La fase finale si disputa in Croazia dal 3 al 19 maggio 2017. Sono state ammesse alla fase finale 16 squadre, e al torneo hanno potuto partecipare solo i giocatori nati dopo il 1º gennaio 2000.
Il torneo prevede 16 squadre partecipanti divise in 4 gironi all'italiana di 4 squadre ciascuno, che si affronteranno in partite da 80 minuti (due tempi da 40) più eventuale recupero. Le prime due classificate di ogni girone (determinate, nell'ordine, da: punti, scontri diretti, differenza-reti, reti segnate e sorteggio) accederanno alla fase ad eliminazione diretta, composta da quarti, semifinale e finale: in caso di pareggio, dopo i tempi regolamentari, si procederà a 5 tiri di rigore per squadra e, in caso di ulteriore pareggio, si continuerà con i tiri a oltranza.
Le due migliori squadre quarte-finaliste sconfitte disputano una partita di spareggio per l'accesso al Campionato mondiale di calcio Under-17 2017. Il loro ranking viene stabilito come segue:
Maggior numero di punti nel girone
Miglior differenza reti nel girone
Migliore differenza reti negli scontri ad eliminazione diretta dei quarti
Numero di punti disciplinari nel girone e nei quarti
Maggior numero di punti nel girone di qualificazione all'europeo
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