A város mai területén már i. e. 3. századbanrómai tábor volt, melynek Lapurdum volt a neve. 840-ben feltűntek a vikingek és 842-ben letelepedtek a város körül. Bayonne kulcsfontosságú hellyé vált az Adour és az Ebro közötti kereskedelmi útvonalon, amely egyben a Mediterráneumot kötötte össze az atlanti térséggel. Ez a kereskedelmi útvonal volt a fő célja a dán megszállásnak Franciaországban, mivel ezen a kereskedelmi úton keresztül szerették volna elérni Tatosát, ami akkoriban a fő kereskedelmi központ volt Európában.
A 12. századtól a város fontos kikötő lett, amiatt a városban keveredett a baszk és a Gascogne-i lakosság. Aquitania részeként Bayonne-t is elfoglalták az angolok és 1452-ig kereskedelmi központja volt az Angol Királyság déli részének.
Jelentősége némileg csökkent, amikor VII. Károly francia király a százéves háború végén elfoglalta a várost és eközben az Adour folyása is megváltozott. A franciák azonban stratégiai helyet építettek Bayonne-ból és 1578-ban csatornát építettek, amely a folyót a városba irányította.
Bayonne kitartóan ellenállt a számos ostromnak a Plantagenêt-család uralkodása alatt egészen az első francia köztársaság végéig, 1814-ig. A 17. századbanVauban francia marsall erődrendszert épített ki a városban. 1814-ben Wellington tábornok serege ostromolta a várost a napóleoni háborúk alatt. A várost csak azután adták fel, miután Wellington tábornok serege pontonhidat épített az Adouron és a tüzérség teljesen körülvette az erődöt.
A spanyolországi baszkok is Bayonne-ban kerestek menedéket a 20. században, a Franco-rezsim alatt, ezért található Petit Bayonne-ban a baszk nemzet központja.
A 19. század közepétől Bayonne ismét kezdi elveszteni jelentőségét a Párizs felé irányuló centralizációból kifolyólag. Párizzsal a vasút1854 óta köti össze. Bayonne része Bayonne-Anglet-Biarritz konglomerációnak, melynek több mint 200 000 lakosa van.
Kultúra
Ez a szakasz egyelőre üres vagy erősen hiányos. Segíts te is a kibővítésében!
