Urodził się we Włocławku, w ówczesnej guberni warszawskiej, w rodzinie Piotra i Idy z domu Pyper. Ukończył szkołę realną w Warszawie, w 1909 roku wyjechał z rodziną do Paryża gdzie uczęszczał do liceum. W 1914 roku podjął studia w Warszawie[2]. Po wybuchu I wojny światowej i zajęciu Włocławka przez armię niemiecką został internowany. Po kilku miesiącach udało mu się zbiec do Francji. Tam ukończył szkołę średnią i zaciągnął się do Armii Polskiej. Został przydzielony do lotnictwa nazywanego ówcześnie awiacją. Po przejściu szkolenia w szkołach pilotażu m.in. w Vineuil, Miramas i Pau służył w Błękitnej ArmiiHallera. Razem z armią wrócił do Polski i został przydzielony do 1 eskadry wywiadowczej. Razem z jednostką służył w 1 Dywizji Litewsko-Białoruskiej.
14 maja 1920 przydzielony został do 19 eskadry myśliwskiej, w której wykonał 25 lotów bojowych i uzyskał jedno zestrzelenie[3]. Za waleczność awansowany został na podporucznika. Wyróżnił się w wielu akcjach bojowych, za co został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari. W czasie obrony Warszawy i zaraz po niej uległ dwukrotnie wypadkom wojskowym i został ranny. 25 listopada 1920 Naczelny Wódz zatwierdził mu stopień podporucznika, na który mianował go dowódca Frontu Północno-Wschodniego. Jednocześnie został zaliczony do Rezerwy armii z powołaniem do czynnej służby[4].
Po zakończeniu wojny pozostał w wojsku na stanowisku instruktora i kierownika pilotażu w Wyższej Szkole Pilotów w Grudziądzu[5]. Po utworzeniu 4 pułku lotniczego w Toruniu na własną prośbę został do niego przeniesiony. 19 września 1925 wziął udział w I Pomorskim Locie Okrężnym[6]. W marcu 1926 roku wyznaczony został na stanowisko dowódcy mającej powstać 123 eskadry myśliwskiej. Stanowiska nie zdążył objąć, gdyż 17 marca 1926 w czasie lotu testowego na nowym samolocie Blériot-SPAD S.61C1, zginął w wypadku. W czasie lotu nad lotniskiem w czasie wykonywania akrobacji odpadły skrzydła samolotu. Kadłub z siedzącym w nim Eugeniuszem Guttmejerem spadł na lotnisko. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie[7] (kwatera 294-2-2)[8].
Świadek tego tragicznego wydarzenia, por. pil. Edward Peterek, tak zanotował[9]:
Guttmejer wsiada do maszyny, startuje, już jest w powietrzu. Na wysokości 600 metrów robi nad lotniskiem ostre zakręty. Po jakimś czasie wprowadza Spada w lekką pikę, ściąga łagodnie do pętli i kończy precyzyjnym lukiem. Pętla jedna... druga... trzecia... . Składają się nagle skrzydła samolotu. Maszyna jak kamień wali w dół. - O Boże!-krzyk na ziemi. Zamykamy oczy. Po chwili pędzimy do zgruchotanego Spada, z którego koledzy wyciągają zmasakrowane ciało pilota. Był bez spadochronu. Tak wówczas lataliśmy. Kosztowało to niejedno młode życie...
↑Mariusz Niestrawski. Pierwszy Pomorski Lot Okrężny (19 września 1925). „Aeroplan” nr 1(130)/2018, s. 33-36. Warszawa: Agencja Lotnicza Altair Sp. z o.o. ISSN 1232-8839
Marian Romeyko: Ku Czci Poległych Lotników Księga Pamiątkowa. Warszawa: Wydawnictwo Komitetu Budowy Pomnika Poległych Lotników, 1933. (pol.). Brak numerów stron w książce
Jerzy Pawlak: Polskie eskadry w latach 1918-1939. Warszawa: Wydawnictwo Komunikacji i Łączności, 1989. ISBN 83-206-0760-4.
Mariusz Niestrawski: Polskie wojska lotnicze w okresie walk o granice państwa polskiego (1918-1921). Początki, organizacja, personel i sprzęt. T. I. Oświęcim: Napoleon V, 2017. ISBN 978-83-65746-74-0. OCLC995372299.
Józef Zieliński, Waldemar Wójcik: Lotnicy Kawalerowie Orderu Wojennego Virtuti Militari : 1919-1920. T. 1, [Wojna polsko-bolszewicka 1919-1920]. Warszawa: Wydawnictwo Adam Marszałek, 2005. ISBN 83-7441-243-7. OCLC749442378.