1410-ben meghalt a férjének a nagybátyja, I. (Emberséges) Mártonaragón király, és a rendezetlen aragóniai trónöröklés miatt öt jelölt is magának követelte az aragón trón, köztük Eleonóra férje, Ferdinánd kasztíliai régens is.
Kétéves küzdelem után végül Ferdinánd nyerte meg az aragón örökösödési háborút, és a Caspei megegyezés értelmében az aragón, a valenciai és a katalán rendek együttesen őt választották királlyá. A megválasztásában jelentős szerepet játszott az avignoni ellenpápa, XIII. Benedek, aki végül I. Ferdinánd trónjelöltségét támogatta. Ferdinándot és Eleonórát 1414. február 10-én koronázták aragón királlyá és királynéváZaragozában.[3] Miután Ferdinánd a törvényes római pápával szemben az ellenpápát támogatta, ezért Zsigmond magyar király1415-ben személyesen látogatta megAragóniában a már nagy beteg királyt, hogy a nagy nyugati egyházszakadást megszüntesse.[4] Zsigmondot a ma már Franciaországhoz tartozó Perpignanban, és betegsége miatt ágyban fogadta az aragón király, és Zsigmond 1415. szeptember 21-én szombat délután találkozott a királyi család tagjaival, köztük Eleonóra királynéval is.[5](a következő szöveg korabeli, XX. század eleji helyesírással és nyelvi stílussal íródott, így némileg eltér a mai változattól): „[...] Zsigmond elbúcsúzva Ferdinándtól, a királynét, leányát és Alfonso herceg feleségét látogatta meg. Beléptekor a királyi hölgyek az ajtóig mentek eléje. Zsigmond nagy tisztelettel köszöntötte őket és karját nyújtva a királynénak, helyéhez vezette. Helyet foglalva megkezdődött a társalgás. Zsigmond latinul beszélt, Alfonso herceg a tolmács szerepét vitte. A társalgás végeztével Zsigmond elbúcsúzott a hölgyektől és Alfonso kíséretében visszatért szállására.”[6]
A következő év áprilisában azonban 35 évesen meghalt Ferdinánd király. Utóda elsőszülött fia, Alfonz lett V. Alfonz néven, és bár az új királyné Alfonz király felesége, Mária lett, Eleonóra özvegy királyné tekintélye és befolyása nem csökkent az udvarban.