A 2012–2013-as magyar labdarúgó-ligakupa csoportkörének mérkőzéseit 2012. szeptember 4. és december 7. között játszották le.
A csoportkörben húsz csapat vett részt. Tizenhat első osztályú és négy másodosztályú. A csoportkörben öt, egyaránt négycsapatos csoportot képeztek. A csoportokban a csapatok körmérkőzéses, oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg egymással. A csoportok első helyezettjei és a három legjobb csoport második az egyenes kieséses szakaszba jutott, a harmadik illetve az utolsó helyezettek kiestek.