Svoju karijeru započeo je 1999. u omladinskim selekcijama Surseea. Pet godina kasnije prelazi u Luzern[8] u kojem ostaje do 2007. kada prelazi u Grasshopper. U ligi je debitirao 26. travnja 2009. protiv Neuchâtel Xamaxa.[9]
Dana 11. srpnja 2013. prešao je u Real Sociedad za 2 milijuna eura.[15][16] U svojoj prvoj utakmici La Lige odigrane 16. kolovoza protiv Getafea koji je poražen 2:0, postigao je gol.[17]
Eintracht Frankfurt
Dana 1. kolovoza 2014. prešao je u Eintracht Frankfurt.[18] Petnaest dana kasnije ostvario je svoj debi i prvi gol za klub u utakmici prve runde DFB-Pokala u kojoj je njegov klub pobijedio četvrtoligaša Viktoriju Berlin 2:0.[19] Tjedan dana kasnije debitirao je u Bundesligi u utakmici protiv Freiburga u kojoj je postigao jedini gol na utakmici.[20] U sezoni 2015./16. Bundeslige, Eintracht je završio na 16. mjestu te je zbog toga morao odigrati dvije utakmice doigravanja i to protiv Nürnberga. U prvoj utakmici rezultat je bio 1:1, dok je u drugoj utakmici Seferović zabio jedini gol te je time osigurao ostanak Eintrachta u Bundesligi.[21] Bio je finalist DFB-Pokala 2016./17.[22]
Benfica
Dana 2. lipnja 2017. potpisao je petogodišnji ugovor s portugalskim prvakom Benficom.[23] Za Benficu je debitirao 5. kolovoza u utakmici portugalskog superkupa u kojoj je Benfica pobijedila Vitóriju de Guimarães 3:1.[24] Četiri dana kasnije debitirao je u Primeira Lige protiv Brage koju je Benfica pobijedila 3:1.[25] U sezoni 2018./19. postigao je 23 gola u Primeira Ligi te je nagrađen nagradom Bola de Prata koja se dodjeljuje najboljem strijelcu u jednoj sezoni Primeira Lige. Time je postao drugi švicarski nogometaš (prvi je bio Alexander Frei) koji je postao najbolji strijelac u nekoj inozemnoj ligi.[26]
Galatasaray (posudba)
Dana 19. lipnja 2022. Benfica je poslala Seferovića na jednogodišnju posudbu u Galatasaray za milijun eura uz mogućnost otkupa za 2,5 milijuna eura.[27][28] Za novi klub debitirao je 7. kolovoza kada je Antalyaspor u ligi poražen 0:1.[29] Svoj prvi klupski pogodak postigao je 19. listopada u utakmici Turskog nogometnog kupa u kojoj je Galatasaray sa 7:0 pobijedio klub Kastamonuspor 1966.[30]
Celta Vigo (posudba)
Dana 31. siječnja 2023. Seferović je posuđen Celti do kraja sezone.[31] Za Celtu je debitirao 4. veljače u utakmici La Lige u kojoj je Real Betis poražen 3:4.[32]
Tijekom svoje omladinske karijere nastupao je za selekcije Švicarske do 17, 19 i 21 godine. Sa selekcijom do 17 godina osvojio je Svjetsko prvenstvo do 17 godina 2009. te je bio najbolji strijelac tog natjecanja.[34][35] Na tom natjecanju zabio je pet golova, uključujući pobjednički gol u finalu protiv domaćina Nigerije.[36]
Prije prijateljske utakmice između Bosne i Hercegovine i Slovenije, Seferović je izjavio kako želi igrati za Bosnu i Hercegovinu.[37] Kasnije je ipak odlučio igrati za švicarsku reprezentaciju za koju je debitirao u utakmici bez golova protiv Grčke u kojoj je zamijenio Marija Gavranovića.[38] U svojoj trećoj utakmici za Švicarsku, odigrane 8. lipnja 2013. protiv Cipra, zamijenio je Josipa Drmića te je postigao jedini gol na toj utakmici.[39] U prvoj utakmici Švicarske na Svjetskom prvenstvu 2014. odigrane protiv Ekvadora, Seferović je zamijenio Drmića te je postigao gol za konačnih 2:1.[40] Dana 18. studenog 2018. Seferović je postigao hat-trick u utakmici UEFA Lige nacija 2018./2019. protiv Belgije koja je poražena 5:2 te je time osigurao plasman Švicarske u završnicu natjecanja.[41] Sa Švicarskom je osvojio četvrto mjesto u završnici tog natjecanja.[42] U utakmici osmine finala odgođenog Europskog prvenstva 2020. protiv Francuske (3:3, 5:4 na penale za Švicarsku), Seferović je zabio dva gola i penal.[43]