Het seizoen 1999/00 van de Belgische Derde Klasse ging van start op 3 september 1999 en eindigde op 1 juni 2000. KFC Strombeek won in Derde Klasse A, RAEC Mons won in Derde Klasse B.

• RRC Heirnis Gent wijzigde zijn naam in RRC Gent.
• K. Heusden SK fuseerde met KFC Helzold en werd K. Heusden-Zolder SK.

Deze teams waren gedegradeerd uit de Tweede Klasse voor de start van het seizoen:

• K. Sint-Niklase SK Excelsior (rechtstreeks)

Deze teams waren gepromoveerd uit de Vierde Klasse voor de start van het seizoen:

• Zultse VV (kampioen 4A)
• KAV Dendermonde (kampioen 4B)
• KVV Heidebloem Dilsen (kampioen 4C)
• R. Francs Borains (kampioen 4D)
• KSK Maldegem (winnaar eindronde)
• AFC Tubize (winnaar eindronde)

Deze teams promoveerden naar Tweede Klasse op het eind van het seizoen:

• KFC Strombeek (kampioen 3A)
• RAEC Mons (kampioen 3B)
• K. Heusden-Zolder SK (eindronde)

Deze teams degradeerden naar Vierde Klasse op het eind van het seizoen:

• Torhout 1992 KM (rechtstreeks uit 3A)
• KAV Dendermonde (rechtstreeks uit 3A)
• RCS Verviétois (rechtstreeks uit 3B)
• KVV Heidebloem Dilsen (rechtstreeks uit 3B)

Noot: RAEC Mons en K. Heusden-Zolder SK eindigden gedeeld eerste en speelden een testwedstrijd voor de titel. Deze wedstrijd werd gespeeld op het veld van RWDM en eindigde na verlengingen op 3-3. RAEC Mons won na penalty's (4-3).

• Eerste periode: KFC Strombeek, 22 punten
• Tweede periode: KFC Strombeek, 25 punten
• Derde periode: KFC Schoten, 18 punten

• Eerste periode: RAEC Mons, 23 punten
• Tweede periode: R. Francs Borains, 23 punten
• Derde periode: R. Olympic Club de Charleroi, 21 punten

In de eerste ronde van de eindronde traden zes derdeklassers aan, die aan elkaar gepaard werden. De drie winnaars van elk heen- en terugduel gaan door naar de volgende ronde.

In de tweede ronde wordt bij de drie winnaars van de eerste ronde KV Kortrijk, dat 16e eindigde in Tweede Klasse, gevoegd. De teams worden aan elkaar gepaard en de winnaars spelen een finale.

De twee winnaars van de tweede ronde spelen de finale op het veld van Racing Mechelen.

Voor de plaatsen 3 en 4 werd nog een wedstrijd gespeeld:

De twee teams die 14de eindigden, Standaard Wetteren en R. Wallonia Walhain Chaumont-Gistoux, speelden een eindronde met een aantal vierdeklassers en gingen daar van start in de tweede ronde.

Zie Vierde klasse 1999-00 voor een overzicht van de eindronde

• Sport.be website - Archief