Allievo di François Devosge presso la scuola di disegno di Digione, Bénigne Gagneraux ottenne il Prix de Rome per la pittura nel 1776 con Marcus Curtus refusant les présents des Samnites.[1]
Durante il soggiorno a Roma eseguì diverse copie per le decorazioni del Palazzo dei Duchi e degli stati di Borgogna,[1] in base alla consuetudine allora consolidata di copia dal vero delle opere e delle sale dei musei, in particolare dei Musei capitolini, dove spesso gli schizzi degli artisti offrivano "uno spaccato dal vivo del pubblico in visita: copisti, eruditi, élite del Grand Tour, e perfino qualche incontro tra sovrani", di cui Gagneraux medesimo offerse esempi con i dipinti in cui ritrasse Papa Pio VI e Gustavo III di Svezia in visita al Museo Pio-Clementino.[2] Nel 1784 lo stesso re Gustavo III di Svezia aveva acquistato parecchi quadri di Gagneraux.[1]
Trovandosi ancora a Roma durante la rivoluzione francese, Gagneraux venne ferito nel corso delle sommosse antifrancesi del 1793 e si dovette rifugiare a Firenze, dove entrò al servizio del Granduca Ferdinando III di Toscana.[3] Nel 1794 venne nominato pittore di storia della corte di Svezia. L'anno seguente morì a Firenze, cadendo dalla finestra di casa propria incidentalmente o forse per volontà suicida.[3]
Riscoperta durante gli anni settanta, l'opera di Bénigne Gagneraux venne rivalutata a partire dalle recensioni di Robert Rosenblum e dall'esposizione De David à Delacroix, che portarono ad una retrospettiva nel 1983 a Digione e presso la Galleria Borghese di Roma: Bénigne Gagneraux (1756-1795), un pittore francese nella Roma di Pio VI.
(FR) Pierre Rosenberg, De David à Delacroix : la peinture française de 1774 à 1830 : Grand Palais, 16 novembre 1974-3 février 1975, Frederick Cummings, Robert Rosenblum, Antoine Schnapper, Paris, Éditions des Musées nationaux, 1974, ISBN2-7118-0002-4, OCLC860612402, bnf:34574367 .
Sylvain Laveissière, Bénigne Gagneraux (1756-1795) : un pittore francese nella Roma di Pio 6. : aprile-giugno 1983, Roma, Galleria Borghese, Roma, De Luca, 1983, LCCN83203534, OCLC922922475, SBNVIA0048904.