Il Villarreal ha chiuso il campionato al quinto posto con 67 punti, frutto di 19 vittorie, 10 pareggi e 9 sconfitte. Con questo piazzamento la squadra si è classificata per la fase a gironi della Europa League 2017-18.
In Coppa del Re la squadra è arrivata fino agli ottavi di finale, dove è stata eliminata dalla Real Sociedad (3-1 per la Real Sociedad nella gara di andata a San Sebastián, 1-1 al ritorno).
Champions League
Il cammino in Champions League per il Villareal si è fermato ai play-off, dove è stato eliminato dai francesi del Monaco, vittoriosi sia nella gara di andata in Spagna (1-2), che in quella di ritorno (1-0).
In Europa League il Villareal, inserito nel girone L insieme ai turchi dell'Osmanlispor, agli svizzeri del Zurigo e ai rumeni della Steaua Bucurest, è riuscito a passare il turno come secondo del girone dietro all'Osmanlispor. Nei sedicesimi di finale il club è stato eliminato dagli italiani della Roma (0-4 per la Roma a Villarreal nella gara di andata, 0-1 per il Villarreal nella gara di ritorno a Roma).
Rosa
In corsivo i calciatori ceduti durante la stagione
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