Il suo debutto in Champions League arriva il 23 novembre 2010, nella partita Roma-Bayern, terminata 3-2[3]. Il giocatore continua a giocare in Champions, scendendo in campo anche in Bayern Monaco-Basilea 3-0 dell'8 dicembre 2010[4]. Durante la pausa invernale, Louis van Gaal, l'allenatore dei bavaresi, annuncia che Kraft avrebbe rimpiazzato Hans-Jörg Butt come primo portiere per tutta la seconda parte di stagione.[5] Kraft debutta in Bundesliga il 15 gennaio 2011 nella partita esterna pareggiata 1-1 con il Wolfsburg, in cui para anche un rigore.[6] Rimane titolare fino alla partita pareggiata 1-1 con il Norimberga, quando Van Gaal viene esonerato e sostituito da Andries Jonker, che decide di utilizzare nuovamente Butt come primo portiere. Poco dopo, Kraft, il cui contratto era in scadenza, annunciò che avrebbe lasciato il Bayern a fine stagione.[7]
Hertha Berlino
Dopo ciò, l'Hertha Berlino, neopromosso in prima divisione, dichiarò che avrebbe assunto lo stesso Kraft da svincolato al termine della stagione. Il giovane portiere avrebbe sottoscritto un contratto quadriennale.[8] Il primo anno con i berlinesi si è concluso però con la retrocessione in Zweite Bundesliga dopo la sconfitta nello spareggio con il Fortuna Düsseldorf.
^144 (-201) compreso lo spareggio promozione/retrocessione del 2012
^(DE) Bayern holen den ersten Titel, su bundesliga.de, 7 agosto 2010. URL consultato il 2 gennaio 2011 (archiviato dall'url originale il 14 luglio 2011).
^Wolfsburg-Bayern Monaco 1-1, su it.eurosport.yahoo.com, 15 gennaio 2011. URL consultato il 4 maggio 2019 (archiviato dall'url originale il 10 luglio 2012).
^(DE) Jörg Butt verlängert bis 2012, su fcbayern.telekom.de, 3 maggio 2011. URL consultato il 23 giugno 2011 (archiviato dall'url originale il 9 settembre 2012).
^(DE) Hertha BSC holt Thomas Kraft, su herthabsc.de, 9 maggio 2011. URL consultato il 23 giugno 2011 (archiviato dall'url originale il 13 maggio 2011).
^abNello spareggio retrocessione/promozione della Bundesliga.