Benedetto jest wychowankiem klubu Arsenal de Sarandí, do którego seniorskiej drużyny został włączony jako osiemnastolatek przez szkoleniowca Daniela Garnero. W argentyńskiej Primera División zadebiutował 9 listopada 2008 w przegranym 0:1 spotkaniu z Boca Juniors, zaś premierowego gola strzelił 13 czerwca 2009 w wygranej 4:1 konfrontacji z Lanús. Nie potrafiąc wywalczyć sobie miejsca w pierwszym składzie, we wrześniu 2009 udał się na wypożyczenie do drugoligowej ekipy Defensa y Justicia ze stołecznego Buenos Aires, gdzie bez większych sukcesów spędził półtora roku, pełniąc przeważnie rolę rezerwowego. Później udał się na wypożyczenie do kolejnego drugoligowca, drużyny Gimnasia y Esgrima Jujuy, w której barwach grał przez sześć miesięcy jako podstawowy napastnik. Po powrocie do Arsenalu w wiosennym sezonie Clausura 2012 zdobył pierwsze zarówno w swojej karierze, jak i w historii klubu mistrzostwo Argentyny, będąc jednak wyłącznie rezerwowym graczem. W tym samym roku wywalczył także z ekipą trenera Gustavo Alfaro krajowy superpuchar – Supercopa Argentina.
Latem 2013 Benedetto za sumę dwóch milionów dolarów przeszedł do meksykańskiego Club Tijuana. W tamtejszej Liga MX zadebiutował 19 lipca 2013 w zremisowanym 3:3 meczu z Atlasem i już w tym samym spotkaniu strzelił swoje pierwsze gole w lidze meksykańskiej, aż trzykrotnie wpisując się na listę strzelców. W barwach Tijuany spędził kolejne półtora roku jako kluczowy zawodnik i jeden z najskuteczniejszych graczy w lidze, jednak bez większych sukcesów. W styczniu 2015 za osiem milionów dolarów przeniósł się do krajowego giganta i ówczesnego mistrza Meksyku – zespołu Club América ze stołecznego miasta Meksyk. Tam od razu został podstawowym zawodnikiem drużyny, tworząc skuteczny duet atakujących z Oribe Peraltą i jeszcze w tym samym roku zajął drugie miejsce w krajowym superpucharze – Campeón de Campeones. W październiku 2015 otrzymał meksykańskie obywatelstwo, w wyniku kilkuletniego zamieszkiwania w tym kraju.
W tym samym 2015 roku Benedetto triumfował z Américą w najbardziej prestiżowych rozgrywkach Ameryki Północnej – Lidze Mistrzów CONCACAF, zdobywając trzy gole w meczu finałowym z Montreal Impact (4:2). Sam został natomiast wybrany przez CONCACAF najlepszym zawodnikiem tamtej edycji północnoamerykańskiej Ligi Mistrzów i wywalczył tytuł jej króla strzelców z siedmioma bramkami na koncie. Kilka miesięcy później wziął udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, podczas których strzelił gola w konfrontacji o piąte miejsce z kongijskim TP Mazembe (2:1), zaś América uplasowała się właśnie na piątej lokacie. W 2016 roku drugi raz z rzędu wygrał ze swoją drużyną północnoamerykańską Ligę Mistrzów, ogółem barwy Amériki reprezentując przez półtora roku jako podstawowy napastnik. Ostatnie sześć miesięcy było jednak dla gracza nieudane – ze względu na słabą formę (zaledwie jeden gol w lidze) i liczne kontuzję poprosił zarząd o wystawienie go na listę transferową.