויון בעולם משתנה, בני-ברק: הקיבוץ המאוחד, 2003
"מגמות קומונאליות בעולם", מפנה, 41, אפעל: יד טבנקין, ספטמבר 2003
"הפלוריאליזם בקומונות בנות זמננו", מפנה, 55, אפעל: יד טבנקין, 2007
L'anarchisme dans le movement des kibbutz, in: Juifs et anarchists, Paris: Édtions de l'éclat, 2008
"Una inmigración peculiar: La Sociedad de Hermanos en Paraguay", Buenos Aires: El Hilo Rojo – Ediciones Paidos, 2009
"קיבוצים וקומונות: היבטים השוואתיים", בתוך: אביבה חלמיש וצבי צמרת (עורכים), הקיבוץ: מאה שנים ראשונות, ירושלים: יד יצחק בן-צבי, 2010
The International Association of kibbutzim and Communes, in: M. Palgi & S. Reinarz (eds), One Hundred Years of Kibbutz Life, New Jersy: Transaction Publishers, 2011
Anarchist Utopians and the Kibbutz Movement, in: Artur Blaim & Ludmila Gruszewska (eds), Spectres of Utopia, Oxford: Spectres of Utopia Peter Lang, 2012
Communes and Communities: History and Perspective, in: Eliezer Ben Rafael, Yaacov Oved and Menachem Topel (eds), The Communal Idea in the 21st Century, Boston: Brill Leiden, 2013
