בשנת 1954 הוקם גדוד 1 של מג"ב שמנה שתי פלוגות והיה אמון על שמירת הגבולות בגזרה הדרומית ביותר של מג"ב באותה התקופה - אזור ירושלים. במקביל קם גדוד 2 של מג"ב שהיה אחראי על שמירת גבול ישראל ירדן בכל אזור מרכז הארץ, ומנה ארבע פלוגות. בזמן מבצע קדש הוכפף מג"ב לצה"ל, גדוד 1 השתתף בקרבות באזור רצועת עזה וגדוד 2 היה אחראי על אכיפת העוצר בכפרים הערביים שבתחומו, במהלך מבצע קדש ביצעו לוחמים מגדוד 2 את טבח כפר קאסם.
לאחר מבצע קדש ב-1958 פורק גדוד 1 והשוטרים שבו שולבו בגדוד 2, שהיה אחראי מאז גם על אזור הדרום וגם על אזור מרכז הארץ. בשנת 1969, כחלק מהערכות מחודשת של משמר הגבול, הפך גדוד 2 למחט"ב מג"ב דרום והמשיך לפעול בגזרתו.
בשנת 1994 פוצל מג"ב מרכז ממג"ב דרום ומאז שטח האחריות של מג"ב דרום הוא דרום הארץ, בחופף לשטח מחוז דרום של משטרת ישראל, והוא הגדול בשטחו מבין מרחבי מג"ב.
במג״ב דרום פועלים כ-700 לוחמים ולוחמות ב-8 יחידות ופלוגות שונות וכן עוד מאות מתנדבים ומתנדבות בעשרות בסיסי הפעלה הפועלים במרחב וזאת בשיתוף פעולה מבצעי עם צה״ל ומחוז דרום של משטרת ישראל:[1]
סיירת משמר הגבול מוכשרת ומיועדת למאבק בהפרות סדר, פח"ע ופשיעה באזור הדרום.
יחידת הסיירות
יחידה המורכבת משוטרות שהוכשרו למתן מענה מקצועי לאירועי פשיעה ובריונות ולשמירת הסדר הציבורי
במקומות הומי אדם, ממוקמת בעיר באר שבע
היחידה המרכזית (ימ"ר)
(יח' דקל)
יחידה מודיעינית-מבצעית משימתית ללוחמה במחוללי פשיעה משמעותיים בתחומי המחוז הדרומי.
היחידה מקבילה לימ"ר של המשטרה הכחולה, ועובדת בשיתוף פעולה מלא עם יחידות מיוחדות נוספות
כגון יואב, מג"ן, ימ"ס, היחידה האווירית והעיקוב, ולוקחת חלק מרכזי בלחימה בפשיעה יחד עם
הימ"רים המרחביים של המשטרה הכחולה תוך מתן דגש על פשיעה חקלאית ופשיעה כללית במיגזר הכפרי באזור הדרום .
יחידת תקיפה כפרית (ית"כ)
יחידה למאבק בפשיעה החקלאית ותופעות פשיעה במרחב הכפרי במרחבים לכיש ונגב.
בט"פ אילת
יחידה משטרתית לוחמת באילת לביצוע משימות של ביטחון פנים.
יחידת מתנדבים המורכבת מגששים מנוסים תושבי הדרום בעיקר בני העדה הבדואית,
היחידה מוקפצת בכל אירוע בתחומי המחוז בו נדרשת התערבות איש מקצוע מתחום הגששות.
מערך היישובים
אמונה על שמירת הביטחון והסדר ביישובים הכפריים בתחומי המחוז באמצעות שוטרים קהילתיים, שוטרים אשכוליים, מפעילי בסיס (מב"סים) ומתנדבים, כמו כן קיבל המערך את האחריות כוללת על כיתות הכוננות היישוביות הנמצאות תחת אחריות מג"ב ומופעלות באמצעות המש"קים הבטחוניים (משקב"ט).
יחידות במילואים
פלחו"ד דרום
פלוגת חוד במילואים של מג"ב דרום מורכבת מיוצאי שירות סדיר במשמר הגבול וממתנדבים
שהביעו נכונותם לבצע שירות מילואים ביחידה. ייעודה בזמני רגיעה הוא קיום ושמירה על שיגרת ביטחון שוטף
ובזמן בחרום תפקידה לתת מענה מהיר כנגד הפרות סדר, אירועי טרור ולחימה בכל אזור הדרום,
זאת לאור לקחי אירועי המהומות שהתרחשו במאי 2021 בעת מבצע שומר החומות.
היחידה פעלה ועדיין פועלת ברציפות לאורך כל זמן מלחמת "חרבות ברזל"
ימ"ס דרום
ימ"ס דרום היא יחידת עילית של מסתערבים הפועלת תחת מג"ב דרום אשר הוקמה בשנת 1989. היחידה היא יחידת המסתערבים הראשונה של מג"ב שפעלה בתוך עזה וסיני תחילה ובהמשך, עם היציאה מהרצועה עברה לפעול במשולש הגבולות: ירדן, מצרים ורצועת עזה. מעל 100 לוחמים מסתערבים משרתים ביחידה. היחידה פועלת בפיקוד הדרום, והתמחותה היא בקליעה, בצליפה ובמרדף מוסק. פעילות היחידה מתבטאת בסיכול אירועי פח"ע, הברחות סמים וכן התמודדות עם הפשיעה במגזר הבדואי.[2]
ב-2011 לוחמי היחידה היו חלק מהכוח שנלחם במחבלים במתקפת הטרור בדרום ישראל ואף חיסלו את אחד המחבלים.
21 באוגוסט 2021 פעלו לוחמי ימ"ס דרום בגזרת גדר המערכת כדי לסייע באבטחת ההתפרעויות על הגדר במרחב הסמוך לנחל עוז שבצפון הרצועה ולמנוע חדירת מחבלים. במהלך ההתפרעויות הצליח פעיל חמאס להחדיר אקדח דרך חרך בחומת ההפרדה וירה בלוחם היחידה סמ"ר בראל חדריה-שמואלי מטווח אפס שנהרג מהפגיעה.[3]